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列出常用的生物信息學數據庫和序列比較軟件及其特點。

壹般來說,使用的分析工具都是網上和下載的。下面簡單列舉壹些常用的網絡軟件的使用方法:1。使用VecScreen工具,分析了以下未知序列,包括輸出序列的長度、載體序列的區域和可能的克隆載體。首先,步驟:

打開google主頁,搜索VecScreen,進入VecScreen主頁,復制序列,運行,查看報告。

二、結果:

輸出序列長度為918bp,

載體序列的區域為456 BP-854 BP。

克隆載體:M13mp18噬菌體,pGEM-13Zf(+),pBR322,pRKW2。

2.使用相應的工具,對後續未知序列的重復序列進行分析,輸出重復序列的面積、所有重復序列的類型、重復序列的總長度和屏蔽序列。

首先,步驟:

上谷歌主頁,上ICBI主頁,爆序列。序列是人類的。

進入google主頁,搜索RepeatMasker,進入RepeatMasker主頁,進入RepeatMasking,復制序列,從DNA源中選擇人類,運行!單擊超鏈接並從結果中選擇。

批註文件:RM 2 sequepload _ 1287631711 . out . html

3.使用CpGPlot/CpGReport/Isochore工具,分析以下未知序列,輸出CpG島的長度、面積、GC數、百分比和Obs/Exp值。首先,步驟:

進入google主頁,搜索CpGPlot,進入CpGPlot主頁,在程序中選擇cpgreport復制序列,運行!

二、結果:

CpG島長度:385bp。

區域:48-432;

GC數量:總和C+G=297,百分比=77.14。

Obs/Exp:1.01

4.預測後面序列的啟動子,輸出可能的啟動子序列和對應的位置。首先,步驟:

上谷歌主頁,上ICBI主頁,爆序列。序列是人類的。

去google主頁,搜索神經網絡啟動子預測,去主頁,復制序列,選擇真核生物,運行!

二、結果:

地點:711—761,1388—1438,1755—1805;

5.使用剪接位點預測工具分析下面的序列,分別輸出內含子-外顯子剪接位點的供體和受體區域以及剪接位點的堿基。首先,步驟:

上谷歌主頁,上ICBI主頁,爆序列。序列是人類的。

去谷歌主頁,搜索剪接位點預測,去主頁,復制序列。組織選擇人類或其他。其他默認,運行!

二、結果:

捐贈者:

受體:

6.對下面的序列進行六框翻譯,通過GENESCAN綜合分析哪個ORF是正確的(首先確定給定序列的物種來源),輸出六框翻譯(截圖)和GENESCAN結果(包括預測的基因/外顯子和預測的肽序列)。首先,步驟:

上谷歌主頁,上ICBI主頁,爆序列。序列是Zea的。

進入谷歌主頁;搜索NCBI,進入主頁,選擇所有資源(A~Z),選擇O,選擇Orfpinder。復制序列,默認,運行!

結果:ORF圖

三、步驟:進入google主頁,搜索GENESCAN,進入主頁,組織:大小等默認,運行!

第四,結果:

G7。進入REBASE限制性內切酶數據庫,輸出AluI、MboI、EcoI三種內切酶的識別序列和類型。

1.步驟:進入google首頁,英文google,搜索REBASE,進入首頁,分別輸入AluI,MboI,EcoI,運行!

在MboI中選擇第壹個,在EcoI中選擇第二個。

二、結果:

恩斯坎圖

8.利用引物設計工具,針對以下未知序列設計壹對引物,所需引物長度為20-25bp,擴增產物長度為300-500bp,退火溫度為50-60℃。請寫下選擇的引物對(正向引物和反向引物),以及對應的GC含量、引物位點、Tm值和產物長度。1.步驟:進入google主頁,搜索genefisher,進入主頁,復制fasta格式,chechk input,sunmit,;;設定引物長度為20-25bp,擴增產物長度為300-500bp,退火溫度為50-60℃;。

二、結果:

GC含量:

引物位置:

Tm值:

產品長度:。

9.用NEBcutter 2.0工具分析下面的序列,用平端和四個切割位點的酶切割,並提交給帶有快照的view gel。要求1.4%瓊脂糖和標記為100bp DNA梯。

首先,步驟:

去谷歌主頁,去ICBI主頁,爆序列,知道是線性的。

進入谷歌主頁,搜索NEBcutter 2.0,進入主頁,選擇線性,運行!選擇自定義摘要,將“1”更改為“4”,選擇平端,然後選擇摘要。查看凝膠.選擇1.4%瓊脂糖並標記為100bp。

二、結果:

然後是蛋白質的。通常,swiss-prot適用於搜索計算pi/mw以找到理論分子量。protparam物理和化學性質。用蛋白酶和化學試劑處理的內切蛋白酶的親水和疏水肽質量分析。

NCBI-GenBank數據庫

數據庫相似性搜索——核酸序列與核酸數據庫(BLASTN)的比較

蛋白質序列與數據庫中蛋白質序列的比較(BLASTP)

對齊兩個序列。

DNA序列分析-奧芬得(www.ncbi.nlm.nih.gov/gorf/gorf.html)

分析實驗序列的外顯子-genscan (/nebcuter2/index.php)

註意:自定義摘要-查看凝膠

限制性內切酶數據庫-rebase (/rebase/rebase.html)

設計引物擴增-基因Fisher的實驗序列

底漆3

蛋白質序列分析和結構預測;

1.預測蛋白質的分子量和等電點:ExPASy(計算pI/Mw)。

2.分析蛋白質的基本理化性質:ExPASy(ProtParam)。

3.分析蛋白質的親水性和疏水性:ExPASy(ProtScale)。

4.分析蛋白質經各種蛋白酶和化學試劑處理後的內切酶產物:EXPASY(肽質量)[*:激酶K]。

5.分析蛋白質的信號肽:ExPASy(SignalP)。

6.預測蛋白質的二級結構:ExPASy(Jpred 3)

多物種分子系統的系統發育分析:EMBL(www . ebi . AC . uk/EMBL/)-工具箱-Clustal2w

人脂聯素的蛋白質序列:NP_004788

人胰島素生長因子IB的前體:P05019