(壹)辦公室(莒南政辦發〔2003〕37號)
組織協調局機關日常工作，監督檢查各項行政管理制度的執行情況；負責起草相關文件、組織重要會議、文電處理、文秘事務、信息綜合、通訊報道、保密、值班和接待。
㈡人事科
負責局級、鄉級和直屬單位的人事、勞動工資和老幹部管理工作；負責局機關及所屬事業單位人員的養老保險、失業保險、醫療保險、教育培訓和計劃生育工作；負責事業單位技術崗位的資格評審、聘任和勞動技能鑒定。
(三)財政部門(審計部門牌子)(莒南政辦發〔2003〕37號)
執行財務會計管理制度，負責財務預決算，制定並組織實施財務管理規定，管理國家、省、市、縣撥付的地質勘查、耕地開墾、基礎測繪等資金；負責局機關財務和國有資產的管理；監督下屬事業單位和鄉鎮國土所的財務和國有資產管理；負責局機關及所屬單位的內部審計工作。
(四)法規監督科(掛信訪室牌子)(莒南政辦發〔2003〕37號)
擬訂國土資源、礦產資源和測繪管理方面的規範性文件；組織國土資源及相關法律法規的新聞宣傳和咨詢；指導本系統幹部職工的業務培訓；負責國土資源、礦產資源和測繪管理的綜合政策研究；負責組織行政處罰案件的聽證；承辦司法部門受理的司法救助事項。組織指導全縣國土資源執法監察工作，負責對全縣國土資源、礦產資源和測繪管理法律法規實施情況的監督檢查；負責土地、礦產、測繪案件的立案和組織查處土地、礦產、測繪重大違法案件；承辦行政復議事項和行政訴訟案件的應訴工作；依法組織國土資源信訪案件的調查處理和信訪案件的移送、督辦、匯總、上報。
(5)規劃科
研究制定全縣土地資源綜合整治的政策措施，制定土地利用總體規劃、礦產資源開發利用和保護規劃並監督實施；編制基本農田保護、土地復墾、土地開發整理規劃等專項規劃，參與農業綜合開發等相關區域規劃；制定全縣土地供應政策和年度土地利用計劃，並組織實施；負責建設項目用地預審；參與城市規劃的審核；指導鄉鎮土地利用和礦產資源總體規劃的編制。
(6)耕地保護科
擬訂全縣耕地保護、耕地用途管制、耕地開發、土地征收、土地整理和復墾政策；組織實施基本農田保護工作；承擔農用地轉用和土地征用的審查、匯總和審批，以及各類建設項目占用耕地占補平衡措施的審查和監督檢查；負責“被征地農民農轉非”的土地審核工作；負責新增建設用地土地復墾費、征地管理費和有償使用費的征收和審核。
(七)地籍管理處(莒南政辦發〔2003〕37號)
全縣城鄉地籍和土地行政統壹管理。貫徹執行國家、省、市地籍管理辦法；組織制定全縣地籍管理工作計劃；組織實施土地資源調查、動態監測、地籍權屬調查、土地變更調查和統計；制定土地權屬爭議調解規則、登記發證規則和權屬管理辦法；承擔城鄉土地權屬糾紛的調解工作；負責全縣土地權屬、土地登記和發證管理工作；對土地證書進行年檢；負責建設用地供應的匯總、上報和備案；負責國土資源綜合統計。
(8)土地使用管理科
組織實施土地使用權出讓和土地市場及土地資源管理的法律法規；落實省、市兩級鄉(鎮)、村土地利用管理辦法；指導農村集體建設用地管理；負責農村集體建設用地的審批和管理；負責農村集體建設用地使用權流轉的審查、審批管理；組織實施全縣土地定級、基準地價、標定地價、出讓底價和地價指數的評估和監測；負責土地評估等土地市場中介機構和從業人員的資質審查；負責土地評估報告的歸檔。
(九)礦產管理司(掛安全生產監管司牌子)(莒南政辦發〔2003〕37號)
負責劃定礦區範圍；負責采礦登記發證的審批和礦業權轉讓登記；負責整頓礦業秩序，協調處理礦業權糾紛；負責組織礦山企業的年檢和“三率”指標的審核；負責礦山企業的安全監督管理；指導礦山監察員的工作；負責獨立集中器的審核和備案；依法收取礦產資源補償費和采礦權使用費。
