幸存的人類被迫生活在地下城市的禁區，這些國家聯合起來組成了壹個組織，叫做“偉大的聯合國”。偉大的聯合國成立了宇宙科技署(USTA)，其任務是在遙遠的太空為人類找到壹個新的家園。2087年，研究人員特裏拉斯·巴施泰因(Trillas Bachtein)的曲線駕駛實驗獲得成功，這是太空旅行的壹項突破。太空時代元年S.D 0001年，USTA秘密提出太空偵察部隊(簡稱SRF)項目，標誌著0010年太空時代人類第壹批遠征外太空，尋找合適的星球安置人類。阿奇·馬華力是太空探索力量計劃的成員。跟隨好友雷米·桑傑(Remy Sanjay)被分配登上第壹批星際旅行飛船，受人類指揮，去發現其他合適的未知世界和可能作為人類新家園的地方。阿奇最好的朋友克羅·阿爾梅德(Crowe Almeid)是太空勘測部隊的壹名上校，也被分配到這項任務中。離開月球基地後，由於阿奎拉給克羅的命令，雷米和阿奇被分配到卡爾納斯飛船的船員崗位。發射壹段時間後，飛船轉移到多維空間。然而，在通道中間出現了許多流星雨，所有的航天器都被迫在Aeos星球緊急著陸。卡爾納斯飛船的上校給阿奇和雷米分配了探索星球和搜尋其他飛船的任務。在搜索過程中，兩人發現了壹艘被擊落的宇宙飛船和壹名幸存的乘務員。乘務員告訴這兩個人，壹個怪物很快就會襲擊。在壹個神秘人物的幫助下，他們打敗了這個生物。這個神秘人物，法伊茲·謝法·貝萊斯(Faize Sheifa Beleth)，是壹個長老(不同於地球的人類)，也是地球的盟友。他們三個轉身回到了卡爾納斯飛船，壹個由長老們建造的大基地。它揭示了長老們已經和地球結盟好幾年了。事實上，長老們對地球的太空旅行給予了科技支持。經過壹番清理，卡爾納斯飛船的上校命令阿奇、雷米和法伊茲跟著他。卡爾努斯飛船修好後，他們再次向外太空進發。
在太空調查部隊的操作員韋爾奇·維亞德的幫助下，他們三人繼續他們的探索任務。他們向勒姆裏斯進發，開始探索。這個小組遇到了壹個小女孩Lymle Lemuri Phi，她是壹個老村民的孫女。該團隊最終找到了壹艘墜毀的外星飛船，並找到了壹種可以把人變成石頭的受感染資源。這艘外星飛船展示了壹艘Cardianon飛船，那艘用人類做實驗的飛船。萊姆爾加入了他們的隊伍去阻止卡迪農的母船。卡迪農無家可歸。在這艘母艦上，他們發現了更多的實驗，把卡迪安人變成怪物的實驗。最後，他們遇到了Morphine Cyberborg Bacchus D-79宇宙飛船，當Morphine Cyberborg Bacchus D-79宇宙飛船因為海拔高度而落入未知的銀河裂谷時，他們的團隊逃脫了。團隊壹致認為，他們需要回到基地，報告地球上的老人，嗎啡和Cardianons實驗。當他們試圖在高空飛行時，團隊被困在壹個奇怪的漩渦中，並在壹個地方的壹個星球上著陸。
經過初步探索，他們確定自己在地球上，但卻在1958。我不知道他是如何穿越時空的，但他們確定的最佳行動方案是放棄。然而，他們為時已晚，卡爾納斯飛船和雷米被政府抓獲。他們遇到了壹個叫克勞斯的人，他們告訴他他們來自新墨西哥州。克勞斯是政府的科學家，致力於研究外星人。他們設計了壹個計劃，利用巴克斯的隱形能力，西蒙假裝逮捕外星人。壹進入設備，他們就遇到了被囚禁了幾年的類似貓的人形生物Meracle Chamlotte。梅拉克最終加入了承諾幫助他逃跑的隊伍。跑去找尼科爾指揮官後，阿奇有了壹個選擇。他可以打開他的方式，造成幾起死亡，或者允許他們使用他船上的技術來幫助地球前進。阿奇屈服了，背叛了所有人。指揮官妮可想要制造武器。絕望中，阿奇和他的朋友被關進監獄。與雷米重逢，他們因為克勞斯擁抱了妮可而逃脫，然後他們被殺死，整個地球在爆炸中消失，這讓卡爾納斯回到了原來的時間。
在從SRT總部聯系上Welch後，這個小組得出結論，他們處於另壹個維度。EDGE造成了很多生命的損失，他都歸咎於自己，因為他是隊長，這是他的選擇。雷米在指揮並挖掘和收集這個星球上ROAK集團的土地上的材料。在繼續他的決定的同時，這阻止了小組探索許多麻煩。這個小組會見了當地婦女和加入他們組織的羽人莎拉·傑蘭德。該小組發現壹個神秘的邪教組織綁架了人，並要求與當地先知Eleyna協商。莎拉也被邪教綁架了。這群人遇到了另壹個對克羅懷恨在心的嗎啡人米裏亞·蒂奧尼索斯。她強行加入了這個團體。先知告訴邪教組織在壹座名為“Purgatoriam”的塔中與該組織會面，她還告訴他，他正處於命運的邊緣，必須忍受他們的選擇。進入塔內，這群人贏得了底部，並會見了邪教領袖塔米爾。小組打敗了他，優勢救了莎拉。當Faize發現信徒們早前屠殺了壹小群遊牧民族來幫助他的研究小組時，他陷入了困境。
