(1)辦公室
組織協調機關日常工作；負責年度工作計劃的制定；組織制定機關內部規章制度；承辦文電、秘書、會務、機要、保密、檔案、督查、政務信息、政府信息公開、行政後勤、安全保衛等工作；組織起草重要的綜合性材料；負責重要批示的督辦；負責市人大代表建議和CPPCC委員提案的組織協調工作；負責組織環境保護目標責任制和部門工作責任制的考核；負責機關及直屬單位的預算、決算、政府采購監督管理、國有固定資產管理、財務監督和內部審計；對政府財政環保資金的安排提出初步意見，參與市級環保專項資金的管理；負責局機關及直屬單位的機構設置、人事管理、幹部培訓、出國政審、離退休人員管理等工作；承擔環保系統領導幹部雙重管理相關工作；指導環保系統人才隊伍建設。
(2)政策法規司
貫徹執行國家環境保護的方針、政策、法律和法規；承擔環境保護相關規範性文件的具體審查和起草工作；負責環境保護政策研究和制度建設；參與制定綠色信貸、綠色保險、綠色證券、綠色稅收等環境和經濟政策，並組織實施；承辦環境行政處罰和復議案件；組織處理行政訴訟案件；推進環境保護依法行政；負責環境保護行政執法監督；參與處理重大環境違法(事件)；負責環境保護法律法規的教育和培訓；提供環境保護方面的法律咨詢。
(3)自然生態保護部
負責全市生態文明建設工作的指導、協調、組織、監督和考核；負責生態市建設專項資金的申報和監管；指導、協調、監督和檢查自然保護區、生物多樣性、野生動物和濕地的保護工作；負責協調農業和農村生態環境保護、農村面源汙染整治的發展，指導和監督全市畜禽養殖業的汙染治理和資源利用；組織編制並監督實施生態保護、農村環境保護和生態功能區劃規劃；組織生態環境質量評估，監督對生態環境有影響的自然資源開發利用、重要生態環境建設和生態破壞修復；組織和指導生態縣(市、區)、生態鄉鎮和生態農業建設；組織開展生態市建設目標責任制監督考核，對縣(市、區)黨政領導班子和領導幹部的環境績效進行評價。承擔聯系市生態辦的工作。
(四)汙染防治與輻射管理處(掛汙染物排放總量控制辦公室、環境應急與事故處理辦公室牌子)
負責水、空氣、噪聲、光、輻射、振動、機動車輛等汙染防治工作；指導和監督土壤、固體廢物、有毒化學品、新型化學品、海岸工程、船舶拆解等環境汙染防治工作；統籌全市重點流域、區域和海域的汙染防治工作，指導、協調和監督海洋環境保護工作；組織制定汙染防治體系、汙染防治規劃、相關技術規範和技術經濟政策並監督實施；組織制定環境保護規劃和環境功能區劃並監督實施；參與制定全市國民經濟和社會發展規劃及主體功能區規劃；審查各種計劃中與環境保護有關的內容；參與宏觀經濟形勢分析；組織編制和發布環境質量和環境狀況公報；監督管理飲用水源的環境保護；組織指導城市環境綜合整治，推進城市環境綜合整治量化考核的實施；負責國家環境保護模範城市的創建、鞏固和復評管理工作；組織實施跨行政區域河流水質評價和管理等環境管理制度；組織環境質量的調查、評價、預測和預警；組織實施企業環境行為評價和環境信用評級，指導強制性清潔生產審核；負責組織排汙申報登記和限期汙染治理。
監督管理核技術應用、電磁電離輻射和放射性礦產資源開發利用中的汙染防治；組織制定輻射環境保護計劃和制度，並監督實施；組織開展輻射環境質量監測；負責輻射項目的審批、竣工驗收和輻射安全許可證的發放；承擔輻射環境和放射性廢物的管理工作；負責對從事放射性同位素和射線裝置生產、使用、銷售單位的放射性安全進行監督管理；組織輻射環境和核應急監測系統建設；負責輻射環境應急和事故處置，組織制定和實施輻射事故應急預案，指導、協調和監督核應急各專業組的應急工作。
負責國家和省、市減排目標的分解落實；制定並監督實施主要汙染物排放總量控制、環境統計和排汙許可證制度和規範；組織編制和實施主要汙染物總量控制計劃；組織汙染減排責任制的考核；負責環境統計和汙染源調查的日常工作；組織編制年度環境統計報表和統計報告；組織、指導和開展排汙權有償使用和交易。