(10)地質與環境部
開展地質遺跡、地質地貌、景觀等地質環境保護工作；指導地質災害和地下水的監測、評價和預測；負責地質遺跡保護區和地質景觀保護區的管理；組織實施礦產資源儲量管理的措施、標準、程序和規範；負責礦產資料儲量管理和地質資料匯交工作；組織實施地質勘查標準、規程和規範；負責地質勘查項目申報和審批的監督管理；負責地質勘查行業管理；協助上級做好勘查審批登記發證和探礦權轉讓審批登記工作；負責水文地質、工程地質和環境地質的勘查和評價。
(十壹)紀檢監察室
履行行政監察法賦予的職責，負責全縣土地系統黨風廉政建設、領導幹部廉潔自律、糾正部門和行業不正之風、執法監察工作；負責調查工作人員的行政過錯；受理舉報、投訴和申訴，組織查處違法違紀案件；負責廉政法律法規的組織實施和監督檢查；負責局機關各部門、鄉鎮國土所及其工作人員的日常考核。莒南縣國土局下屬事業單位13個，其中土地儲備交易中心為科級事業單位，土地執法大隊、土地整理中心為副科級事業單位，土地交易中心、地租征收處、農房管理站、檔案室、礦產資源開發站、測繪處、測繪大隊、信息中心、代理服務中心、評估處為股級事業單位。
1，土地收購儲備交易中心(莒南編發(2005)第18號)
負責全縣範圍內土地供需調查，擬定土地儲備規劃和計劃；根據年度儲備計劃，對納入儲備的相應土地依法進行收購和收回；及時做好倉儲用地的前期開發工作；承辦儲備國有土地使用權的招標、拍賣、掛牌工作；負責企業改制中的土地產權管理；配合有關部門做好縣城規劃區內被征地農民的安置工作；定期向縣管理委員會報告業務活動。
土地收購儲備交易中心是官方層面的自收自支機構。
有兩個部門:
(1)收儲科:負責全縣範圍內的土地供需調查，擬定土地儲備計劃和方案；根據年度儲備計劃，對納入儲備的相應土地依法進行收購和收回；配合有關部門做好縣城規劃區內被征地農民的安置工作；負責劃撥土地的審批。
(2)開發管理部分:及時對納入儲備的土地進行前期開發；承辦國有土地使用權有償出讓的協議、招標、拍賣和掛牌；負責企業改制中的土地產權管理。
2.土地整理中心(莒南編發(2005)第11號)
參與制定全縣土地開發、整理和復墾規劃；制定並組織實施土地開發整理項目計劃；負責項目的規劃和設計；承擔土地開發整理項目；在全縣範圍內選擇和實施土地開發整理示範項目；負責國家、省、市開發整理項目的材料整理和上報；承擔縣級土地開發整理項目的立項、評審和驗收；配合縣財政局、局財務部門使用土地開發整理專項資金；開展土地開發整理項目的招商引資工作；開展土地開發整理項目的咨詢、服務和評估；開展土地開發整理技術研究、經驗推廣和技術培訓指導。
土地整理中心是副廳級的正科級機構。
有兩個部門:
(1)項目技術部:參與制定全縣土地開發整理復墾方案；制定並組織實施土地開發整理項目計劃；負責項目的立項和規劃設計的編制；承擔工程的竣工驗收。
(2)項目實施部:負責項目的招標和監督；配合縣財政局、局財務部門使用土地開發整理專項資金；實施項目中期檢查。
3.土地執法監察大隊(莒南編發(2005)第19號)
根據國土資源管理的法律、法規和有關政策，行使國土資源執法監察職能；巡視檢查全縣土地使用管理和礦業秩序，預防和制止國土資源違法行為；依法查處各類國土資源違法案件；負責國土礦產資源審批後的監管工作。
土地執法監察大隊為副科級專職機構。
4.土地交易中心(原窗口辦公服務大廳)(莒南辦發(2003)15號)
