1，創新研究
合肥國家大學科技園屬於“多校壹園”的結構模式。在“創新”階段，科研人員自主選題，結合學校教學方向和重點學科開展自主創新研究。
根據安徽省高新技術產業發展方向，組織信息技術、生物醫學工程、環保工程、精細化工、納米新材料、清潔能源、現代農業技術等領域的項目開展自主創新研究。加大前期投入，在安徽醫科大學等首批三本院校開發研究具有自主知識產權的項目，分階段逐步成熟，力爭形成系列成果，形成優勢群體。合肥工業大學拓豐生物機電研究所自主研發的生物制品超臨界流體萃取、膜分離等技術，已產出六大系列十余種高科技產品。幫助高校申報各類政府科技計劃，多渠道爭取支持。依托HKUST國家同步輻射實驗室、火災科學國家重點實驗室、合肥工業大學在線集成電路設計中心、安徽大學電力測試工程中心、安達大學皮革化工中心等國家重點實驗室的人力資源、設備資源和成果資源，組織科研項目，讓高校成為創新的源泉。
合肥國家大學科技園在開展橫向項目合作和對外聯系的同時，組織科技人員進行攻關，將人力資源優勢轉化為經濟優勢。
合肥國家大學科技園鼓勵和支持具有產業化發展前景的國家863計劃、超級863計劃、973計劃、國家攀登計劃、國家重點研究計劃、國家火炬計劃、國家星火計劃的科研項目，對其進行孵化，鼓勵研究群體進行成果轉化和產業化。
引入資產評估、商標評估、技術定價評估、股票期權定價評估和管理者權益等機制，評估創新成果，打包上市轉讓。
在省校、市校、校企結合的基礎上，運用信息咨詢跟蹤服務模式，對企業進行咨詢分析。
2.孵化研究
合肥國家大學科技園不僅是科技成果孵化的核心基地，也是安徽省的中試基地、成果交易基地、科技管理人才培養基地和高新技術企業孵化基地。壹方面，營造良好的創業環境，吸引他們在園區創業；另壹方面承擔高新技術成果的孵化、評估、優化、轉移和產業化任務。前者是基礎，後者是提高，是重點。2000年，合肥國家大學科技園已從各高校中篩選出15項可孵化並具有產業化推廣價值的科技成果，全力推進轉化。
對高校科技項目進行篩選，請專家咨詢委員會進行評估和推薦。
與學校簽訂孵化合同，註入孵化資金，使小試成果在原料生產與產品生產、試制與工業化生產、粗放生產與集約生產、單品種與多品種產品、局部領域與多應用領域、高能耗、低消耗、高效率中孵化，以期達到高附加值的經濟效果。如安徽大學“陽離子松香施膠劑”項目，經過中試孵化、評估和鑒定，不僅具有原料深加工的技術潛力，而且可以提高造紙和塗料產品的科技含量，改善產品性能，降低成本，替代進口，有利於環境保護和三廢治理。合肥工業大學電氣工程學院與機械汽車學院聯合開發的“電氣封閉式汽車齒輪試驗臺”在替代進口、節能降耗方面取得了良好的效果。該產品獲得了南汽、江淮汽車廠、江鈴汽車廠用戶的好評。合肥國家大學科技園發展有限公司作為孵化主體，分別與安徽蕪湖松香廠、蕪湖造紙廠簽約，取得良好效果，使這壹技術成熟的先進科技成果得到及時轉化應用。
與安徽省科技產業投資有限公司建立長期合作關系，將該公司654.38+0.5億元的風險投資作為合肥國家大學科技園高新技術成果開發的風險投資。從試點階段就開始先介入，共同發展。
果實成熟後，以知識產權的形式進行轉讓或產業化。
培訓市場管理、法律服務、商業運作、市場調研、標準化管理等方面的科技人員。，提高自身的綜合素質；建立評價核算和量化核算，對試點成果中的加工機器、生產設備、工藝流程、產品定型、技術改造、原材料替代方式等進行優化分析，降低材料消耗成本，提高科技成果轉化效益。這是大學科技園創業孵化的兩個方面，缺壹不可。其孵化成功的關鍵在於觀念的轉變，企業文化的理念和合作的精神。
安徽省科技廳、安徽省教育廳、中國科學技術大學、合肥工業大學、安徽大學共同發起設立合肥國家大學科技園發展有限公司，首批註冊資本15萬元，以企業化運作、市場化運作的方式承擔合肥國家大學科技園建設的創業中心運營和項目孵化。根據公司發展需要，逐步增資擴股，上市融資。
3.工業化
合肥國家大學科技園實現產業化分流，即將成熟的科技成果通過科技成果向社會推廣，以固定價格入股，學校獨資，與外商開展多種形式的合作。本著誰投資誰受益的原則，努力把孵化出來的成果及時推廣應用，以市場經濟為導向，創造良好的經濟效益和社會效益。
在合肥國家大學科技園規劃框架內，做了中國科大科技園、合肥工業大學科技園、安徽大學科技園三個園區的規劃，使生產廠房布局合理，企業集團相對集中，完善企業法人治理結構，校企分離，減少重復和碎片化，避免“大而全、小而全”，提高生產設備和場所的利用率，提高整體效益。
利用安徽當地的原料資源，註入成熟的科技成果，采用嫁接法和合資合作生產。如安徽大學物理系“用鐵砂制備永磁體和軟磁”項目，利用現有技術成果與馬鞍山、含山縣、金寨、懷寧縣企業合作，利用當地豐富的鐵砂資源進行加工生產。合肥工業大學駝峰生物工程有限公司生產的超純銀杏內酯，是利用安徽豐富的銀杏資源生產的壹種深受市場歡迎的高附加值產品。
積極推進高校科技成果轉化和高新技術產業化，促進以大學科技園為媒介的高校金融資本和智力資本的結合，進壹步促進地方社會經濟發展。這是合肥大學科技園的指導原則，也是深化高等教育改革的必然。合肥大學科技園積極推進高新技術成果產業化，要與社會資本相結合。以下十家園區高新技術企業是利用高校自主創新的科技成果，結合社會資金培育的高新技術企業。
項目名稱主要產品
1.HKUST創新有限公司新材料及電子信息產品
2.科大訊飛信息技術有限公司語音合成產品。
3.合肥兆豐科達藥業有限公司蝮蛇抗纖酶等。
4.合肥拓豐生物機械工程有限公司銀杏內酯系列。
5.安徽宏宇新技術開發有限公司MC尼龍管。
6.合肥工業大學瀚思軟件有限公司醫院信息管理系統
7.合肥工業大學金屬復合陶瓷高科技有限公司耐磨環保節能部件。
8.合肥工業大學力源工控有限公司數控系統驅動等。
9.合肥安達趙可精細化工廠水乳聚氨酯皮革
10.上海寶鋼安達電能質量有限公司電能質量測試儀
這十家高新技術企業是三所高校在自身優勢科技成果的基礎上，通過與社會資本的有機結合培育壯大起來的。
未來，高新技術企業將科技優勢轉化為現實的經濟優勢，不僅發展了企業自身，也實現了高校科研活動的可持續發展。