從2001年12月開始，中央紀委成立了修訂小組，制定了修訂工作方案，並赴壹些省、自治區、直轄市進行了調研。2002年3月，將修訂中涉及的重要問題，委托北京市紀委、財政部紀檢組等15個單位進行調研。根據中央紀委的調研成果和委托單位的修訂建議，草擬出《黨紀處分條例》修訂初稿，並召開有部分省（市）紀委領導同誌和全國人大法工委刑法室、最高人民法院研究室、最高人民檢察院職務犯罪預防廳負責同誌參加的研討會進行了討論修改。
黨的十六大以後，根據吳官正同誌在中央紀委第二次全體會議工作報告中關於“著手修訂《中國***產黨紀律處分條例（試行）》”的要求，進壹步加大了修訂工作力度。2003年4月10日修改出“征求意見稿”，發往各省、自治區、直轄市紀委，中央和國家機關各部委紀檢組（紀委），中央紀委各派駐紀檢組，中央直屬機關紀工委，中央國家機關紀工委，軍委紀委以及中央紀委、監察部部分廳、室征求意見。根據大家的意見，修改後送部分黨建、法學、邏輯學等方面專家學者征求意見，並再次召開由紀檢監察和政法部門有關負責同誌參加的座談會逐章逐條進行斟酌，形成了“送審稿”，然後送中央紀委、監察部各位常委、副部長以及中央組織部、中央辦公廳、中央政策研究室、中央黨校的有關領導同誌審閱。根據各位領導同誌的意見再次進行修改後，於2003年9月11日由吳官正同誌主持召開中央紀委常委會議討論並原則通過了這個“送審稿”，並要求修改後呈報中央黨建工作領導小組審議。2003年10月10日，曾慶紅同誌主持召開中央黨建工作領導小組會議，討論並原則同意《黨紀處分條例》（送審稿）。2003年12月4日，胡錦濤同誌主持召開中央政治局常務委員會會議，討論並原則同意《黨紀處分條例》（送審稿），會議要求中央紀委根據會議提出的意見修改後呈報中央政治局全體會議審議。2003年12月9日，根據中央政治局常委會提出的意見，中央紀委常委會對《黨紀處分條例》（送審稿）又進行了認真修改，報送中央。2003年12月23日，胡錦濤同誌主持召開中央政治局全體會議討論並通過了《黨紀處分條例》（送審稿）。2003年12月31日，《黨紀處分條例》以中央文件形式正式發布施行。
這次修訂《黨紀處分條例》的指導思想是，以鄧小平理論和“三個代表”重要思想為指導，以黨章和憲法、法律為依據，緊緊圍繞發展這個黨執政興國的第壹要務，結合新時期黨風廉政建設和反腐敗工作實際，遵循“行、改、廢、立”的原則，使黨的紀律和紀律處分方面的基本法規更加充實完善，進壹步推動反腐倡廉工作的深入開展，不斷提高黨的執政能力和拒腐防變能力，實現好、維護好、發展好最廣大人民的根本利益。關於《黨紀處分條例》的框架結構設計。《黨紀處分條例》保留了原“試行條例”關於“總則”、“分則”和“附則”3編的總體框架，將原“試行條例”13章修訂為15章和附則。原“試行條例”***172條；《黨紀處分條例》***178條。其中，對原“試行條例”有關條文保留了38條；對有關條文修改、調整形成了96條；對原“試行條例”有關條文不再寫入的有7條；適應新情況增加了44條。
關於《黨紀處分條例》的內容設計。在“總則”中將原“試行條例”第壹章和第二章合並為《黨紀處分條例》第壹章，即“指導思想、原則和適用範圍”；新增加了第五章，即“其他規定”。在“分則”中增加了“違反廉潔自律規定的行為”、“貪汙賄賂行為”、“破壞社會主義經濟秩序的行為”和“違反財經紀律的行為”作為第八、九、十、十壹章。同時，對原“試行條例”第九章“經濟類錯誤”進行了分解，其內容分門別類納入有關章。這次修訂，體現了與時俱進，制度創新。
