血源管理科成立於1980，是血液中心最早成立的科室之壹。部門下設的職能部門有宣傳組和獻血服務組。
宣傳組主要承擔全市單位、團體獻血組織的招募工作；無償獻血的宣傳、相關新聞報道，市獻血辦公室的日常管理，采供血應急預案的組織實施；宣傳組還負責整個中心的健康教育工作。
獻血服務組主要負責各審批點的日常管理；獻血者的審批，獻血者及其親屬用血後的還款服務；獻血者信息變更和補發的接收和處理；負責Rh(D)陰性獻血者隊伍的管理；協助招募南京市紅十字會無償獻血誌願者服務隊；負責市區各采血點獻血後的定期、定點、定量電話回訪；負責對團體獻血的指導和檢查。
血源管理科工作時間為:每周壹至周五8: 30至16: 30。
體檢和采血科
南京市紅十字血液中心采血科的任務是負責獻血者的全血采集，包括獻血者的咨詢、篩查、信息錄入、血液和血樣采集。負責這項工作的是具有正式資格的衛生技術人員。
機械采礦部
南京紅十字血液中心機采部是血液中心的重要業務部門。該科主要負責遊離血小板的采集，年采集量超過9000個治療劑量，有效保障了南京市屬醫療單位臨床患者新鮮血小板的充足、安全、及時供應。此外，結合臨床研究，該科還開展幹細胞采集和冷凍、特殊血液成分采集、治療性單采等業務。成為全省乃至全國壹流的集采血、科研、教學為壹體的科室。
機械采礦系人員裝備精良，擁有多臺世界壹流的先進設備:擁有高級職稱1名，研究生2名。科室人員多次在省、市、單位技術競賽中獲獎。使用的單采機有芬沃公司的9臺Amicus、2臺Trima、MCS+1，日血小板采集量可達80至90個治療劑量。該系擁有國家發明專利3項，在國內著名期刊發表論文40余篇，承擔並完成南京市科技發展基金項目3項。
機采科位於血液中心二樓。車間幹凈整潔，寬敞明亮，室內空氣流通，窗外視野開闊。獻血者和陪同人員還可以在休息室享用各種食物和飲料。
組件分支
南京市紅十字血液中心成分輸血科成立於1990，從分離單壹血漿發展到為臨床提供十余種血液成分產品。配制產品的品種和數量逐年增加，臨床血液成分應用超過99%，在國內率先開展輸血。同時，成分科還發揮自身優勢，與南京市各級醫院合作，開展成分輸血臨床應用，治療各種血液病和自身免疫性疾病。作曲系在註重產品質量和數量的同時，與科研發展密切相關。該系自成立以來，已有3個科研項目獲得全國第壹。(1)在國內率先采用新技術制備濃縮血小板，使血小板回收率平均提高15%。血小板產品純度高，輸血前無需交叉配血，省去了使用血小板前的許多復雜實驗。這項新技術由中科院院士阮長庚推薦，獲得江蘇省科技進步四等獎、南京市科技進步三等獎。全國十幾個血站派員學習交流；(2)首次在國內推出新壹代紅細胞保存液，將紅細胞保存期限從21天延長至35天，節約了寶貴的血液資源。保存液的研制者鄒以1993獲得南京市優秀科技英雄稱號，市政府獎勵10萬元。(3)我國首次研制出白細胞過濾器，並將該技術作為商品成功轉讓給生產企業。這項技術已被南京市政府確認為成功轉化為產業的高新技術，技術發明人鄒榮獲全國五壹勞動獎章和全國勞動模範。目前供應的血液制品有:1紅細胞懸液；新鮮冷凍血漿；3病毒滅活血漿；4冷沈澱；⑤洗滌紅細胞；6洗滌解凍長期保存的稀有紅細胞，所謂熊貓血等。
計劃供血部門
該部門全年實行24小時工作制。具體職責:制定用血需求計劃；啟動采供血應急預案；血液質量投訴和輸血不良反應的投訴和受理反饋；與臨床血液醫院的業務溝通。
檢驗科
南京市紅十字血液中心實驗室成立於1968，經南京市紅十字血液中心法人授權，從事臨床醫療采供血的血液檢測業務。是公正合法的驗血機構。實驗室現有員工14人，其中醫學檢驗專業畢業13人，其中研究生3人，本科生3人，專科生3人，中專4人，醫技人員1人(負責綁定獻血者信息)，完全能夠勝任實驗室的各項工作。實驗室現有建築使用面積680平方米，包括3臺世界壹流的樣品處理器、2臺大型全自動酶免系統、2臺酶標分析儀、4臺洗板機、2臺全自動生化分析儀、2臺全自動核酸檢測儀、2臺全自動血型檢測儀、7臺試劑儲存冰箱、2臺超低溫冰箱、4臺普通離心機、1溫控高速離心機、UPS 2。所有實驗室工作均由計算機網絡管理，保證了檢測的高效準確和原始數據的安全可追溯性。
這個部門主要負責血液樣本的檢測。根據國家相關規定，所有血液及血液制品均采用ELISA進行兩次篩查。篩查項目包括乙肝表面抗原(HBsAg)、人類免疫缺陷病毒抗體(抗-HIV)、丙肝病毒抗體(抗-HCV)、梅毒螺旋體抗體(抗-TP)、丙氨酸氨基轉移酶(ALT)、ABO和RH D血型，同時對部分樣本進行HBV、HCV和HIV檢測。
