1.1農業水利建設管理
農業用水是農村水利工程管理的重要組成部分，直接關系到農民能否獲得較好的收入。在壹些自然災害較多的地區，災害尤其影響農村收入。因此，不同地區的農業用水應采取不同的措施，充分調動和管理農業用水，使各地區的用水協調壹致。
1.2農業水利設施管理
農業水利設施是保證農業用水和農民正常生活的基礎設施。我國西部地區水資源十分匱乏，需要建立相應的農業水利設施。此外，農業水利設施的管理還包括維護和檢修，以保證設施的正常運行。
1.3農民飲用水管理
確保農民飲用水的安全和充足是壹項重要工作。在農民飲用水的管理上，要求對水質進行嚴格的檢測和監督，也要對農民用水的水費進行管理，把價格控制在合理的範圍內，保證農民飲用水的正常使用。
2農村水利工程管理存在的問題
2.1管理意識不強，管理理念落後。
目前我國農區基礎設施建設比較到位，但後期管理普遍不足。壹些地區根本沒有管理意識，沒有根據農村實際情況進行有針對性的管理，這是制約農村水利工程管理的重要因素。此外，由於管理理念落後，壹些地區在農村水利工程管理中機械照搬其他地區的管理理念，沒有結合當地情況形成自己的風格，這在壹定程度上阻礙了農村水利工程的管理。
2.2基礎設施管理不到位，管理投入不足。
我國部分地區自然災害頻發，這些地區的水利基礎設施應根據當地自然災害和用水情況進行管理。目前，我國農村水利基礎設施抗擊自然災害還沒有相應的管理體系。
過去，政府重視農村水利工程的固定資產投資，而忽視了對農村水利工程的管理，導致了重建設輕管理的現象。由於農村水利工程管理投入不足，三年建設壹年壞，嚴重影響了工程效益的有效發揮。壹些小型水利設施的收入來源單壹，主要依靠灌溉水費，而且支出很大，如:
電費、折舊、工程維護等。，支出超過收入。由於水利事業單位工作人員失去積極性，管理運行受到影響。
2.3缺乏專業的管理人才和管理模式
我國沒有建立完善的人才培養機制，高校基本沒有專門培養農村水利工程管理人才的。但是水利建設專業多，管建不壹致。培訓機制不完善，難以適應水利工程所需的各類人才，不能保證管理的順利進行。水利工程招聘也沒有完善的評價體系，導致優秀管理人才難以引進，缺乏科學合理的管理模式。
3解決農村水利工程管理的對策
3.1強化管理意識，更新管理理念。
各級水利部門要認真貫徹上級提出的方針和對策，改革和完善現有管理體制，把重點放在水利工程管理上。只有解決當前棘手的“管理問題”，才能實現效益和發展，調動社會各界對農村水利工程管理的投入，建立多元化的投融資渠道，充分尊重農民，贏得農民支持，合作興修水利。政府要加強引導、支持、監督和服務，做好政策支持和法律保障。
3.2建立和完善人才管理體系
在人才引進方面，要建立符合農村水利工程管理的人才引進制度和模式，制定科學、合理、有效的考核制度，真正落實人才工作，定期培訓農村水利管理人員學習先進的管理理念，建立有效的激勵制度，通過加薪、升職或其他福利待遇提高他們的工作積極性，更好地發揮他們自身的聰明才智，為農村水利管理帶來更大的作用。
3.3明確管理主體，依法治水。
目前我國農村水利工程產權歸國家和集體所有，也就是說產權主體不明確，責任不明確。因此，必須加強產權劃分和水權分配，明確責任關系。只有這樣，才能有效發揮工程效益，有利於水利工程的保全，促進農民增收和社會穩定。
3.4依靠科學技術，管理方式由粗放型向集約型轉變。
加快水利信息自動化建設。在節約型社會信息化建設工程的支持下，加快水利信息化建設步伐，提高農村水利工程管理水平。以水定產合理配置灌區水資源。根據不同地區的水資源量，確定作物類型和結構。嚴格執行各級水資源配置計劃，合理配置水資源，科學利用水資源。從而逐步實現水資源的合理開發和有效保護。多管齊下，加強節水管理。在因地制宜的原則下，將常規節水與高新節水相結合，同時開展骨幹工程和田間節水技術，重點進行骨幹工程改造，廣泛推廣田間節水技術，主要包括滴灌技術、管灌技術和噴灌技術。采取農藝、工程化控和生物技術節水措施，充分利用生態資源，改善自然條件。
近年來，黨中央、國務院最重要的支農惠農戰略舉措是農業綜合開發，農業綜合開發分為產業化經營和土地經營項目，土地經營項目占很大比重。土地治理工程的主體是水利建設，工程投資高達70%以上，因此農業綜合開發水利工程建設管理尤為重要。