壹是註意處理了繼承與創新的關系。《黨紀處分條例》保留了原“試行條例”中應當繼續執行的條款，對其中壹些條款進行了調整、充實、完善和細化，對壹些不適應當前需要的條文不再寫入，並結合新情況增加了壹些新的條款。如鑒於目前我國證券交易管理方面的法律、法規已逐漸健全完善，並且中央辦公廳發布的《關於黨政機關工作人員個人證券投資行為若幹規定》已經有限制地放寬了對黨政機關工作人員買賣股票的禁令，在壹定條件下允許黨政機關工作人員個人依法投資證券市場、買賣股票和證券投資基金，因此，《黨紀處分條例》對原“試行條例”第91條關於違反廉潔自律規定買賣股票應受黨紀處分的規定不再寫入。又如近些年，有的社會中介組織出具虛假評估、虛假資信證明、虛假鑒證等文件的問題比較突出，因此，《黨紀處分條例》第110條對從事資產評估、驗資（證）、會計、審計、法律服務等工作的社會中介組織中的黨員，出具虛假評估、虛假資信證明、虛假鑒證等文件的，作出了黨紀處分規定。
二是註意處理了從嚴治黨與現實可行性的關系。《黨紀處分條例》堅持實事求是、寬嚴相濟，力求做到寬要寬得恰當、嚴要嚴得適度，使規定更具有現實可行性。如為進壹步貫徹從嚴治黨的精神，對黨員因故意犯罪被判處刑法規定的主刑的，《黨紀處分條例》第30條規定：“因故意犯罪被依法判處《中華人民***和國刑法》規定的主刑（含宣告緩刑）的”，應當給予開除黨籍處分，“因過失犯罪被判處三年以下（含三年）有期徒刑或者被判處管制、拘役的，壹般應當開除黨籍。對於個別可以不開除黨籍的，應當對照處分黨員批準權限的規定，報請再上壹級黨組織批準。”《黨紀處分條例》規定的只有開除黨籍處分壹個檔次的違紀行為，不適用減輕處分的規則。這些規定較原“試行條例”更加嚴格。又如鑒於國家目前對勞動教養的有關政策正在研究調整，為了與國家法律、法規的精神保持銜接，《黨紀處分條例》規定“依法被勞動教養的，應當給予開除黨籍處分，但是中***中央和中央紀委另有規定的除外”，這壹規定較原“試行條例”規定的“依法被勞動教養的，壹律給予開除黨籍處分”更加符合實際。
三是註意處理了維護國家法治精神與保持黨內法規特色的關系。《黨紀處分條例》堅持維護國家法治精神，在有關條文的設置方面註意與國家法律、法規的原則規定保持銜接，同時又註意使其具有黨內法規的特點，使之符合從嚴治黨、加強黨的建設的需要。如《黨紀處分條例》在與國家法律關於“挪用公款罪”規定保持銜接的同時，對於黨員挪用公款歸個人使用時間不足三個月但數額較大的，規定應當依照挪用公款行為給予黨紀處分。
四是註重加強各職能部門在黨風廉政建設和反腐敗工作中的協調配合，提高辦案效率。《黨紀處分條例》規定對於由有關職能部門先行查辦的案件，黨組織可以根據有關處理決定及其認定的事實、性質和情節，對違反國家法律、法規的黨員作出相應的黨紀處理，以切實尊重司法機關、行政執法機關以及其他有關方面依法作出的生效裁決或者決定。《黨紀處分條例》第33條規定：“黨員依法受到刑事追究的，黨組織應當根據司法機關的生效判決、裁定和決定及其認定的事實、性質和情節，依照本條例規定給予黨紀處分或者組織處理。黨員依法受到行政處罰、行政處分，應當追究黨紀責任的，黨組織可以根據生效的行政處罰、行政處分決定認定的事實、性質和情節，經核實後依照本條例規定給予黨紀處分或者組織處理。黨員違反國家法律、法規、企事業單位或者其他社會組織的規章制度受到其他紀律處分，應當追究黨紀責任的，黨組織在對有關方面認定的事實、性質和情節進行核實後，依照本條例規定給予黨紀處分或者組織處理。”
五是嚴格規範黨紀處分決定的執行程序，有效解決有的地方或者部門出現黨紀處分決定不落實或者難以落實的問題，切實維護黨紀處分決定的嚴肅性，《黨紀處分條例》對執行黨紀處分決定的期限、方式和應當辦理的相關手續等事項，以及對不按規定執行黨紀處分決定的行為如何追究責任均作出了具體規定。
六是為保證黨的紀律的統壹，規範《黨紀處分條例》與涉及黨紀處分規定的其他黨內法規的關系，明確規定《黨紀處分條例》的總則適用於有黨紀處分規定的其他黨內法規，但是對於中***中央發布或者批準發布的其他黨內法規中有特別規定的除外。
