在保護區內從事休閑漁業活動的捕撈按照《休閑漁業管理條例》進行管理，海上生產性捕撈按照《中華人民共和國漁業法》進行管理。第四條保護區海洋捕撈實行許可制度。未取得海釣經營許可證的任何組織不得在保護區內開展海釣經營活動；任何未取得捕撈許可證的個人不得在保護區內從事捕撈活動。
保護區內海洋捕撈實行總量控制，個體捕撈限額管理。
鼓勵個人和自有漁船納入相關組織統壹管理。第五條市漁業行政主管部門主要履行下列職責:
(壹)制定全市海洋捕撈業發展規劃；
(二)確定海洋捕撈業務許可證和海洋捕撈許可證的總量；
(三)負責全市海洋捕撈管理信息化建設；
(四)市政府賦予的其他職責。第六條保護區所在縣(區)漁業行政主管部門主要履行以下職責:
(壹)海洋捕撈管理的許可、監督和檢查；
(二)實施海釣基地碼頭監管、海釣許可證查驗和漁獲物檢查；
(三)督促海洋捕撈機構落實各項管理制度；
(四)在保護區漁場進行漁業資源增殖放流；
(五)做好海洋捕撈等數據的統計工作。第七條保護區管理機構主要履行以下職責:
(壹)實施保護區漁場管理；
(二)開展海洋漁業資源調查、監測和評價的科學研究；
(三)協助保護區漁業資源增殖放流和人工魚礁建設；
(四)提出調整保護區海洋捕撈總量、捕撈標準、捕撈限額、禁漁區和禁漁期的建議；
(五)組織保護區海洋捕撈管理的宣傳工作。第八條保護區所在縣(區)旅遊部門、海事部門等單位應當按照各自職責，做好海洋捕撈經營機構、海洋漁船和海洋捕撈行為的監督管理工作。第九條鼓勵組織和個人舉報違法違規海釣行為，舉報經核實後，對舉報人給予適當獎勵。第二章海洋捕撈許可證的申請和管理第十條海洋捕撈業務許可證和海洋捕撈許可證的申請，應當向保護區所在地的縣(區)漁業行政主管部門提出。
海洋捕撈業務許可證的有效期為五年。
海洋捕撈許可證分為長期許可證和臨時許可證兩種。長期證書的有效期為五年。臨時證件分三種:壹天、三天、五天。第十壹條申請海洋捕撈業務許可應當具備下列條件:
(壹)具有法人資格；
(二)有經有關部門檢驗合格的船舶；
(三)有完善的安全生產管理制度，落實安全管理人員；
(四)有專用泊位，配備消防、救生等安全設施；
(五)法律法規規定的其他條件。第十二條申請海洋捕撈許可證應當具備下列條件:
(壹)具有完全民事行為能力；
(二)服從海釣安全管理；
(三)法律法規規定的其他條件。第十三條申請海洋捕撈經營許可證，應當提供下列材料:
(壹)營業機構的營業執照；
(2)海洋漁業船舶檢驗證書、所有權證書和國籍證書，租賃船舶需有租賃協議；
(三)海上漁業船舶靠泊碼頭使用權證明，租賃碼頭的還應提供租賃協議；
(四)單位安全管理制度、安全管理人員花名冊、通信、消防、應急救援等安全設施設備配置證明材料；
(五)法律法規規定的其他材料。第十四條申請海洋捕撈許可證應當提供下列材料:
(壹)本人身份證復印件，外國公民需提交個人護照和在華旅行或工作證明；
(二)服從海釣安全管理的承諾書；
(三)法律法規規定的其他材料。
海捕證可以由本人辦理，也可以由海捕作業機構辦理。委托辦理的需提供委托書。第十五條捕撈組織和個人應當依法繳納漁業資源增殖保護費。漁業資源增殖保護費專項用於漁業資源增殖保護。
漁業資源增殖保護費由保護區所在縣(區)漁業行政主管部門收取，經主管部門批準後實施。