(1)辦公室。負責政務公開、督查和監督工作；負責起草和審核綜合文件和報告；負責重大決策和重要工作的調研；負責保密和信訪工作；負責信息、會議、文電、機要、檔案和外事工作；負責對外宣傳和新聞發布；負責重要活動的協調和安排。
(2)政治部。負責省級監獄警察隊伍建設和思想政治工作；負責幹部人事、宣傳教育、警務培訓、警務管理和警務督察工作；配合有關部門做好專業技術人員的機構設置和管理工作；負責省級監獄工作目標責任制考核。
(3)法律事務部。負責綜合性監獄工作規章和規範性文件的起草、審查和匯編工作；指導法制宣傳教育；負責執法監督檢查，監督罪犯減刑、假釋、附加刑、保外就醫和行政獎懲；負責法制建設調查，提供法律咨詢服務，指導和參與行政復議和行政訴訟。
(4)監獄管理。制定監獄管理和監內調查制度並監督實施；指導創建現代文明監獄；指導罪犯羈押、釋放、分押、考核、獎懲等日常管理工作；負責派遣罪犯；負責獄中調查；參與監管設備配置和預警設施建設；負責公務用槍的管理；負責匯編犯罪信息和統計數據。
(5)刑罰執行辦公室。指導罪犯的增刑、減刑、假釋工作；負責罪犯暫予監外執行的審查，以及重要罪犯、無期徒刑罪犯、死緩罪犯減刑、假釋的審查；負責管理外來罪犯；負責受理刑事申訴、控告和檢舉以及相關問題的調查處理。
(6)教育改造司(掛防範和處理邪教指導司牌子)。組織編寫對罪犯進行思想、文化、技術教育的教材，指導罪犯的教育改造和心理矯治；負責審核省級改造積極分子；指導監獄文化建設；指導罪犯改造質量評估；指導社會救助和警示教育；指導監獄內外的教育；參與對刑滿釋放人員改造質量的檢查；負責浙江新生報的編輯、出版等工作。
(7)生命健康部。檢查、指導罪犯的生活設施、物資供應、食品安全和各種生活衛生經費的使用並監督執行；負責監獄醫療機構的業務管理和醫療糾紛處理；負責對假釋罪犯進行醫學鑒定的審查和驗證；指導罪犯疾病預防控制和重大疫情、突發公共衛生事件的應急處理。
(8)計劃財務部。編制本系統的中長期發展規劃和年度計劃；編制部門預算和決算，負責資金籌集和政府采購管理；制定財務管理制度和會計核算辦法，並組織實施；負責國有資產管理；負責投資建設管理和綜合統計；指導和協調監獄企業集團的投資、財務管理和會計核算工作。
(9)審計局。負責審計監督；負責對監獄單位年度財務收支、基本建設、資金使用和其他經濟活動進行審計；按照管理權限，對領導幹部進行經濟責任審計；負責紀檢監察部門交辦的經濟案件專項審計。
(10)勞動和社會保障部門。負責監獄輔助管理崗位、關鍵生產崗位和罪犯技術輔導崗位的管理；審批工資和津貼的統壹發放；指導員工的培訓、考核和職業技能鑒定工作；指導養老、醫療等社會保險工作；負責留廠員工的管理。
(11)行政設備部。負責局機關行政管理工作，指導省級監獄公務用車、待命室、房改、警用食堂等行政設備的配備；負責房產、物業、固定資產、辦公用品、公務接待、內部安全保衛等工作；負責局、指導省監獄招標和大宗物資采購管理工作；負責同級局的財務管理。
(十二)勞動改造和安全生產監督司。制定罪犯勞動教養制度，指導罪犯勞動教養工作；指導和協調監獄和監獄企業的安全生產、消防安全、節能環保、防汛抗旱、搶險救災等工作；負責生產安全事故的調查處理；負責國土資源管理的相關工作；協調監獄和監獄企業罪犯勞動教養工作中的有關事宜。
(13)信息技術處。制定信息化建設規劃、標準體系和管理制度，並指導實施；負責信息化建設項目的技術審核；負責信息化建設應用軟硬件設施的技術選型、開發和推廣；組織信息資源庫建設，協調網絡資源綜合利用；負責本局信息網絡和信息系統的安全、管理和維護。
(十四)離休幹部。負責局機關離退休幹部的管理和服務工作；指導直屬單位離退休幹部的管理和服務工作。
機關黨委。負責局機關和直屬單位的黨務和思想政治工作；指導工會、* *團委和婦委會的工作。