自1997以來，本實驗室每年都參加衛生部的室間質量管理評價，成績優異。衛生部和省裏的五周期檢測結果取得了很好的效果，得到了同行業專家的壹致好評。2010年7月，本實驗室順利通過了中國合格評定國家認可委員會(CNAS)的認可。
實驗室
實驗室主要開展血液免疫學和免疫遺傳學(親子鑒定)相關研究。血液免疫學方向的常規工作主要有:紅細胞疑難血型的鑒定、紅細胞疑難配型、血小板抗體的篩選鑒定、血小板交叉配型、新生兒溶血病的預診斷和實驗診斷、個體化輸血方案設計和臨床輸血指導等。司法親子鑒定、人類白細胞抗原分型、組織器官配型、免疫相關基因、疾病易感性等常規在免疫遺傳學方向開展。
財務科
財務部的主要工作:參與中心的發展、規劃、投資和經營決策；負責中心年度財務預算，並監督預算的執行和完成情況；負責中心的財務會計相關工作，準確報送各類報表，做好財務決算和財務分析；負責中央價格和收費的管理；負責中心固定資產、物資、資金等國家財產的安全，並定期進行監督檢查。
辦公室
1，代表領導處理全局性問題，是指揮控制全單位工作的中心部門，保證中心工作有序進行；
2、黨務工作、中心獻血宣傳工作；
3.制定中心發展規劃，負責血站文件、工作計劃、年度總結、年鑒、站誌等的撰寫。、血站文件的核稿工作，保證文件處理的規範性，並起草中心對外的新聞發布和新聞稿件；
4.負責中心的會議安排和接待，做好會議記錄和紀要。負責監督會議做出的決定；
5.中心網站的信息發布、內容更新和後臺維護；為中心采供血信息系統和計算機網絡的正常運行提供技術支持服務；
6.中心的印章、印刷、保密、議案、提案、綜合信息、接待、協調、值班安排；
7、管理中心綜合檔案，及時做好收集、整理、立卷、歸檔工作，確保中心檔案的完整和利用；
8.負責社會治安綜合治理，建立平安和消防安全中心；
9.負責中心基本建設的調研和立項。
質量管理科
質量管理部是血液中心重要的質量監督和血液安全研究部門。科室的職能包括質量控制和質量管理，承擔血液中心采供血過程的監督和評價，以及原輔材料、設備設施和血液制品的質量抽檢和監測。同時還負責血源性安全性和經期傳染性病毒的研究。部門質量管理人員4人，其中副高級以上職稱人員1人，博士生1人，碩士生1人；單獨的酶免疫測定、理化和細菌實驗室；配有1全自動生化分析儀、1五分類血細胞計數器和幾十套各種檢測設備。血液安全研究工作人員3人，配備細胞培養室1間，生物安全櫃2個，高速離心機2臺，梯度PCR儀2臺，1實時熒光定量PCR儀，1小型移液工作站，1多功能酶標儀，細胞培養箱2臺。
為加強采供血機構的科學規範管理，2007年，血液中心根據“壹法兩規”建立了中心的質量體系，體系的樣式已升級為2009/2版。作為血液中心質量管理的核心部門，堅持定期深入壹線，及時發現和解決質量問題，提出持續改進的建議。
在自身建設方面，質控部嚴格按照國家相關規定建立了質控實驗室的各項檢測操作規程。整個檢測過程遵循《全血血液成分質量要求》和《中國輸血技術規範》的相關指標和規定，對中心所有關鍵設備和業務環境進行有效監控，對血液中心所有涉及采供血業務的壹次性采血袋、檢測試劑等耗材樣品進行進貨檢驗，確保所有耗材試劑符合國家要求。為了保證血液質量，按照國家規定對血液成品進行采樣。保證血液制品的質量，定期分階段對血液制品進行檢測，嚴格滿足過程中的技術要求，確保各種血液成分的生理特性、標記容量、生化指標、無菌指標符合全血血液成分質量要求。
2009年，為適應新的發展需要，中心開展了以血液安全為重點的研究工作，主要包括:乙型肝炎病毒流行病學研究、獻血者感染丙型肝炎病毒的免疫應答和基因序列多樣性研究、單克隆抗體研究平臺建設等。承擔相關研究項目2項，重大研究項目1項。
總務科
中心總務科有員工17人，是中心的後勤保障部門，下設倉庫、設備維修、消毒供應、廢棄物處理、駕駛班五個部門。主要負責中心采供血所需儀器設備、耗材、試劑及輔助材料的采購、保管和發放；負責組織合格供應商的評審，建立合格供應商名單，實施動態管理；負責中心固定資產、基礎設施、監視和測量儀器設備的維護；承擔本中心采供血所需的所有儀器和配件的消毒和供應；負責中心醫療廢物的收集和處理；承擔中心獻血車、獻血車、公務用車的車輛保障工作。負責物資發放和血液往返於采血點和采血屋的安全運輸。