伊麗莎白同誌(莉茲)和威爾·特納同誌，婚禮日期，還有東印度公司的考特·貝克特先生拿著逮捕令跑過來說:“妳放了那個叫傑克的家夥，現在我要以月亮的名義懲罰妳。”然後他們轉向威爾，低聲說道:妳為什麽不把傑克的破指南針拿來，讓我們忘掉這件事。所以可憐的威爾不得不向利茲告別，去找傑克。
與此同時，威爾死去的父親拉靴帶比爾來告訴傑克，妳欠我老板戴維·瓊斯的債應該還了，* * *欠妳壹個靈魂。償還債務是理所當然的。給了他壹個黑點，(這個黑色
循環紙以小說《金銀島》為背景，帶來的海盜代表被判有罪，將被絞死)。說起這個戴維·瓊斯，那可是個響當當的人物:海洋的統治者，歷史上最著名的幽靈船“飛行荷蘭人”的船長，唯壹的缺陷就是因為愛情(？)我被挖出來埋在壹個島上，但我還是到不了那個島。又因為戴維整天生活在海底，漸漸變成了海鮮壹樣的沿海人。另壹方面，戴維·瓊斯派他的海怪北海巨妖去追捕傑克，所以傑克同誌不得不逃跑，逃到壹個島上。
傑克必須償還他的債務或者為戴維努力工作壹百年。傑克想了又想，與此同時，外面的世界壹片混亂:威爾在尋找傑克的指南針，莉茲想幫助威爾，Bootstrap想幫助他的兒子，莉茲的前未婚夫。
前指揮官諾靈頓同誌想東山再起，莉茲的父親只想他的寶貝女兒幸福，黑珍珠號的船員們忙著嘩變——因為缺錢。
威爾終於聽說黑珍珠號被遺棄在壹個島上，趕到那裏發現傑克被當地的食人族奉為神。威爾被食人族拖下去之前，傑克偷偷對他說:“救命~ ~ ~ ~”。和威爾關在壹起的黑珍珠號船員告訴他，那是因為食人族很快就會“把他們的神從身體的枷鎖中解放出來”(聽起來不太好吧...).
戰火紛飛的鬼哭狼嚎恐怖得雞飛狗跳，他們都逃了出來。然後他開始就黑珍珠討價還價。傑克說，如果威爾能從戴維船長那裏拿到打開他自己心之盒的鑰匙，他會把羅盤給他。他們壹起去找伏都教女巫蒂亞·達爾瑪。七年前，是她把那個女巫。
指示壹個人最深願望的羅盤給了傑克。
他們與女巫蒂亞交換了關於戴維的信息，與《I》中倒黴的黑珍珠號原船長巴博薩的不朽猴子交換了信息，得知他獻身於愛情。蒂亞最後給了傑克壹罐埋著大衛之心的小島上的泥土，因為大衛不能踏上小島，所以這些泥土可以在關鍵時刻用來保護傑克。(看來這東西沒起作用...)於是他們又出發去尋找鬼船“飛行的荷蘭人”。
發現了壹個殘骸，威爾跑去找鑰匙，結果發現是個陷阱。不幸的孩子威爾立刻被戴維抓住了。傑克正在用望遠鏡觀察，下壹秒鐘他發現戴維就在他面前。傑克想起了戴維對愛情的挖掘，於是趕緊告訴戴維，威爾要結婚了，他“還是個夢中女孩”。戴維微微動容的同時，傑克答應他三天內用100個靈魂換取傑克自己的靈魂。所以戴維把威爾放進了他的海鮮隊，讓傑克走了——停職。
傑克跑到了托爾圖加島，在那裏他遇到了麗茲和麗茲的前未婚夫，前指揮官諾靈頓，他在父親的幫助下逃脫了。傑克說服麗茲壹起找到戴維的心臟，他們開始用傑克的指南針尋找。
與此同時，在幽靈船上，威爾和他的父親Bootstrap試圖通過賭骰子贏得鑰匙，但失敗了。但最後威爾還是偷了鑰匙，帶著壹群人劃走了。戴維發現並意識到傑克的目標是他的心臟。憤怒的他召喚出海怪北海巨妖，砸碎了威爾的船。除了威爾，船上所有人都死了。然後戴維匆匆趕往葬心島。
所有人同時到達，傑克、利茲和諾靈頓用指南針挖出了箱子。這個時候威爾也來了，下面狗血的鏡頭就省略了。然後傑克·威爾·諾靈頓都想要盒子，戰利品分配不均，談判破裂。讓我們戰鬥吧。打架太激烈了，我都沒發現另外兩個海賊拉蓋蒂和潘特爾動過箱子。莉茲去找盒子，戴維的人去找它。繼續戰鬥。
傑克用單杠把盒子搬開，然後把裏面的心臟拿出來，放在那罐土裏。傑克帶著盒子和罐子回到了大船上。諾靈頓同誌無所畏懼地宣布，他要拿壹個空盒子來分散敵人的火力，讓他們順利逃脫。事實上，他不僅拿走了盒子，還趁傑克不註意拿走了罐子裏的心。諾靈頓被戴維的人擋住了，他立刻丟下空盒子跑了。
傑克和他的同學們在狹窄的道路上遇到了海怪北海巨妖，但他們沒有幸免。罐子在顛簸中碎了，傑克發現自己的心不見了，暴跳如雷。然而，當務之急是對付海怪。當我打利茲的時候，我發現傑克的江山易改本性難移，然後我離開了他們，偷偷摸摸地劃開了。
傑克的良心偶然壹閃，掙紮了壹會兒，又回去救人了。他暫時逼退了海怪，命令所有人棄船逃生。莉茲發現海怪是沖著傑克來的，於是她吻了傑克，趁傑克不備把他銬在桅桿上。威爾碰巧目睹了他們接吻的場景，他的內心受到了極大的震撼(這個故事真的很血腥...).最終，莉茲流著淚和傑克告別，並告訴救生艇上的其他人，傑克發誓要和黑珍珠生死與共。然後他們劃走了。
另壹邊，傑克掙脫了，看著歸來的海怪說:“妳好，野獸”(妳好，小家夥)。那個小東西把黑珍珠打碎了，拖回了它的水下洞穴。戴維看著這壹幕，驕傲地宣布傑克終於還清了債務，但他覺得不對。他跑去打開箱子，發現裏面是空的，只好對著天空大喊:“傑克，妳個死人~ ~ ~”(傑克畫外音:我比竇娥還委屈。。)
另壹方面，諾靈頓同誌把戴維的心臟給了貝克特同誌(妳還記得他)。
黑珍珠號的幸存者又去找了女巫蒂亞，蒂亞說他們還能把傑克找回來。但這將需要去世界的盡頭，和壹個強大的船長可以輕松地航行。於是，正在咬著青蘋果的巴博薩船長帶著他的猴子，咧著嘴笑著走了出來。