負責土地、礦產交易及費用結算單據的審核、受理、協調和發放；協助有關部門辦理土地使用權和采礦權的招標、拍賣和掛牌事宜；檢查、監督、協調承辦業務的運作，並通知當事人按時領取結果；提供土地和礦產交易的信息和咨詢服務；負責有形土地市場的管理；為地價評估、測繪等中介服務機構提供服務“窗口”。
土地交易中心是股級專職機構。
5.地租征收辦公室(莒南編發(2003)第15號)
負責《莒南縣地租征收管理辦法》的具體組織實施，負責全縣國有和集體土地使用權出讓金的征收、管理和繳納；負責地租征收登記，建立地租征收檔案；會同有關部門，以縣局名義代表縣政府負責起草地租征收實施細則和調整征收標準；企業法人和其他經濟組織需要實施行政處罰的，應當會同有關部門以縣局名義制定行政處罰決定並負責實施。
地租征收辦公室是全額撥款的股級專職機構。
6.農房管理站
負責全縣農村住房建設用地管理，制定和實施農村住房建設用地管理政策；負責全縣農村住房建設用地的批前審查、批後監管和驗收；負責指導鄉鎮實施舊村改造；協助有關部門調查處理農村房屋權屬糾紛、非法占用農村房屋和信訪問題。
農家院管理站是全額撥款的股級專職機構。
7.檔案(莒南編發(2003)第15號)
根據國家有關全宗檔案管理的規定，負責建立統壹、科學、規範的檔案管理制度；負責全球各類檔案的分類、整理、交換和保管；負責各部門和鄉鎮國土所兼職檔案員的業務培訓和業務指導；負責國土資源檔案的整體管理並提供查詢服務。
檔案室是股級專職機構。
8.礦產資源開發站(莒南編發(2003)第15號)
負責制定、審查和批準礦產開發利用計劃並組織實施；負責礦產資源開發、利用和保護的監督管理；負責礦山企業礦產資源利用動態管理和礦產開發統計報表；組織礦業權招標、拍賣和掛牌；提供礦產資源開發利用的信息服務和技術指導。
礦產資源開發站是股票級別的全面機構。
9.測繪處(莒南編發(2003)第15號)
負責全縣測繪管理，編制基礎測繪規劃，制定年度計劃並組織實施；貫徹執行國家、省、市測繪法律、法規和技術標準；管理全縣基礎測繪成果和基礎地理信息數據，組織和指導基礎測繪成果和地理信息社會化服務；管理全縣測量標誌和重要測繪基礎設施；負責公開出版的展覽地圖的編制初審、國家版圖意識的宣傳教育和本縣地圖市場的日常管理；審查地圖上地名的表示方式；負責土地測繪技術的普及；負責測繪成果的質量監督、報送和保密工作；測繪糾紛的調解。
測繪處是股級專職機構。
10，國土測繪大隊(莒南編發(2003)第15號)
承擔土地勘測定界、國土資源勘測定界、地形測繪、地籍測繪、礦產測繪；承擔土地征用、劃撥、出讓、轉讓、出租、抵押、開發整理所需的地圖和資料的測繪工作。
國土測繪大隊是正股級的全額事業單位。
11，信息中心(莒南編發(2003)第15號)
貫徹執行國家、省、市國土資源信息系統的管理辦法、工作規範和技術標準；負責編制全縣國土資源信息化工作計劃；負責局機關和鄉鎮國土所辦公自動化網絡系統的建設、運行、維護和技術服務；承擔縣國土資源信息網與國家、省、市網絡的連接，建立縣國土資源動態監測信息網；按照信息發布程序和相關保密原則，及時發布土地動態及相關信息。
信息中心是股票層面的專職機構。
12，後勤服務中心(莒南編發(2003)第15號)
負責采購辦公用品；車輛管理和維護；安全、材料印刷；負責水、電、暖、電話的管理和維護；負責整體後勤服務。
物流服務中心是庫存級的專職機構。
13，土地價格評估所
指導全縣基準地價和標定地價評估；負責土地使用權出讓價格的評估；負責土地評估等土地市場中介機構和從業人員資質等級的申報和審核。