第三條工程中心建設的目的是在國家中長期科學和技術發展規劃的指導下，結合學校學科總體規劃，面向國際高新技術發展方向和國家經濟建設、社會進步、國家安全的發展戰略，開展具有重要市場價值的科技成果的工程化研究和系統集成，並轉化為適合規模化生產的具有市場競爭力的工程化、關鍵化技術或技術產品。
第四條工程中心的建設目標是形成科技成果產業化的工程驗證環境和對科技成果進行技術經濟分析和工程評價的能力；打造壹流的技術創新開發和系統集成團隊；形成持續創新的可持續發展能力，推動行業技術進步。
第五條工程中心的主要任務是以國家戰略需求為目標，以技術集成創新為核心，持續為社會提供工程技術成果；研究提出行業技術標準和規範；促進從國外引進的先進技術的消化、吸收和創新；推進交叉學科，培養科技創新人才和管理人才；為產業及相關領域的發展提供信息和咨詢服務；開展國際合作與交流。
第六條工程中心是依托高校開展工程技術創新和系統集成的科研實體，是學校學科建設的重要內涵。高校要將其納入重點學科建設和科技創新基地建設發展規劃。工程中心是相對獨立、與院系平行、在資源配置上依托高校的二級機構。
第七條教育部對工程中心實行定期評估、動態管理、優勝劣汰、滾動發展的管理機制。第八條教育部是工程中心的行政主管部門，其主要職責是:
(壹)根據國家科技發展戰略和行業技術發展狀況，制定工程中心的發展規劃和實施方案，制定工程中心建設和管理的政策措施指導工程中心的運作和管理。
(二)確定工程中心的項目，組織工程中心的驗收和評估。
(三)任命工程中心主任，備案工程中心技術委員會主任。
(四)根據形勢發展，調整現有工程中心的規劃和布局。
第九條各省、自治區、直轄市教育行政部門主要負責依托地方高等學校的工程中心建設:
(壹)配合教育部制定地方高校工程中心的發展規劃和計劃；創造條件將工程中心納入區域創新規劃。
(二)組織地方高校工程中心的申報和建設，指導本轄區工程中心的運行和管理。
(三)對地方高校推薦的工程中心主任候選人進行初審，並報技術委員會主任備案。
(四)落實工程中心建設和運行的配套條件及地方相關政策。
第十條高等學校是工程中心建設的依托單位，負責工程中心的建設和日常管理。主要職責是:
(壹)組織編制工程中心建設項目可行性研究報告，負責工程中心的建設和實施。
(2)將工程中心的建設發展納入相關學校規劃，根據學科特點、行業背景和學校管理實際情況，制定有利於工程中心發展的管理體制和運行機制；協調解決工程中心建設和發展中的重大問題，落實資金等配套條件。
(三)負責工程中心主任的選拔、推薦和考核，聘任工程中心副主任、主任、副主任和技術委員會委員。
(四)制定有利於工程中心建設和發展的評估制度，負責工程中心的日常評估和預評估，並向上級主管部門提交評估和預評估結果。配合主管部門做好工程中心的驗收和評估工作。
(五)根據技術委員會的建議，及時向教育部提交工程中心建設和發展中的重大問題。第十壹條工程中心的立項和建設管理主要包括項目的申請、評估和實施。
第十二條工程中心建設項目應具備以下條件:
(壹)依托重點學科或優勢學科，整合各方面資源，高起點建設；在相應技術領域具有紮實的工程技術開發和成果轉化基礎、特色和成果；具備支撐相關學科和技術的系統集成條件，有利於促進學科交叉，為學校長遠發展提供有力支撐。
(二)擁有多項自主知識產權和良好市場前景的重大科技成果。
(三)具備科研成果工程化所需的部分設備和基礎設施，能夠為項目建設和運行提供必要的支撐保障。
(四)具有較強市場意識和轉化經驗的精幹管理團隊和技術帶頭人，能在本領域建設壹支結構合理、工程研發和轉化質量高的高水平技術創新團隊。
(五)具有良好的工程運營管理水平和有效的人才激勵機制。
(六)擬申請的工程中心已納入當地和依托高校科技創新基地的建設規劃或相關計劃，有明確的發展目標和建設思路，提出的建設方案可行，建設配套資金落實。
第十三條符合工程中心項目申請基本條件的高等學校，應根據工程中心建設計劃，編制教育部工程研究中心建設項目可行性研究報告(含1)，壹式兩份報送教育部。
地方高校的立項申請，由所在地省級教育行政部門審核後提出。
第十四條教育部對報送的《教育部工程研究中心建設項目可行性研究報告》進行資格審查，對可行性研究報告將組織專家進行論證(或根據情況采取實地考察)。根據專家意見，教育部在綜合研究的基礎上批準了該項目。
依托地方高校項目建設，工程中心由省廳建設。
