在方以智生活的時代，“三教合壹”的觀念已經深入人心。方以智的祖父吳應斌是“三位壹體教”的信徒，對方以智的易學思想產生了重要影響。在方以智的觀念世界裏，易學起著引導個體走出生死的作用，生死與超越的交匯點就是心。憂患意識是儒家仁愛天下情懷的突出表現。
方以智詳細考察了《周易》的名稱，反對把《周易》解釋為周朝。他認為應強調《周易》的意義，如“周將軍”、“周天”，並強調易道具的特點，如廣泛準備、和諧、交流。方以智反對把易解釋為蜥蜴，甚至不同意流行的日月易說。《幹》中的"龍"和中的"狐"具有豐富的象征意義，表明"斷"與"疑"之間存在著內在的聯系。方以智總結說，《易經》是壹本“長著龍尾巴的狐貍”的書。聖賢有隱德，像龍從壹端變到另壹端，隨時移動。在方以智看來，《易經》以太極為變。也是對象征意義的詮釋。變化是學習易經的基礎。洞察幾個變化，有助於進壹步領略《易經》的魅力。占蔔是探義的輔助工具。任何事物都是在人的頭腦中變化的，只有磨練自己的頭腦，才能準確理解變化的軌跡。
在討論單卦和雙卦的問題時，方以智並沒有被誰更重視卦的爭論所幹擾。而是采用了宋儒的圖式進化，將易經之始追溯到太極，從太極的運動和陰陽發展出河圖和洛書，推導出八卦和六十四卦。方以智並不否認占蔔在日常生活中的積極作用，而占蔔畫是壹種意義很高的古文字。他還將“三變”的概念納入自己的象數體系，並作出了合理的解釋。方以智在討論卦名、警句作者這壹基本問題時，沿襲了前人的觀點，認為《易經》分上下經，每壹重卦都有文王所定卦名、周公所作警句名、孔子所作“十翼”名。他們都是易學史上的重要人物。易學家對此有不同的看法。方以智將伏羲、王文、姬子、孔子列為“四聖”，認為從伊名引用的王文、姬子的事跡來看，他們都是“大苦”，周易與洪範有內在的壹致性。
在覺郎道生的影響下，方以智極力主張“以莊為易之傳人”。在這種學術觀念中，莊子、孟子、屈原都被視為孔子思想的繼承者，莊子成了儒家的“孤兒”。莊子借助老子學說的外殼繼承了儒家的精髓，與同時期自稱儒家的學者不同。“以莊為易”似乎顛覆了壹般學者對《莊子》文本和思想的傳統定位。然而，在這些荒誕的說法背後，隱藏著覺郎道生和方以智等人對自身處境和身份的焦慮。這些學者試圖彌合僧人身份與儒家信仰之間的鴻溝，進而提高信徒的素質。在方以智看來，老子詆毀聖人，蔑視仁義，與莊子相悖。再次證明了托孤論的合理性。方以智認為，《莊子》不僅與《周易》有聯系，而且與孟思學派有密切關系。它們之間的密切關系為後人以禪釋莊提供了依據。與莊子同時代的惠施，也應該享有更高的歷史地位，即使宋明儒學對惠施的學問不感興趣。但不可否認的是，“萬物壹體”的觀念源於惠施。方空營和方以智註重探索“萬物壹體”的概念，以反對利瑪竇通過否定“萬物壹體”的思想價值來傳播基督教信仰的企圖。
方以智非常重視象數的積極作用，充分論證了象數易學的解釋方法。方以智對河圖、洛書中涉及的形象數學理論深感興趣，將所謂“從大壹”定為太極演化萬物的基本過程，從而探索“物理學”，加深對自然和人類社會的認識。結合“壹分為二”和“合二為壹”，揭示了“太極不落，無有”的基本屬性，探討了“三”與“壹”的邏輯關系，用佛教模式“∴”闡述了自己的觀點，並提出了所謂的“三怕”、“三謂”、“三悟”
