根據工作職責，區局應設置相應的內設機構。內設5個職能部門，5個稅源管理部門，級別為科級。
1，辦公室
制定局和單位的年度工作計劃和長遠發展規劃；處理局機關日常事務，起草和審核相關文件和報告；負責綜合會議組織、文秘事務、文電處理、文件檔案、文印、信訪、保密、調研、政務信息、稅務宣傳等工作；負責組織稅收科研、學術交流和科研成果的鑒定、評選、推廣和獎勵；制定辦公室規章制度；管理該股的財政和其他後勤支助以及該機關的行政事務；負責局和單位目標管理的考核和監督工作；組織實施綜合行政管理信息系統；辦理NPC代表和CPPCC委員的建議；協助領導綜合協調相關工作；承辦領導交辦的其他工作。
2.政策和法規科
負責流轉稅、所得稅等稅種的稅務管理業務；管理增值稅專用發票；負責金稅工程流轉稅業務的管理、推廣應用、認證和稅務備案、數據采集和審計管理；負責增值稅等稅種的日常審核和日常管理檢查；承辦重大稅收案件的審理、行政處罰和聽證；負責稅務行政訴訟和行政復議；負責稅收協定執行、反避稅、外國居民稅收監管、信息交流、國際稅收管理合作等工作。；負責涉稅法律事務；負責組織稅收法律法規實施的日常管理監督檢查；負責審核確認出口企業退(免)稅申報，組織實施地方出口稅源征稅，回復外商來信，檢查指導地方出口貨物專用繳款書和分單的發放；承擔稅務風險分析、出口退稅風險分析和大型企業稅務風險分析；承辦領導交辦的其他工作。
3.收入會計科
負責稅收計劃管理、稅收核算、統計等信息數據的統計和分析；負責稅收計劃的編制和分配，指導組織收入工作，進行稅收預測分析，負責稅收征管信息的集中處理和核算，組織檢查稅收征管、匯算清繳制度的執行情況；負責稅源數據的調查和計算，監控重點稅源；負責稅務憑證的管理；進行全面的稅務風險分析。
負責組織實施綜合性稅收征管法律、法規和規章，處理稅收征管法律、法規實施中的有關事項；負責稅務登記、納稅申報、稅收征管和稅收信息的管理；牽頭組織對征管質量的全面評估；負責組織征管軟件的推廣應用；承擔稅收征管的稅收遵從性分析和程序性風險分析；負責與區域內地方稅務、工商、統計、電力等部門的信息交流；配合外地稅務機關開展發票倒查、異常戶匹配等互動工作；承辦領導交辦的其他工作。
4.人事教育監督科
研究和實施人事管理制度；負責組織、編制、任免、考核、調配、交流、辭職辭退、工資福利、專業技術職務等人事管理工作；負責離退休幹部和提前離崗人員的管理和服務工作；負責思想政治工作、精神文明建設和基層建設；負責教育和培訓的管理；負責黨建、工會、* *共青團、婦聯工作；負責機關黨群工作；承擔思想政治工作和精神文明建設。
負責監督檢查黨和國家的路線、方針和稅收法規的執行情況；負責黨的紀律檢查、行政監察和廉政建設；負責執法監督和整改工作；負責信訪舉報，查處違法違紀案件；承辦領導交辦的其他工作。
5.納稅服務科
組織、協調、指導本單位各部門、各稅種、各環節的納稅服務工作；組織實施納稅服務工作規範和操作規程；組織實施保護納稅人權益的規章制度和規範性文件；組織協調實施納稅輔導、咨詢服務、稅收法律救濟等工作，受理納稅人投訴；組織實施納稅信用體系建設；指導稅務糾紛的調解；組織實施對納稅人的稅法宣傳。
掛辦稅服務廳牌子，負責納稅人向稅務機關辦理的各類涉稅事項，包括稅務登記、納稅申報、稅款征收、稅款繳納、欠稅公告、發票購售、金稅發售、納稅申報審核和受理減免稅申請及相關優惠政策；承辦領導交辦的其他工作。
6.稅源管理部門5個:稅源管理部門1個，稅源管理部門2個，稅源管理部門3個，稅源管理部門4個，稅源管理部門5個。
負責稅源和稅戶的管理。
其中，五大稅源管理部門的主要職責是:
負責重點項目實施和工業稅收評估；負責稅務風險等級在四級以上納稅人的風險應對；負責部分已註銷企業註銷檢查、部分涉稅審批、優惠政策資格認定等復雜事項的核查；負責常駐機構的檢查和非居民稅收管理中關聯交易的核查；負責部分生產企業飼料加工手冊的檢查和指定專項核查；承辦領導交辦的其他工作。