負責突發環境事件和事故的處理，統籌協調、監督管理全市重大突發環境事件的信息通報、應急預警工作。參與全市範圍內有重大影響的環境汙染事故和生態破壞事件的調查處理，協調處理跨行政區域的環境汙染糾紛，組織重特大突發環境事件的損失評估；指導參與的環境監察支隊開展環境執法檢查。承擔與創模辦、環境汙染整治辦、總量控制減排辦的聯系工作。
(五)建設項目管理和科技監測部門(掛行政審批部門牌子)
負責市行政服務中心環保窗口的審批工作；承擔規劃、政策和項目環境影響評價文件的審批和管理；負責建設項目竣工環境保護驗收；監督建設項目汙染防治“三同時”制度的執行情況；負責區域審批制度的實施；監督管理環境影響評價機構的環評工作；負責建築施工夜間作業許可、危險廢物經營轉移、進口廢物利用等行政許可和非行政許可工作。負責環境保護、科技進步和國際合作；制定環境保護科技發展規劃和計劃並監督實施；組織環境保護科學技術研究和技術工程示範；監督國家和地方環境保護標準的實施；推進環境技術管理體系建設；組織環境管理體系和環境標誌認證的監督管理；組織實施環境保護資質認可制度；參與引導和推動循環經濟和環保產業發展；組織環境保護方面的國際合作與交流；組織實施國際環境保護條約。負責環境監測和信息發布；制定環境監測和環境質量信息系統和規範，並監督實施；組織編制環境監測規劃並監督實施；組織編制全市環境質量報告；組織實施環境質量監測和汙染源監督性監測；負責汙染源在線監控和運行維護；組織環境監測網絡和環境信息網絡的建設和管理。
(6)監理辦公室
監督檢查派駐部門黨政領導班子及其成員維護黨的政治紀律、執行民主集中制、選拔任用幹部、落實黨風廉政建設和勤政工作責任制的情況；經批準，初步核實派駐部門黨政領導班子及其成員違反黨紀政紀情況；參與查處本部門黨政領導班子及其成員違反黨紀政紀的案件；參與查處派駐部門科級幹部和下屬單位負責人違反黨紀政紀的案件及其他重要案件；協助駐在部門黨政領導班子組織協調駐在部門及所屬系統的黨風廉政建設和反腐敗工作；受理對派駐部門及其所屬黨組織、黨員和行政監察對象違反黨紀政紀行為的檢舉和控告，受理對派駐部門及其所屬黨組織、黨員和行政監察對象不服黨紀政紀處分決定的投訴，以及依法應當由紀檢監察機關受理的投訴；承辦市紀委、市監察局交辦的其他工作。
(7)臺州市環保局椒江分局
臺州市環保局椒江分局是受臺州市環保局領導和委托，從事環境管理和環境行政執法的職能機構。其主要職責是:
1.監督轄區內各部門、單位和個人貫徹執行國家環境保護方針、政策、法律、法規、規章和標準。
2.制定轄區內環境保護規範性文件，協助椒江區政府及相關部門制定轄區內環境保護相關的經濟、技術、資源配置和產業政策；協助椒江區政府制定環境保護規劃和計劃；參與椒江區經濟社會發展中長期規劃、年度計劃、產業發展規劃和資源節約與綜合利用規劃中環境保護內容的制定；協助市局審查轄區內城市規劃和特色園區建設中的環境保護事項。
3.協助椒江區政府開展環境綜合整治考核和政府環保目標責任制；協助市局做好飲用水水源保護區重點汙染源的環境管理工作。
4.協助椒江區政府開展轄區內的環境宣傳教育，組織指導轄區內的綠色社區建設。
5.協助椒江區政府及相關部門開展自然環境保護和農村生態環境保護，指導生態村鎮建設。
6.授權負責區有關部門批準的轄區內建設項目的環保審批和竣工驗收，其中醫藥、化工、造紙、印染、電鍍、制革等重汙染行業項目由分局提出，報市局(或轉發省廳)審批；負責轄區內其他項目的環境管理，包括“三產”。
7 .負責轄區內汙染物排放總量控制計劃的具體實施；負責轄區內“煙塵控制區”和“噪聲達標區”建立和鞏固的具體實施和日常管理；負責轄區內環保模範城市的創建工作；負責轄區內各類汙染物的防治；負責排汙申報登記、年審、環境統計等工作。
8 .協助市局調查處理轄區內的環境汙染事故和糾紛；負責環境保護領域的來信來訪接待工作；負責轄區內建設項目“三同時”、汙染防治設施運行和汙染物排放的現場監督檢查。
9 .協助市局征收排汙費和安排環境汙染治理項目資金。
10.按照《行政執法委托書》的要求，負責轄區內環境行政處罰決定的制作、送達、執行和監督。
