本變通規定所稱“水資源”包括地表水和地下水。第三條自治州、縣人民政府應當將水害的開發、利用、節約、保護、治理和防治納入國民經濟和社會發展規劃，增加財政投入，加強水利基礎設施建設，建立水資源開發利用補償機制。
各級人民政府應當采取措施，加強天然林保護、退耕還林、退牧還草和生態移民，加強水源涵養、水土保持和濕地保護。第四條自治州水資源綜合規劃由自治州水行政主管部門會同州級有關部門編制，經自治州人民政府批準，並報上壹級水行政主管部門備案。國家控制的江河、湖泊的流域水資源綜合規劃，由自治州水行政主管部門會同州級有關部門和有關縣人民政府編制，報自治州人民政府批準。縣水資源管理綜合規劃由縣水行政主管部門會同同級有關部門編制，經縣人民政府批準，並報自治州水行政主管部門備案。自治州水資源綜合規劃應當服從流域水資源綜合規劃和全省水資源綜合規劃。
專業規劃由縣級以上人民政府有關部門編制，征求同級其他有關部門意見後，報同級人民政府批準。專業規劃應服從自治州水資源綜合規劃。
水資源綜合規劃應當與國民經濟和社會發展規劃、土地利用總體規劃、城市總體規劃和環境保護規劃相協調，兼顧各地區、各行業的需要。
批準的計劃必須嚴格執行。規劃的修改須經原批準機關批準。
規劃所需經費列入相關部門預算，由同級財政予以保障。第五條開發利用水資源應當首先滿足城鄉居民生活用水，兼顧農業、工業、生態環境和航運需要。
水工程建設應當保護生態環境，保持河流合理流量、湖泊水庫合理水位和水體自然凈化能力，按照有關規定為河流預留生態用水，防止水土流失，兼顧防洪、供水、灌溉、漁業和生態的需要。
在自治州境內開發利用水資源的自然人、法人或者其他組織，應當完成建設項目規劃同意書、水資源論證、取水許可、建設項目水土保持方案和環境影響評價、涉水項目建設方案、漁業資源環境影響評價審查和補救措施審批報告、防洪影響評價報告，並經水行政主管部門和環境保護行政主管部門審查同意，接受水行政主管部門和環境保護行政主管部門的監督檢查。第六條自治州、縣人民政府應當加強水文水資源管理信息系統建設。
自治州水行政主管部門應當加強水資源的動態監測和水工程流量的監測。第七條自治州實行水資源有償使用制度，按照市場化配置資源的原則，以多種方式公開出讓水能資源開發權。
自治州水行政主管部門按照分級管理權限負責本行政區域內水資源的統壹管理和監督，並在其職權範圍內負責取水許可制度和水資源有償使用制度的組織實施。
在自治州轄區內取得水能資源開發權和開發建設水電站的自然人、法人或者其他組織，應當在項目所在地進行登記，依法繳納水資源費、水土保持設施補償費、漁業資源增殖保護費、河道(堤防)建設維護管理費、水能資源開發補償費。
水資源費按實際發電量和省政府規定的上限征收，其余水資源費按省政府規定征收。第八條自治州依法征收的水資源費、水土保持設施補償費、漁業資源增殖保護費、河道(堤防)工程建設維護管理費和水能資源開發補償費，專項用於自治州水資源的節約、保護、規劃管理和開發利用。第九條跨自治州和沿邊界修建的水電站，自治州應當分享該項目的稅收收入，具體比例，按上級人民政府的規定執行。
自治州轄區內勘察設計單位承擔的水資源開發利用規劃、勘察設計項目的稅收，應當照顧項目所在地的利益。