(1)莖疫病
芝麻莖枯病俗稱“黑稈瘋”、“黑稈病”、“立稈病”，在我國芝麻主產區廣泛發生，在湖北、河南、江西等省危害較大。該病壹般發病率為10% ~ 20%，重者達80%以上，甚至成片死亡。芝麻莖枯病的病原屬於球蟲科，球蚧總科，半真菌。病菌主要在種子、土壤和病株中越冬。第二年，當土壤溫度達到25℃以上時，菌核產生菌絲進行初侵染，菌絲生長的適宜溫度為30 ~ 32℃。植物發病後，莖上長出許多黑點，即分生孢子。分生孢子吸水時，大量孢子從孔口湧出，經風雨傳播進行再感染。分生孢子耐旱性強，最適合在25 ~ 30℃萌發。病株的莖和種子中形成由菌絲組成的黑點菌核，能抵抗不良環境，在土壤中存活兩年。這種細菌不僅侵染芝麻，還危害茄科、豆科、大麻等作物。
芝麻全生育期均可發生莖枯病，但主要發生兩次。第壹次從播種後開始，到現蕾和初花期結束，病菌侵入種子和幼苗的子葉和幼莖，會使種子變褐、爛種、爛芽或根腐、死苗。第二次從盛花期開始，在終花期後大量發生，成熟時達到高峰。有些病株雖然能收到壹些種子，但籽粒飽滿度和含油量降低，品質降低。病原菌侵染壹般從根或莖基部開始，然後逐漸向莖上部蔓延，有的從葉柄基部侵入再向莖蔓延。侵染部位先產生褐色斑點，然後在莖幹周圍發展成黃褐色紡錘形斑片，被水淹，再向四周轉變為黑褐色，中部變為灰白色，上面密植有許多分生孢子和菌核，為小黑點。最後病原菌侵染根和莖的皮層和內部，最後發展到全株，導致全株死亡。
控制芝麻莖枯病的主要技術措施包括:①選用抗病品種，如中芝系列、鄂芝系列、於之系列、贛芝系列、吉芝系列等。(2)輪作，與非寄主作物輪作3年以上。(3)種子處理，若種子帶菌，可用55℃溫水浸泡10 ~ 15分鐘；每500克種子用2.5克0.5%五氯硝基苯拌種；用0.1% ~ 0.3%多菌靈或0.1%丹毒浸種30分鐘，晾幹後播種。④加強田間管理，增施磷鉀肥，排漬抗旱，使植物健康生長，增強抗病能力。⑤噴施防治:苗期、蕾期、盛花期噴施40%多菌靈1000倍液，每次用量75kg/667 m2；或1500倍的50%殺細菌劑和800 ~ 1000倍的70%甲基硫菌靈，加蓋前後各噴兩次(間隔7 ~ 10天)。
(2)枯萎病
芝麻枯萎病俗稱“半黃”或“黃死”，是我國中北部芝麻產區常見而嚴重的病害，在河南、安徽、湖北、河北、山西等省較為嚴重。壹般發生率為5% ~ 10%，嚴重者達到30%以上。芝麻枯萎病的病原屬於半真菌、枝孢屬、釘螺。該病原體通常被稱為鐮孢菌，因為該病原體產生兩種類型的孢子，大孢子為鐮刀形，小孢子為橢圓形。分生孢子的最適培養溫度為30℃。病菌潛伏在種子、土壤和病株中越冬，第二年從根尖和傷口侵入，或直接侵染健康根系，進入導管，向上擴散到植株的各個部位。當5 cm土壤溫度為25 ~ 27℃，含水量為10% ~ 20%時，有利於枯萎病的發生。這種疾病還會損害紅薯等作物。
芝麻在整個生長期均可感病，但在花期發病較多，高峰期為盛花期。該病6月份開始發病，危及秧苗垮落死亡，造成秧苗短缺。如果苗期下雨，死苗會更重。
高峰期在7月下旬至8月上旬，特別是在多雨、土壤濕度大或土壤貧瘠的砂壤土上。發病後期，根半部的根系變成褐色，逐漸延伸到莖的同半部，呈紅褐色的幹條紋。濕潤時，病斑上出現壹層粉紅色粉末，病莖的導管或木質部呈褐色。病株壹側的葉子自下而上變黃變小，也是半黃，然後逐漸死亡脫落。起病較晚往往使膠囊變小，導致煎出的膠囊落粒，顆粒呈褐色，不飽滿。