11.負責指導和協調椒江區政府部門和各鎮(街道)的環境保護工作。
12.承辦市局交辦和椒江區委、區政府委托的其他事項。
(8)臺州市環保局路橋分局
臺州市環保局路橋分局是受臺州市環保局領導和委托，從事環境管理和環境行政執法的職能機構。其主要職責是:
1.監督轄區內各部門、單位和個人貫徹執行國家環境保護方針、政策、法律、法規、規章和標準。
2.制定轄區內環境保護規範性文件，協助路橋區市政府及相關部門制定轄區內環境保護相關的經濟、技術、資源配置和產業政策；協助路橋區市政府制定環境保護規劃和計劃；參與路橋區經濟社會發展中長期規劃、年度計劃、產業發展規劃和資源節約與綜合利用規劃中環境保護內容的制定；協助市局審查轄區內城市規劃和特色園區建設中的環境保護事項。
3 .協助路橋區市政府開展環境綜合整治考核和政府環境保護目標責任制；協助市局做好飲用水水源保護區重點汙染源的環境管理工作。
4.協助路橋區市政府開展轄區內的環境宣傳教育，組織指導轄區內的綠色社區建設。
5 .協助路橋區市政府及相關部門開展自然環境保護和農村生態環境保護，指導生態村鎮建設。
6.授權負責區有關部門批準的轄區內建設項目的環保審批和竣工驗收，其中醫藥、化工、造紙、印染、電鍍、制革等重汙染行業項目由分局提出，報市局(或轉發省廳)審批；負責轄區內其他項目的環境管理，包括“三產”。
7 .負責轄區內汙染物排放總量控制計劃的具體實施；負責轄區內“煙塵控制區”和“噪聲達標區”建立和鞏固的具體實施和日常管理；負責轄區內環保模範城市的創建工作；負責轄區內各類汙染物的防治；負責排汙申報登記、年審、環境統計等工作。
8 .協助市局調查處理轄區內的環境汙染事故和糾紛；負責環境保護領域的來信來訪接待工作；負責轄區內建設項目“三同時”、汙染防治設施運行和汙染物排放的現場監督檢查。
9 .協助市局征收排汙費和安排環境汙染治理項目資金。
10.按照《行政執法委托書》的要求，負責轄區內環境行政處罰決定的制作、送達、執行和監督。
11.負責指導和協調路橋區市政府各部門、各鎮(街道)的環境保護工作。
12.承辦市局交辦和路橋區委區政府委托的其他事項。
(9)臺州市環保局集聚區分局
臺州市環保局集聚區分局是受臺州市環保局領導和委托，從事環境管理和環境行政執法的職能機構。其主要職責是:
1.貫徹執行國家環境保護的方針、政策、法律、法規、規章以及相關標準和技術規範。
2.起草本轄區環境保護規範性文件；組織編制本地區的環境保護規劃；協助集聚區管委會和有關部門制定本地區與環境保護相關的經濟、技術、資源配置和產業政策；參與制定集聚區經濟社會發展中長期規劃、年度計劃、產業發展規劃和資源節約與綜合利用規劃中的環境保護內容。
3.協助集聚區管委會開展生態文明建設和環境保護目標責任制考核；協助市局做好飲用水水源保護區重點汙染源的環境管理工作。
4.協助集聚區管委會開展環境保護宣傳教育和人員培訓，開展創建生態工業園區、綠色系列等活動，推動公眾和群眾組織參與環境保護。
5.授權負責有關部門批準的轄區內建設項目的環保審批和竣工驗收，其中醫藥、化工、造紙、印染、電鍍、制革等重汙染行業項目由分局提出，報市局(或轉報省局)審批；負責轄區內其他項目的環境管理，包括“三產”。
6 .負責轄區內汙染物排放總量控制計劃的具體實施；負責轄區內“煙塵控制區”和“噪聲達標區”的建立、鞏固、具體實施和日常管理；負責轄區內環保模範城市的創建工作；負責轄區內各類汙染物的防治；負責排汙申報登記、年審、環境統計等工作。
7 .協助市局調查處理轄區內的環境汙染事故和糾紛；負責環境保護領域的來信來訪接待工作；負責轄區內建設項目“三同時”、汙染防治設施運行和汙染物排放的現場監督檢查；協助市局征收排汙費。
8 .負責環境治理項目專項資金的申報和管理，監督環境保護基礎設施和汙染防治設施建設，開展和實施環境保護科技創新。
9 .按照市級行政執法委托書的要求，負責轄區內環境行政處罰決定的制作、送達、執行和監督。
10.承辦市局和集聚區管委會交辦的其他工作。
直屬機關黨委。負責局機關和直屬單位的黨群工作。