負責文電、會議、機要、檔案、資產、政務公開、監察、信訪、安全保密、信息化工作；負責國防科技動員工作；組織重大研究；承擔新聞發布工作。
政策法規處(行政許可處)
負責全面依法行政和規範性文件的審查；負責擬訂本市專利及相關知識產權保護和發展的法律、法規和政策；負責專利及相關知識產權的宣傳、教育、培訓和信息統計；負責專利及相關知識產權工作的對外交流與合作；負責專利及相關知識產權的行政執法；依法查處假冒專利侵權行為；專利及相關知識產權糾紛的調解；組織知識產權執法合作機制的相關工作；負責軟科學年度研究計劃並組織軟科學研究成果的評審。承擔部門行政許可服務職責。
發展規劃和財務辦公室
組織制定全市科技發展規劃和年度計劃；提出科技計劃經費分配建議，牽頭制定市科技計劃和項目管理辦法，負責科技計劃項目實施的監督管理；負責國家和省科技項目的組織和推薦；負責科技評價管理和科技統計分析；負責機關財務工作，監督和指導直屬單位財務和國有資產管理；承擔市科技廳的具體工作。
科技事業與條件司
擬訂科技基礎設施、“三創”載體建設和科技體制改革的規劃和政策；會同有關方面提出合理配置科技資源的重大政策措施；推進R&D重大機構、重點實驗室、工程技術研究中心、科研平臺、科技企業孵化器、加速器等科技基礎設施建設，享受科技資源；制定並組織實施科技服務業發展規劃；負責科學技術費的分配和使用管理；承擔市級自然科學研究機構和民辦非企業科技單位登記前的審查；負責科研技術設備和實驗動物的管理；負責科技強軍；承擔市科普聯席會議辦公室的具體工作。高新技術發展和產業化處(創新體系建設處)制定高新技術發展和產業化的規劃和政策，培育發展戰略性新興產業；編制並組織實施全市高新技術研究發展規劃和政策性科技計劃；承擔國家級和省級高新技術產業開發區業務指導的相關工作；負責組織申報高新技術企業、省級高新技術產品和火炬計劃以及市級高新技術產品的認定；引導高科技特色產業基地等科技創新創業載體建設；推進產業技術創新聯盟建設，加快區域創新體系建設；參與科技、金融等方面的推廣工作，推動科技創新創業服務體系建設。
科技成果和技術市場處(產學研合作處)
負責制定促進科技成果轉化、發展技術市場和推進科技中介服務體系建設的相關政策；負責管理全省重大科技成果轉化項目；制定科技成果登記、鑒定、推廣、交易管理辦法和科技保密管理辦法並組織實施；負責全市科學技術獎勵工作；制定促進技術市場發展的政策；推進企業院士工作站建設；指導技術合同的認定和登記工作；承擔技術貿易機構設立登記前的審核工作；制定促進產學研結合發展的規劃和政策；組織實施市級產學研合作項目；聯系國內重點大學、科研院所、在無錫設立的機構和重點產學研合作單位並承擔相關工作；負責區域科技合作，組織開展全市產學研合作成果展示、洽談等國內科技合作與交流；聯系部和省駐錫科研院所的相關工作；承擔市產學研辦公室的具體工作。
農村科學技術和社會發展司
擬訂農業、農村和社會發展領域的科技發展規劃和政策；編制並組織實施農業和社會發展領域的科技計劃和基礎研究計劃；組織實施現代農業科技創新；指導農業科技載體和農業科技示範推廣基地建設；負責科技扶貧，推進農業和農村科技進步；組織實施涉及資源環境、生物技術、醫藥衛生等社會發展領域和可持續發展綜合實驗區的科技工作。
信息辦公室
負責制定信息技術領域科技發展規劃並組織實施；制定促進信息領域技術進步的政策和措施；組織實施信息技術領域關鍵技術和前沿技術的研發計劃；負責信息技術領域特色基地和科技園區建設；推動制造業信息化發展；管理無錫國家集成電路設計基地；負責組織技術先進型服務企業的認定申請；參與服務外包產業的培育和發展。
知識產權綜合管理辦公室
負責指導和協調全市專利及相關知識產權工作；負責申報和組織實施國家、省、市下達的專利及相關知識產權規劃項目；負責專利專項資金的工作；負責組織國家、省、市專利獎的申報和評選；負責專利市場的管理；會同有關部門指導全市專利及相關知識產權的無形資產評估和質押融資工作；承擔市知識產權聯席會議辦公室的具體工作。
國際科技合作辦公室
擬訂國際科技合作與交流的政策和措施；編制並組織實施市國際科技合作計劃，組織國際技術轉移；會同有關部門組織引進國際科技人才，促進其項目產業化；承辦本市對外科技交流與合作中與代表團和人員出國(境)有關的事項和國際科技展覽的審核事宜；開展涉及港澳臺的科技合作與交流；負責對外科技宣傳。
組織人事處(機關黨委)
承擔機關和直屬單位的編制、組織和人力資源管理工作；組織實施自然科學研究、知識產權等系列專業技術職稱評審工作；負責離退休幹部的教育培訓；會同有關部門制定科技人才引進和隊伍建設規劃，提出相關政策建議；承擔與中國科學院、中國工程院院士的聯絡工作。
政府機關黨委負責政府機關的黨建工作。