洪澤湖蓄滯洪區、自然保護區和大運河文化帶的管理，按照有關法律、法規和國家、省有關規定執行。第三條洪澤湖保護應當堅持生態優先、綠色發展，遵循科學規劃、系統治理、統籌兼顧、協調治理的原則。第四條省人民政府和相關設區的市、縣(區)人民政府(以下簡稱相關縣級以上地方人民政府)應當將洪澤湖保護納入國民經濟和社會發展規劃，將洪澤湖保護經費納入本級財政預算，履行調整經濟結構、優化產業布局、推動綠色發展、促進生態安全的職責。
相關鄉鎮人民政府和街道辦事處應當按照規定的職責，做好本轄區內的洪澤湖保護工作。
洪澤湖各級河湖負責人應當按照各自職責做好洪澤湖的保護工作。第五條省人民政府設立的洪澤湖管理委員會統籌協調洪澤湖保護工作，制定相關政策措施，確定治理目標和考核指標，監督檢查重要工作落實情況。
市、縣(區)人民政府會同有關區建立的洪澤湖保護綜合協調機制，對本行政區域內的洪澤湖保護工作進行協調、指導和監督。第六條省人民政府水行政主管部門是洪澤湖的主管部門，承擔省洪澤湖管理委員會的日常工作。批準設立的省級洪澤湖水利工程管理機構，按照規定的職責做好洪澤湖的保護工作。
相關設區的市、縣(區)人民政府水行政主管部門是本行政區域內洪澤湖的主管部門，承擔同級洪澤湖保護綜合協調機制的日常工作。
縣級以上地方人民政府發展改革、工業和信息化、公安、財政、自然資源、生態環境、住房城鄉建設、交通運輸、農業農村、文化和旅遊、林業等有關部門，應當按照職責分工做好洪澤湖的保護工作。第七條有關縣級以上地方人民政府應當支持和引導金融機構和社會資本參與洪澤湖保護。第八條鼓勵和支持洪澤湖集水區開展防洪排澇、汙染防治、生態修復、綠色發展的科學研究和技術開發、成果轉化和應用。第九條有關縣級以上地方人民政府應當加強洪澤湖保護的宣傳教育，引導公眾參與洪澤湖保護。鼓勵依法開展生態環境公益訴訟等活動。第十條縣級以上地方各級人民代表大會常務委員會應當通過聽取和審議本級人民政府專項工作報告、組織執法檢查等方式，加強對洪澤湖保護的監督。第十壹條對在洪澤湖保護工作中做出顯著成績的單位和個人，按照國家和省的有關規定給予表彰和獎勵。第二章規劃控制第十二條省人民政府水行政主管部門應當會同省發展改革、自然資源、生態環境、住房城鄉建設、交通運輸、農業農村、林業等有關部門，根據流域綜合規劃、水生態環境保護規劃、國民經濟和社會發展規劃、國土空間規劃等，編制洪澤湖保護規劃。，並報省人民政府批準後實施。
洪澤湖保護規劃的內容應當包括功能定位、保護目標、保護範圍、防洪除澇要求、供水保障要求和措施、水岸線功能分類保護要求、種植養殖區和面積控制目標、水生態保護和修復措施、退田(魚)還湖措施等。
涉及洪澤湖的交通、濕地、林業、自然保護區、生態環境保護、旅遊、養殖水域和灘塗等專項規劃應當與洪澤湖保護規劃相銜接。
經批準的洪澤湖保護規劃是洪澤湖保護的依據，任何組織和個人不得違反洪澤湖保護規劃從事開發利用活動。第十三條相關設區的市、縣(區)國土空間規劃應當體現洪澤湖保護範圍和水域岸線功能分類保護要求。
洪澤湖匯水區生態保護紅線、永久基本農田和城市開發邊界的劃定，應當服從防洪總體安排，預留防洪設施建設空間。第十四條設區的市、縣(區)人民政府應當根據洪澤湖保護規劃，組織劃定本行政區域內洪澤湖的具體保護範圍，設立界樁和標誌牌，並向社會公告。第十五條相關設區的市、縣(區)人民政府應當根據洪澤湖保護規劃和省洪澤湖管理委員會確定的洪澤湖管理目標和考核指標制定實施方案，將實施方案完成情況納入對本級人民政府和下壹級人民政府有關部門及其負責人的考核。