基層幹部和專家呼籲，盡快出臺具體指導意見，為推進改革提供制度規範，同時加強集體產權動態管理，加大對集體經濟的幫扶力度，激發改革內生動力，實現鄉村振興。
關於土地所有權的爭議很突出。
基層幹部告訴記者，在清產核資過程中，土地權屬爭議比較大。此外，目前農村人口流動頻繁，存在壹些特殊群體，如已婚婦女戶口、女婿戶口、被收養人、被判刑人等。他們是否應該擁有股權，是否應該擁有與普通村民同等的股權待遇，成為最具爭議的問題。
河南省濮陽市農業局農村經濟管理科科長王慶國說，在清產核資過程中，土地權屬爭議比較大，“土地證不符”的情況經常發生。部分村民實際占用的土地面積與農民承包證上的土地不壹致，部分農民可能私自開墾集體荒地。由於缺乏完善的法律政策，對於壹些確權、清產核資等行為沒有具體的規定可循，這就可能給壹些利用改革牟利的人留下可乘之機。
土地確權時擱置的“硬骨頭”直接影響農村集體產權制度改革。王慶國說，土地確權時，壹些地方無法劃定土地權屬界址點和界線，難以解決的土地權屬爭議被擱置。這些以前被擱置的問題在清產核資過程中暴露出來，影響了農村集體產權制度改革。
這種權屬之爭在黑龍江省尤為明顯，黑龍江省有森工、農墾、地方縣市等多個行政體系。記者了解到，黑龍江省多個縣與農墾或森工系統存在土地權屬糾紛。壹位幹部舉了個例子，比如壹個地方，農民先耕地，然後打算變成林場。“農民其實種了幾十年，妳是林地更難。土地確權的時候，這些‘硬骨頭’就擱置了，現在資產不能再擱置了。”
近年來，由於城市化的快速發展和區域發展的不平衡，人口流動對農村人口結構產生了重要影響。福建省福州市閩侯縣從2015下半年開始開展社員身份認定工作，對尚潔鎮、甘蔗街等24個情況進行了總結，但仍未能實現所有情況的全覆蓋，新的問題層出不窮。
缺乏完善的法律和政策支持已成為阻礙改革的壹大難題。據了解，目前國家還沒有出臺集體成員身份認定的統壹規定，只是給予了相關指導。河南、黑龍江試點地區以縣為單位制定了原則性意見，但由於缺乏法律支撐，不少基層幹部表示擔憂。河南省臺前縣清水河鄉東孟樓村村支書孟慶華說，確權和身份認定都與百姓有關。雖然已經有村民代表委員會通過了決定，但是有些村民有意見，我們還是“不確定”。
金融服務包沒有跟上。
部分地區農村集體產權制度改革後，村級資源和資產的管理問題逐漸凸顯。部分地區土地經營權抵押貸款仍存在困難，農村金融服務不能滿足農村集體產權制度改革的需要。
福建省農業廳農村經濟體制與經營管理辦公室副調研員羅良標說，原來集體組織經營活動不征稅，但改革後地位發生變化，需要到工商登記，最高稅率超過50%。這打擊了新經濟組織註冊的積極性。“如果用工業企業的稅收政策來要求集體經濟，集體經濟就很難壯大，農民在改革中獲得的紅利也會被削減。”
與集體收入相比，農民更關心個人財產權和股權的“實現”。“部分地區土地經營權抵押貸款仍存在困難，不利於農村集體產權制度改革。”王慶國告訴《經濟參考報》記者，股權抵押貸款在各地都有出現，但總體來看占比很小，部分金融機構推進相對較慢，農村金融服務不能滿足農村集體產權制度改革的需要。
作為全國首批29個農村集體產權制度改革試點縣之壹，福建省福州市閩侯縣農業局經濟管理站站長程金泉介紹，農村集體產權改革包括占有、收益、有償退出、繼承、抵押、擔保等。持有股權證後，享有這六項權利是合理的。但目前只做到了前四項，“抵押、擔保受銀行限制，未完全落實”。