負責局機關的行政管理、綜合協調、監督檢查；制定局年度工作計劃、工作總結和規章制度並監督實施；負責文電、文件、密碼、印章、保密、電子政務、信息和政務公開、綜合會議等工作。；負責機關的後勤工作；負責重大汙染事故和跨地區環境汙染糾紛的通報和聯絡；承擔市政府環境保護委員會辦公室的日常工作。
(2)計劃財務部
組織實施環境功能區劃和環境保護規劃、投資、預決算、財務、國有資產管理、內部審計等部門規章制度，並監督實施；負責制定全市環境保護規劃；參與審查城市總體規劃中的環境保護內容，制定國民經濟和社會發展計劃；組織申報國家、省、市規劃和年度計劃規模內的固定資產投資項目，並配合有關部門組織實施和監督；負責局機關財務管理、會計核算和資產管理工作；監督管理下屬單位的國有資產和財務審計；編制市級環境治理項目貸款計劃和環保補助資金計劃；負責對外合作項目的管理。
(3)綜合管理科
負責全面幹部人事編制、綜合管理、信訪、計劃生育等工作；承辦市人大和CPPCC有關環境保護的建議和提案；協助局黨組做好全局幹部的選拔、任免和監督管理工作；負責局機關及下屬單位的年度考核和薪酬晉升；負責全面的崗位培訓和繼續教育；負責機關整體老幹部的服務管理工作。
(4)汙染預防科
貫徹執行國家和省有關大氣、水、噪聲、固體廢物、有毒化學品和機動車汙染防治的法律、法規和規章；建立並組織實施跨縣交界水質評估制度，監督管理飲用水水源水質保護；負責全市汙染源防治工作的監督管理，建立健全全市汙染源檔案；負責市級重點汙染源限期治理和整改項目治理方案的審查、監督和竣工驗收；負責環境汙染事故的應急處置；負責危險廢物經營許可，監督危險廢物的轉移和處置；承擔可用作原料的廢物進出口許可證的申報工作；負責市級城市環境綜合整治量化考核的組織實施；組織實施大氣、噪聲、機動車汙染防治和相關環境功能區劃；組織制定全市重要飲用水源、重點區域、流域和地下水的汙染防治規劃並監督實施。
(5)政策法規教育科
組織開展環境保護執法檢查，監督各項環境管理制度、政策、法規和規章的實施；負責組織實施環境保護的社會宣傳教育；
開展環境保護社會表彰，推動公眾和非政府組織參與環境保護工作；
負責制定全市環境保護政策和行政法規；組織環境保護行政處罰、行政復議和應訴；負責全市環境信息網絡系統建設、業務建設和技術管理；負責全市環境保護網站的建設和信息發布；負責全球計算機的安全運行和維護；負責環保系統的業務學習和培訓；負責法制、教育統計工作，辦好信息刊物；負責檢查全市環境和排汙收費情況。
(6)科技產業科
承擔環境保護科技工作，組織制定環境保護科技發展規劃和地方標準；組織環境保護科學技術研究、重大技術項目論證、重大科技問題研究和新環境問題風險評估，管理環境保護科技成果、環境產品認定和環境標誌認證；配合省環保廳組織實施環保資質認可制度，引導和促進環保產業發展；負責環境保護技術的咨詢、開發和利用；負責環保項目設計隊伍、施工隊伍、環保產品的資質審查；參與指導和推動清潔生產、循環經濟等相關工作。
(7)自然生態保護區
組織制定全市生態保護和農村土壤汙染防治的政策和規劃，協調和監督有關部門開展生態保護工作；組織編制市級自然保護區建設規劃，提出各級自然保護區新建和調整的審批建議；指導、協調和監督各類自然保護區、風景名勝區和森林公園的環境保護工作；組織對全市生態狀況的評估；監督自然資源的開發利用、重要生態環境的建設和對生態環境有影響的生態破壞的修復；協調和監督野生動物保護、濕地環境保護和荒漠化防治；牽頭開展生物多樣性保護、生物物種資源(包括生物遺傳資源)和生物安全管理工作；組織協調農村環境保護工作，組織指導農村環境綜合整治，指導生態示範和生態農業建設；監督管理農村土壤汙染防治工作。
(八)行政審批服務科
負責本部門行政審批事項和非行政許可事項的具體審批和服務；按照《行政許可法》的規定，承擔本單位所有行政審批事項統壹準予行政許可申請、統壹送達行政許可決定的職責；負責本單位其他審批事項的移交或審批聯絡工作，從源頭上防治環境汙染和生態破壞；貫徹執行國家和省有關建設項目環境管理的政策法規；負責監督全市建設項目環境管理和環境監測中技術標準和規範的實施；根據權限參與審核全市的國土規劃、城市規劃和區域發展規劃；指導和協調解決各地區、各部門和跨行政區域、跨流域的重要環境問題。監督管理環境影響評價和規劃環境影響評價審查；負責對超過汙染物總量控制指標、生態破壞嚴重或尚未完成生態修復任務的縣、市(區)，提出暫停審批環境影響評價文件的建議並組織實施；負責環境影響後評估；負責建設項目施工期環境監理的監督檢查；監督管理環境影響評價機構資質及相關專業資質。