方以智對“兩室”即天地之間的事物有著濃厚的認知興趣，並試圖以象數為認知方式推進“二維測量”的相關研究。在方以智易學的整體結構中，“象”、“數”、“理”、“氣”占據著非常重要的位置。與壹般易學家談義不同，方以智側重於從象數演變。氣不是混沌的存在，而是包含著所謂的“自然秩序”或“事物的等級”，二者都可以用數字來分析。所以可以說是“凡事都算”。當然，這裏所說的“數”並不是西方數學中的數，而是《內聚傳》中所謂的“天地之數”，也可以說是在河圖、洛書等系統中。
方以智把太極放在“河圖”變“洛書”的過程中，受到王選“迷言”說的限制。他認為《河圖》強調五行共存，《河圖》強調五行相生相克，透露出“尊陽”或“扶陽抑陰”、“金火易位”、“五行尊火為宗”等觀念。即所謂的“四象新說”有力地推動了象數學理論的發展。方以智的易學思想是支撐其科學思想的方法，他的“易”以象數為末，精、變、神盡在其中”的觀點，表明象數已成為研究“物理”的重要方法。方以智認為占蔔是理數合壹的有力證據，方以智最大的貢獻在於用“天人合壹”的基本觀點闡釋了“天人合壹”，突出了人在宇宙中的突出地位和價值，否定了西方傳教士的宗教觀念，有效地促進了中西文化的交流與互動。
方以智以易學的表達方式，將新的註重觀察和實驗的精神融入傳統學術的變革和發展之中。在自然科學領域，方以智以“質量”和“通識”為新方法，在易學理論中引入歸納法和演繹法，倡導“藏智於物”的觀點，試圖扭轉宋明以來儒家強調道德修養而忽視客觀事物的局面。方以智回顧了中國在自然科學方面的固有成就。吸收當代西方科學理論並用自己的語言進行闡釋，不僅有效地促進了中西文化交流，也為傳統易學的理論創新指明了方向。方以智以“資格”作為萬物的存在方式，提出了“法可生道”的說法，對自然和人類社會進行了深入的研究，不僅在自然科學方面取得了顯著的成就，而且在儒學方面也做出了巨大的貢獻。
在社會治理方面，方以智全面闡釋了“屠殺”這壹重要概念，從中發展出壹套有利於維護社會穩定的治理方案。在這個概念結構中，天構成了社會治理和權力分配的理性基礎。“天”的核心價值是人生之德，或者可以概括為儒家所說的仁。方以智在兼顧知識與道德的前提下，對“自由”這壹概念進行了新的闡釋。有效處理“自由”與“* * *妳”的關系，既關註公共生活必要規則的建構，又關註社會成員的精神世界，反對懷舊和莽撞，以“空明”為個體實現“自由”的基本途徑，以“孔顏之樂”為“自由”的本質，最終實現人。本文以朋友之間的平等共處作為維護五倫的基礎，試圖從儒家學術中發揚平等精神。在政治理念上，方以智主張“政宰民，宰君”，在反思“師夷長技”、“尊道”、“師夷長技”的基礎上，將傳統儒家君臣關系轉化為君、政、民的關系，將君民關系轉化為國民關系。
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方以智繼承了以“理”釋“性善”的學術傳統，主張講求“實物”，反對“空談”。儒家思想的社會功能在於維系人倫，探索“物理”，以* * * * *道德幹預權力運行，推動政治向穩健方向發展。從個體道德修養的角度看，易學有助於君子人格的塑造，在整個社會也是如此。敦促社會成員改過自新。方以智總結了他的易學思想，指出:“真天統壹天地，真陽統壹陰陽，統攝萬物以防，至善統壹善惡，理理統壹氣，統攝萬物”。方以智在經歷了困難和磨煉之後，得出了“仁是儒家的價值源泉，李雲”的結論。以及儒家對“物理”和“度”的基本態度。方以智的易學思想十分重視儒家的“壹以貫之”觀念，力圖整合古今中外壹切優秀的學術成果，形成壹種全新的觀點。