壹、 法律障礙
財經及審計法律、法規規定審計執法方式的間接性而導致違法、違規款項難以收繳到位。審計法沒有規定被審計單位不執行審計決定，審計機關可以通過銀行強行劃繳的方式收繳違規款項，只能申請人民法院強制執行。新的稅收征收管理法規定，審計機關查出偷漏稅款只能向稅務機關抄送審計意見書、審計決定，由稅務機關負責征收。人民法院能否按審計決定提出的被審計單位違法、違規款項的數額及要求繳納的時間及時、到位地強制被審計單位執行，稅務機關能否按審計意見、審計決定提出的被審計單位違法、違規款項的數額及要求繳納的時間如數及時足額地征收，審計機關無法控制，這種間接執法方式導致審計意見、審計決定提出的有關違法、違規款項難以收繳到位，甚至落空。
二、 體制障礙
目前運行的地方審計機關管理體制，導致地方審計機關只是地方政府的“大內審”，離審計的本質要求大有徑庭，獨立性不強，不能有效地行使審計監督權，行政幹預的影響足以改變審計意見、審計決定的真實產生，更何況審計意見、審計決定的落實。有的地方行政領導認為，審計只是栽刺找茬的，不能給地方帶來直接的經濟效益，對審計意見、決定的產生和執行總是百般阻撓。
三、 法制意識淡薄
雖然我國目前實行的是社會主義市場經濟，市場經濟是法治經濟，壹切行為應歸於法律的評判和裁決，但中國幾千年的封建社會所形成的人們的思維定勢和價值取向導致人們的法制意識淡薄，有法不依、有章不循的行為時有發生，壹些被審計單位的領導和管理人員根本不把審計意見、審計決定的落實當回事，有的束之高閣，有的敷衍應付，有的無理力爭，有的文過飾非，凡此種種，不壹而足。
四、 部分審計意見的提出不夠嚴謹，操作性不強
有的將對被審計單位的管理建議或針對被審計單位的管理上存在的問題從宏觀角度提出的建議寫入審計意見書而未制作審計建議書，有的未針對存在的具體問題逐壹提出審計意見而是提出籠統、空泛的要求，有的提出的審計意見不切實際，有的提出的審計意見表述不當，令人費解，如此等等，因審計意見的提出本身存在弊端而導致被審計單位不能或無法落實。