自20世紀80年代以來，他壹直致力於中醫證候診斷標準和標準化的研究。研究內容包括:①血瘀證診斷標準。師從陳可冀院士後，從事血瘀證及活血化瘀的研究。他首次運用計算機多因素分析研究血瘀證，提出了血瘀證診斷標準量化評分表和瘀血腹診客觀診斷法，優於同時期的日本方法，是中醫證候研究中最早的客觀量化方法之壹，獲國家科技進步壹等獎(排名第四)。②冠心病心絞痛中醫證候診斷標準。首次運用熵相關法對經冠狀動脈造影證實的冠心病心絞痛患者病例進行分析，建立了冠心病心絞痛中醫證候診斷標準，完善了冠心病心絞痛中醫辨證基礎，獲中華中醫藥學會科技進步壹等獎(排名第壹)。③冠心病心絞痛中醫療效評價標準。通過全國三級甲等醫院經冠狀動脈造影、專家會診、問卷分析確診的冠心病心絞痛病例，首次建立了冠心病心絞痛中醫療效評價標準，為中醫臨床療效客觀評價建立了平臺，獲得中華中醫藥學會科技進步二等獎(排名第壹)。
在證候的生物學機制研究方面也取得了壹批重要的原創性成果。研究內容包括:①冠心病血瘀證差異基因表達研究。發現了28個真正不同的基因片段序列。通過在NCBI人類基因組數據庫中的比較分析，獲得了三個(B100%)，兩個(b12，36a)和兩個(25b，23b)。②微核苷酸調節冠心病血瘀證的機制研究。發現不穩定型心絞痛患者中miR-146b-5p和miR-199a-5p明顯升高，說明它們通過抑制靶基因的表達影響炎癥和雕亡，最終導致血瘀證的發生。通過外周血mRNA差異顯示、反向Northern法陽性驗證、克隆測序獲得差異條帶，並進行生物信息學分析。首次從基因轉錄水平揭示了冠心病血瘀證與炎癥細胞雕亡的相關性，為血瘀證的客觀診斷和治療提供了分子靶點。
2.中醫藥防治冠心病的研究
臨床上提倡病證結合、方證對應，善用經典名方治療心血管危重癥和疑難雜癥。在中醫辨證的基礎上，提出“病機與病理相結合，藥證結合”的學術思想，主張中西藥並用，成分配伍，針對性治療，提高中醫臨床療效。研究內容包括:①冠心病心絞痛證候分布規律研究。通過主持973項目“冠心病心絞痛證候組合診斷標準及療效評價標準研究”，首次建立冠心病心絞痛中醫證候診斷標準，提高診斷準確率。獲中華中醫藥學會科技進步二等獎(排名第壹)。②冠狀動脈介入治療前後證候動態演變研究。通過分析冠心病、心絞痛患者幹預前後的信息，揭示了冠心病、心絞痛中醫證候要素分布規律和幹預前後中醫證候演變規律，制定了《冠心病、心絞痛中醫診療指南》，獲中華醫學會科技進步壹等獎(排名第壹)。③冠心病方證對應的臨床研究。根據上述指南，在臨床上進行了多中心、隨機、雙盲、對照試驗。采用化痰活血法和益氣活血法分別對痰瘀互阻型和氣陰兩虛型冠心病心絞痛患者進行幹預，證明相應治療後心絞痛癥狀明顯改善，生活質量提高。中藥具有壹定的抑制炎癥反應、穩定斑塊和抗氧化作用。④臨界冠狀動脈病變的研究。對蕭肅救心丸改善臨界冠心病患者癥狀和生活質量的臨床評價證實，蕭肅救心丸能緩解冠心病心血瘀阻證的心絞痛癥狀和中醫證候，並能提高患者的生活質量。運用現代研究方法解讀中醫“治未病”理念在冠心病治療中的應用。⑤處方組分的配伍研究。通過主持國家重大新藥創制項目“活血安心方治療冠心病的組分配伍優化研究”，在方劑配伍理論方法梳理和方劑配伍思想研究的基礎上，進行了活血化瘀中藥組分配伍研究。借助復方成分配比優化研究方法，提出中藥復方配伍新模式，獲中華中醫藥學會科技成果二等獎(排名第壹)。
3.中醫藥防治艾滋病的研究
自1989開始探索中醫防治艾滋病的思路和經方規律，撰寫了《中醫防治艾滋病的理論基礎和措施》等文章，發表在《中國中西醫結合雜誌》、《雲南中醫雜誌》上。2009年承擔國家科技重大專項“中醫藥幹預艾滋病免疫重建研究”，首次采用多中心、隨機、雙盲、安慰劑對照的臨床試驗，研究中醫藥對艾滋病免疫重建的影響，取得壹定進展。本研究客觀評價了中醫藥幹預艾滋病免疫重建的有效性和安全性，初步證實了中醫藥對艾滋病患者免疫重建的促進作用，為中醫藥治療艾滋病提供了循證依據。
4.規範管理培養人才
在推動醫院發展方面，以將廣安門醫院打造成集醫、教為壹體的綜合性、現代化、國際化中醫醫院為目標，通過規範管理、創新體制，醫療質量逐年提升，醫院門急診總量比2007年前增長1.5倍以上。率先引入保柏醫療保險後，國際患者數量不斷增加，醫院服務能力不斷增強，醫院綜合效益穩步提升。培養研究生18人，博士生17人，博士後12人，北京市科技新星2人，其中1人獲得中央國家機關五四勞動獎章。還與國際頂級醫療機構梅奧醫學中心建立了長期合作機制。