芝麻枯萎病的主要防治措施有:①選擇抗病品種和不育種子。(2)輪作換茬，每三年或三年以上種植壹次。(3)化控，用0.5%硫酸銅溶液和0.1%多菌靈浸種30分鐘；每隔10天噴施1倍的0.2%硫酸銅溶液和40%多菌靈2 ~ 3次，可起到良好的防治作用。
(3)青枯病
芝麻青枯病在全國各地均有發生，但江西最嚴重。壹般發生率在5%以下，嚴重者可達40%左右。芝麻青枯病是壹種細菌性疾病，病原體是假單胞菌，屬於真細菌綱、假單胞菌目和假單胞菌科。該病不僅危害芝麻，還危害大豆、花生、煙草、馬鈴薯、茄子、蕓豆等作物。
該病菌主要通過病殘植物在土壤中越冬，通過流水、地下害蟲和農具傳播。病菌從根或莖基部傷口或自然孔口侵入，發病初期莖內出現暗綠色斑塊，隨後逐漸加深，變成暗褐色條紋。病株莖頂端常有2 ~ 3條梭形潰瘍樣裂紋，開始時白天萎蔫，夜間恢復，幾天後失去恢復能力。莖中的維管束變成褐色，逐漸向髓蔓延，產生空洞。患病部位常滲出細菌濃縮物，幹燥後變成又黑又亮的顆粒。很快，整株枯萎，蒴果無法正常成熟，嚴重的區域成片死亡。在21 ~ 43℃範圍內，溫度越高，病害越嚴重。
青枯病的防治方法:①與禾本科、棉花、甘薯輪作2 ~ 3年以上。②加強田間管理，排除漬水，施用底肥，增強植物抗逆性。③及時拔除並消滅病株，用石灰水消毒病點。
(4)病毒性疾病
我國芝麻主產區已發生病毒病，部分地區危害嚴重。據中國農業科學院油料研究所研究，我國芝麻病毒病主要由花生條紋病毒(PStV)和蕪菁花葉病毒(TuMV)引起。我國芝麻病毒病有三種類型，即黃葉型、普通花葉型和混合型(縮花葉變黃)。由花生條紋病毒引起的芝麻黃花葉病毒在我國河南、湖北、安徽等芝麻產區廣泛流行，流行年份發病率可達50%以上，對芝麻生產造成極大影響。蚜蟲是芝麻病毒病的攜帶者，花生條紋病毒和蕪菁花葉病毒可通過桃蚜傳播到芝麻上。壹般在6-7月份高溫幹旱蚜蟲大量發生的情況下，芝麻病毒病最為流行，與蚜蟲發生高峰期壹致。
芝麻苗期和中後期可發病，6月份發病，7月中下旬發病高峰。發病後葉片卷曲，形成花葉，病株頂端下垂，不能或很少，對產量有壹定影響。
防治方法是種植抗病品種，控制蚜蟲，避免病毒傳播。
(5)立枯絲核菌
芝麻立枯病在我國芝麻產區均有發生，主要發生在苗期。病原菌為真菌、蘑菇和絲核菌。寄主範圍很廣，最常見的有甜菜、茄子、辣椒、馬鈴薯、番茄、棉花、蕓豆等。病菌在有菌絲和菌核的土壤中越冬，可存活多年。菌絲白色，有分枝，不產生分生孢子，常形成菌核。發病時，幼苗莖基部壹側出現暗褐色病斑，病斑逐漸向莖周圍擴展，病斑凹陷腐爛，最後收縮成線狀。嚴重時從表面脫落，枯萎死亡。病菌通過流水、風雨和農業操作傳播。芝麻出苗後，如果遇到低溫、強降雨、濕度大、長勢差，病害會很嚴重。防治方法，壹是田間防澇；其次，用五氯硝基苯處理土壤可以殺死土壤中的越冬細菌；第三，用0.5%硫酸銅浸種30分鐘，或用0.2%福美雙和0.1%多菌靈拌種，都有很好的防治效果。
(6)流行病
芝麻枯萎病在中國南方特別是湖北和江西兩省很嚴重。病原菌屬於藻菌綱、霜黴菌屬、腐黴科和疫黴屬。細菌常年生活在土壤裏，種子也能帶菌，只對芝麻致病。在芝麻生長發育的任何時期，病原菌都可以侵染地面的任何部位。壹般芝麻7月蕾期開始發病，花期流行，高濕度條件下嚴重。從莖基部侵入為初侵染，形成孢子束和遊動孢子，經風、雨、流水再侵染。發病初期，侵染部位暗綠色，有水漬，後轉為暗褐色，莖基部幹燥，潰爛。在潮濕的條件下，這種疾病生長絮狀菌絲。葉片易感病，形成大面積黃褐色斑點，略顯輪紋。防治方法是:壹是輪作，田間防澇；其次，在6月底或7月初用波爾多液(石灰、硫酸銅和水的比例為3∶3∶50)或0.1%硫酸銅溶液噴施1 ~ 2次。