主要是:
1 1、來自企業自身的障礙
企業要實施電子商務，需要制定電子商務的發展戰略，改造企業原有的運營模式，甚至改造企業的組織形式。因此，他們需要付出相應的成本，這不僅表現在對計算機軟硬件的投資上，還表現在改造企業原有的運營模式和人才培養上。同時，企業必須意識到，電子商務帶來的好處是通過企業的不斷實施逐步體現出來的。企業實施電子商務是壹個與原有模式和習慣性思維作鬥爭的過程。
電子商務將影響企業原有的運營模式，包括以下幾個方面:
a)企業的銷售模式:原來的銷售模式是:企業-區域經銷商1-區域經銷商2-消費者，通常通過3-4個中間商。電子商務的實施將減少中間商，要求企業規範銷售渠道，減少銷售政策的靈活性，減少經銷商的不平等。
b)產品價格策略:企業產品的價格不再很靈活，或者人為幹預較多。電子商務的實施要求企業對產品的價格有更統壹的策略。通常情況下，給經銷商的折扣是根據壹定時期內的銷量，以鼓勵經銷商的業績。特別是要加強對線下產品市場價格的監管，禁止經銷商為自身利益利用不正當競爭擾亂市場。
c)企業的生產模式:電子商務的實施將使企業及時了解消費者的反饋、產品銷售、產品庫存、原材料庫存等情況，使企業更有效地組織生產，進而組織原材料的采購，這將大大提高企業的整體生產管理效率。
d)企業的結算方式:電子商務的實施將使企業及時了解銷售、采購、庫存的情況，這將大大縮短企業與供應商、經銷商之間的采購周期和結算周期，提高企業資金周轉率。
e)企業的服務方式:電子商務的實施將更快地傳達市場的變化、趨勢和反饋，有助於企業做好市場調研和售後服務。能讓企業更好的貼近市場。
f)人力資源:信息技術人才，尤其是既懂信息技術又懂行業業務技術的復合型人才更是稀缺。電子商務的出現將要求企業對人力資源戰略有更高的要求，內部培訓對於企業引進人才尤為迫切。
g)稅收問題:電子商務的出現將迫使企業規範有序地運作，使稅務機關的審計工作更加有效。這就需要整個社會的經濟秩序有序規範。如果各地執行稅收法規的標準不壹樣，會極大地損害企業實施電子商務的積極性。
目前，企業的決策層對電子商務所要求的變革沒有足夠的認識，或者對電子商務的實施有顧慮，對電子商務沒有戰略規劃和實施計劃，行動準備不足，特別是資金投入嚴重不足。
2第二，企業內部信息化應用水平低
企業電子商務的核心:企業ERP系統、客戶關系管理CRM和供應鏈管理SCM。
企業並不缺乏ERP系統、客戶關系管理CRM、供應鏈管理SCM的資源，只是未能將這些資源數字化。所以需要企業投資，讓企業資源電子化、數字化。企業不僅要投資軟件和硬件，還需要投資人力資源。
3第三，電子商務的應用環境不完善，缺乏第三方的支持。
a)法律規範:缺乏與電子商務相關的法律法規，電子商務所需的法律環境尚未完全建立。目前缺乏電子簽名、電子合同等電子交易的法律法規，缺乏電子商務中保護消費者權益的立法。網絡犯罪的定罪處罰沒有實踐基礎。
b)物流配送:企業的產品需要實物轉移。目前，由於第三方物流體系不發達、效率低下，電子商務實施帶來的高效率無法在物流體系中體現。
c)銀行結算:目前國內銀行的網上支付結算系統剛剛起步，只能在部分大城市實現，覆蓋面和功能遠遠不夠。由於資金流的低效率，電子商務的效率會被嚴重削弱。
d)上遊供應商和下遊經銷商的信息化應用水平低。
目前企業的上遊供應商遇到的問題和企業壹樣，信息化水平低，導致與上遊或下遊的溝通需要人工參與，成本高，無法提高效率。
e)咨詢公司:國內嚴重缺乏熟悉國內企業運營的有經驗的電子商務咨詢公司。缺乏可以幫助企業實施電子商務的咨詢公司。