第十五條依托批準的高校，落實資金和建設條件，組織項目的具體實施。工程中心建設期間，依托高校要加強監督管理，按時提交年度工作總結。教育部將對工程中心的建設情況進行檢查。
第十六條依托高等院校應保證工程中心建設期間負責人的相對穩定。對於連續六個月不在崗的工程中心負責人，依托單位應及時調整並報教育部批準。工程中心建設過程中，如對原計劃進行重大調整，必須重新進行論證，並經教育部組織的專家批準後方可實施。
第十七條工程中心新增固定資產投資規模原則上不低於10萬元，R&D和成果轉化空間不低於5000平方米，相對集中。如有行業或領域特點，申報項目時必須說明，按教育部批準的建設規模執行。
第十八條工程中心建設資金可以多元化籌措，鼓勵社會投資機構、企業或個人投資工程中心的成果轉化。國家撥給該中心的建設資金應專款專用，主要用於采購工程研發和測試所必需的設備和儀器，引進必要的技術軟件和培訓人員。
第十九條工程中心的建設周期為兩年。驗收合格後，將投入運營。第二十條工程中心應加強體制創新和機制創新，根據實際情況探索不同的管理模式和運行機制，促進工程中心的建設和發展，取得良好的經濟效益和社會效益。
第二十壹條工程中心在依托單位的領導下，實行主任負責制，主持工程中心的全面工作，向依托單位提名推薦工程中心副主任和技術委員會成員。
第二十二條工程中心主任的崗位要求是:學術造詣深，工程技術水平高，具有開拓創新意識；熟悉國內外相關行業的技術發展趨勢；較強的組織管理能力和市場開拓能力；身體健康，精力充沛，年齡原則上不超過50。
第二十三條工程中心主任由依托高等學校提名，教育部聘任。工程中心主任任期為5年，采取“2+3”考核管理模式，即工程中心主任任職滿2年後，對工程中心和工程中心主任的業績進行中期考核，並報教育部審批。考核不合格的教育部將被開除。
第二十四條技術委員會是工程中心的技術咨詢機構，其職責是審議工程中心的發展戰略、研發計劃，評估工程設計和試驗方案，提供技術經濟咨詢和市場信息，審議工程中心的年度工作。技術委員會會議每年至少召開壹次。
第二十五條技術委員會由工程中心所在地的科技、工程、相關企業和經濟界的專家組成，其中依托單位人員不超過總人數的三分之壹，中青年委員不少於總人數的三分之壹。技術委員會成員的任期為五年，成員更換時應更換三分之壹左右。
第二十六條工程中心實行項目合同制和人員聘任制。R&D團隊由固定人員和來訪流動人員組成，規模壹般在100左右。固定人員由工程中心主任在校內外委派。來訪流動人員由項目負責人根據工作需要和R&D項目實際情況委派，經工程中心主任批準後視同流動編制，相關費用在項目經費中列支。
第二十七條工程中心應建立健全內部管理規章制度，重視工程開發設施和網絡環境建設，提高使用效率，重視知識產權保護、學術道德建設，加強數據、資料和成果的真實性審核和歸檔。
第二十八條工程中心原則上應實行相對獨立的財務核算，按國家相關法律法規進行管理，其成果轉化收入主要用於依托高校學科建設和工程中心的可持續發展。第二十九條依托高校完成工程中心建設任務後，應及時總結並提出驗收申請，編制《教育部工程研究中心建設總結報告》(附件2)報送教育部。
省級建設工程中心的驗收申請，由所在地省級教育行政部門審核同意後，報教育部。
第三十條教育部根據教育部工程研究中心驗收大綱(附件3)和批準的教育部工程研究中心建設項目可行性研究報告及相關文件，組織專家對教育部工程研究中心進行驗收。
第三十壹條教育部對通過驗收的工程中心正式命名和授牌，並納入教育部工程中心系列管理，任命工程中心主任。對於驗收不合格的工程中心，教育部責成高校限期整改驗收專家組提出的問題。被責令整改的工程中心可在壹年內再次申請驗收。驗收合格後，將正式命名授牌，仍未通過驗收者將被撤銷。
第三十二條對於建成後運行滿三年的工程中心，教育部將根據《教育部工程研究中心評估大綱》(附件4)組織專家對工程中心的績效進行評估，並予以公布。
教育部將對建設成果和評估結果優秀的工程中心給予支持，並酌情推薦其申報國家工程(技術)研究中心。對於評估績效較差的工程中心，教育部將給予黃牌警告並責令其限期整改，壹年內重新評估後績效無較大改善的，將撤銷其評估資格。
第三十三條工程中心的建設和運行應引入競爭和激勵機制，實行動態管理和滾動發展，達到鼓勵先進、淘汰落後、調整布局的目的。鼓勵在技術領域和工作方向與現有工程中心相近的高校技術創新平臺，在現有工程中心評估前提出工程中心立項建議，按照優勝劣汰原則給予滾動支持。