阿奇已經來查看地球更換的情況，並再次接受了命令。巴克斯透露他的任務是消除名為“消失過程”的項目。物體被強制進化變異動物(透露幾個遊戲主遇到過這些項目，就是這樣的變異)。韋爾奇聯系了該組織的信息，而AEOS指揮中心已經停止了通訊，並命令該組織進行調查。這壹組人返回AEOS指揮中心，該中心已經受到神秘力量的襲擊和破壞。最終，這支隊伍遇到了船只和軍隊，這似乎是SRT。然而，他們的攻擊和團體試圖保護自己，發現他們是敵人的“幽靈”。最終，這群人被克羅和老人阿魯馬特救了出來。克羅透露，他已經放棄了自己的使命，正在尋求摧毀“缺乏程序”。阿魯馬特解釋了埃達裏安人的家園神族是如何被攻擊並摧毀幻影的。法伊茲離開了，克勞和阿魯馬特領先。克勞托空間，在那裏他參與了更多對抗幽靈飛船的戰鬥，試圖拯救和保護埃爾達裏安難民。無奈，Faize手表被擊落，並摧毀了壹個又壹個在埃爾達裏安難民船。無法繼續觀看場景的展開，Faize進入了他的sol，加入了克洛伊在戰鬥中的挫敗感。
艾吉的團隊找到並摧毀了AEOS上的水晶碎片，並說服阿魯馬特加入他們。巴克斯告訴他們，他們將Morphus家，恩二。關於Ener，小組了解到，消失程序是壹個存在於另壹個維度的實體，但如果任其發展，它會吞噬他們的維度。就在這時，星球遭到了幽靈的襲擊，我們小組成功保衛了地球。隨著卡爾納斯被改造成壹艘戰艦，邊緣對放棄自己的使命產生了懷疑。雖然他知道自己為之奮鬥的是正確的，但當他看到改造成戰艦和和平探索船的卡爾納斯時，他感到氣餒。工作組獲悉，失蹤過程本身幾乎不可能被摧毀。但是，有壹種能量叫做“氮氧化物暗條紋”，即被破壞的晶體碎片被放大，反饋到缺少程序的源頭。團隊制定了壹個計劃，滲透氮氧化物的暗線，摧毀實體。整個Morphian艦隊攻擊氮氧化物的暗線，這些暗線是為了抵禦地球月球基地的毀滅。烏鴉揭示他還活著，犧牲自己摧毀障礙，允許邊緣和公司條目。在裏面，小組了解到卡迪亞農母艦的大部分結構都是由很多怪物組成的，這是他們想出來的。穿過幾層樓後，輸入組創建了宮殿，以滿足創造性的使徒。使徒們告訴他們，他們的同化是不可避免的，並停止了戰鬥。在他的失敗中，他揭示了這是Faize，給予進入程序和同化。法伊茲曾經被同化成壹個可怕的福祉和戰鬥團體。
怪物被打敗了，月亮開始崩塌。我不願意丟下Faize，試圖去救他，但是兩個人都掉進了壹個巨大的入口。《邊緣覺醒》漂浮在壹個單獨的維度中，克洛和費澤告訴他，他們很好，會壹直照顧他。邊高興地與大家團聚，並返回到他自己的美國網球協會航天器的大小。埃爾達裏安人的指揮官加甘(Gaghan)表明，萊姆勒的家——勒穆裏斯，就是他們嘗試了多年的星球，他們的壹些祖先已經遷移到了那裏。因此，利穆裏斯和埃爾達裏亞的居民擁有同壹個祖先，他們計劃殖民，將利穆裏斯作為他們的新家。指揮官“光速”肯尼為邊際和雷米提供了前往其他星球的機會，並傳播他們自己的技術，以創造壹個更加和平的宇宙。《邊緣》提供了壹個溫暖的演講，講述他們的行動如何與消失的過程壹模壹樣，如何給那些沒有準備好只會給人們帶來災難的先進技術壹個溫暖的演講。Morphian的代表承認Edge對他的論點是正確的，Morphus將繼續監測不幹擾銀河系中其他生命形式的程序的缺乏。埃爾達裏安人也同意並決定，壹旦到了勒姆裏斯，他們將剝奪他們的先進技術，自己重新開始。人類已經將他們所知的埃爾達科技拋在身後，獨自推進他們自己的自然步伐。
阿奇的團隊解散了，成員們回到了自己的家和家人身邊。法伊茲設法從其他維度返回，發現萊姆爾的石頭殘骸在和她的祖父說話。隨後，米利亞找到了自己的幸福，狄俄尼索斯再次與妻子成為血肉之軀。阿魯馬特成為壹名太空流浪者，保護他遇到的人。Meracle恢復生命Eleyna和莎拉終於展開她的翅膀，學習飛行。克洛伊被沖到了ROAK的海岸，並娶了艾麗娜。還有CPT。邊緣的小牛和副駕駛雷米特立獨行，再次只有兩名乘客登上卡爾努斯馬赫二號的頭部，在未知的巨大恒星海洋中用壹天時間滿足老戰友的期待和興奮。