團員檔案包括入團申請書；入團誌願書；組織鑒定；團內獎勵決定；團內處分的調查、本人檢查和組織決定等。團員證不需要放進去。
年度團員教育評議自我評價表、優秀***青團幹部登記表、優秀***青團員登記表、優秀誌願者登記表、活動積極分子登記表等團員評價及獎勵、處分的有關材料應及時存入團檔。
組織關系轉接時，團檔中的入團申請書、入團誌願書和本人持有的團員證、團組織關系介紹信是最基礎的材料，缺壹不可。
擴展資料：
根據《中國***產主義青年團團員證管理暫行條例》第三章 團員組織關系及檔案轉移
第十壹條 團員證是團員組織關系的憑證。在全國範圍內，各機關、企事業、鄉（鎮）、學校等基層團委及地方各級團委，人民解放軍和武裝警察部隊團以上政治機關，均可以通過團員證直接相互轉接團員組織關系。
在縣級行政區域內，基層獨立團支部，團總支均可通過團員證相互轉接組織關系。
第十二條 團員在工作、學習單位或居住地區變更時，須持團員證及時轉接組織關系。如果沒有正當理由，超過半年未轉接組織關系的，應按自行脫團處理。
第十三條 轉出接收團員組織關系，應在團員證“組織關系轉接”欄內填寫團員轉出、轉入組織關系時間，註明團費收繳情況，並加蓋公章。
第十四條 團員臨時外出不轉移團的組織關系，憑團員證證明團員身分。
第十五條 團員因公、因私出國，團員證不得攜帶出境。團員因公出國時間在半年以上的，由派出部委或單位將其團員身分通知到使、領館或其他駐外機構中的黨團組織；團員因私出國團員證應交由所在團的基層委員會保存，回國後，經審查仍符合團員條件者，可恢復其團的組織生活，將團員證發還本人。
第十六條 團員憑團員證轉接組織關系時，其團員檔案（入團誌願書）可根據不同情況隨之轉移或由原團組織保存。
（壹）凡在建有人事檔案的企事業單位、學校、機關、部隊入團的團員，因調工作、畢業、復員轉業需轉移組織關系時，其入團誌願書應與人事檔案壹並轉移。
（二）凡在未建有人事檔案的農村（包括農村中學、鄉鎮企業）入團的團員，其入團誌願書壹般存所在基層團委，保存期限為十五年。這類團員因升學、參軍、招工、招幹需轉移組織關系時，入團誌願書應隨之轉移。
青島科技大學——團組織關系介紹信（樣表）
百度百科——團員證