東南大學國家大學科技園已成為東南大學轉化高新技術成果、服務地方經濟的重要窗口和平臺，有力地促進了國家經濟和區域經濟的可持續發展，推動了相關學科的發展和高層次人才培養戰略的實施，為實現東南大學爭創壹流、創建國內外知名的高水平研究型大學的目標做出了貢獻。為促進科技成果轉化和高新技術企業孵化，加快地方經濟發展，提高自主創新能力，根據東南大學與蘇州市人民政府全面合作協議，東南大學國家大學科技園與蘇州工業園區科技發展局決定在蘇州工業園區獨墅湖高教區建設東南大學(蘇州)國家大學科技園。
東南大學(蘇州)國家大學科技園位於風景秀麗、設施完備的東南大學蘇州研究院內。園區依托東南大學學科和人才優勢，緊密聯系蘇州工業園區產業升級和科技創新的要求，積極打造東南大學相關領域高新技術產業化的重要出口和電子信息、集成電路、生物醫藥、新材料等高新技術及相關產業的集聚地。該園區由蘇州東大科技園發展有限公司運營..東南大學國家大學科技園南通分部成立於2006年5月。該公園位於江蘇省南通市工農路86號。總孵化面積11000平方米，孵化單元125個。配有多功能報告廳、會議室、接待室、職工活動中心、餐廳等20多個單元的配套設施。園區人性化的功能和環境設計，專業化的物業管理，為入園企業和員工提供了舒適宜人的空間。
園區實行壹系列國家和地方優惠政策，涉及財政、稅收、科技項目、專項發展資金等方面，為園區軟件企業發展提供政策支持。
園區依托東南大學學科和人才優勢，充分利用南通的區域和政策優勢，優先發展軟件加工外包和軟件產品出口，積極吸引國內外軟件企業，支持中小軟件企業發展，探索建立軟件技術、市場和品牌企業聯盟。為促進南京江寧經濟開發區經濟發展，提高區域創新能力，促進高新技術企業孵化和高新技術成果轉化，東南大學國家大學科技園和南京江寧科技園管委會決定建設東南大學國家大學科技園江寧園區。
園區壹期位於江寧經濟開發區主城區天元中路118-2號，毗鄰南京地鐵1號線，交通便利，配套齊全。園區由東南大學和江寧經濟技術開發區共同牽頭，雙方成立管理辦公室，負責日常管理、協調和聯絡工作。東南大學國家大學科技園河西新城園區成立於2007年2月。是在東南大學和南京建鄴區市政府領導下，由東南大學國家大學科技園和南京新城科技園共同管理的科技園。園區位於南京新城科技廣場，由南京新城科技大廈和南京新城創業大廈組成，總建築面積約110000平方米。科技廣場北鄰奧體街，南臨富春江東街，西臨泰山路，東臨雲龍山路。是新城科技園標誌性區域，距離南京地鐵1線中盛站600米。
南京新城科技園是南京實施“沿江發展戰略”、建設河西新城的重要組成部分。園區重點發展信息技術、軟件產業、微電子產業、生物技術、生物醫藥、知識型服務業、創意設計和信息服務業。
東南大學國家大學科技園河西新城園區的建立，將有效促進東南大學科技成果轉化，結合東南大學的學科優勢、人才優勢和企業，依托南京新城科技園良好的區位優勢、產業載體、先進的規劃和完善的公共設施和服務體系，促進企業自主創新能力，提升企業核心競爭力，推動區域經濟發展。入駐東南大學國家大學科技園的科技企業可優先獲得以下政策支持:
江蘇省科技型中小企業技術創新資金
江蘇省重大科技成果轉化專項資金
南京科技型中小企業技術創新基金
南京留學人員來寧創新創業專項補助。
南京軟件產業創業種子專項基金