七是《黨紀處分條例》對各省、自治區、直轄市和有關部門黨委，結合本地區、本部門或者本系統的實際情況，制定單項實施規定的問題作出了規定。根據中***中央1990年7月31日發布的《中國***產黨黨內法規制定程序暫行條例》的規定：“黨內法規是黨的中央組織、中央各部門、中央軍委總政治部和各省、自治區、直轄市黨委制定的用以規範黨組織的工作、活動和黨員的行為的黨內各種規章制度的總稱。”關於黨紀處分方面的規定是黨內法規的重要組成部分。由於各地區、各行業、各系統、各部門實際情況差異很大，經濟發展水平、行業性質等方面都各有特點，《黨紀處分條例》對於“情節”等有關問題難以作出統壹規定。因此，根據《中國***產黨黨內法規制定程序暫行條例》的規定，中***中央在《黨紀處分條例》第177條授權各省、自治區、直轄市和有關部門黨委（黨組）可以根據本條例，結合各自工作的實際情況，制定單項實施規定，報中***中央紀律檢查委員會備案。
為了保證黨紀處分方面規定的嚴肅性和權威性，根據《中國***產黨黨內法規制定程序暫行條例》的規定，由各省、自治區、直轄市和有關部門紀委起草的關於黨紀懲處方面的單項實施規定，應當報各省、自治區、直轄市和有關部門黨委審定後以黨委名義發布，或者經省、自治區、直轄市和有關部門黨委批準後，以省、自治區、直轄市或者有關部門紀委名義發布。各省、自治區、直轄市或者有關部門黨委結合本地實際，制定發布的這些關於黨紀處分方面的單項實施規定，增強了黨紀的可操作性，對於保證中央和中央紀委政策規定的貫徹落實是有著很大的積極意義的。隨著《黨紀處分條例》的發布實施，為了保證關於黨的紀律和紀律處分方面政策規定的規範統壹，各省、自治區、直轄市和有關部門應當對本地區、本部門以前制定的關於黨紀處分方面的規定進行及時清理，該修改的修改，該廢止的廢止，以避免與《黨紀處分條例》發生抵觸，切實維護黨內法規的嚴肅性。今後，各省、自治區、直轄市或者有關部門制定的與《黨紀處分條例》相配套的單項實施規定，應當及時報送中央紀委備案。
八是對黨員在《黨紀處分條例》施行前違紀行為的處理問題，規定了“從舊兼從輕原則”。1997年3月發布的《中華人民***和國刑法》第12條對溯及力的規定采用了“從舊兼從輕的原則”，為了與國家法律的這壹基本精神保持壹致，對黨員在《黨紀處分條例》施行前違紀行為的處理，《黨紀處分條例》借鑒了《中華人民***和國刑法》第12條的規定，在《黨紀處分條例》第178條規定：“本條例發布前，已結案的案件如需進行復查復議，適用當時的規定或者政策。尚未結案的案件，如果行為發生時的規定或者政策不認為是違紀，而本條例認為是違紀的，依照當時的規定或者政策處理；如果行為發生時的規定或者政策認為是違紀的，依照當時的規定或者政策處理，但是如果本條例不認為是違紀或者處理較輕的，依照本條例規定處理。”
此外，此次修訂的《黨紀處分條例》還對壹些執紀當中迫切需要解決的問題作出了相應規定，比如關於對從事公務的人員利用職務上的便利變相非法收受他人財物為他人謀取利益的黨紀處分問題，《黨紀處分條例》第85條在與《中華人民***和國刑法》關於“受賄罪”規定保持銜接的同時，增加了“變相非法收受他人財物”的黨紀處分規定，以解決當前大量發生的有些從事公務的人員，利用職務上的便利為他人謀取利益，為規避《中華人民***和國刑法》的制裁不接受他人財物，而是接受他人安排的旅遊、節假日休閑度假等財產性利益，卻不能以受賄行為追究黨紀責任的問題。該條具體規定是：“黨和國家工作人員或者其他從事公務的人員，利用職務上的便利，索取他人財物，或者非法收受、變相非法收受他人財物為他人謀取利益，情節較輕的，給予警告或者嚴重警告處分；情節較重的，給予撤銷黨內職務或者留黨察看處分；情節嚴重的，給予開除黨籍處分。”又如關於對黨和國家工作人員退（離）休後通過在職黨和國家工作人員職務之便為請托人謀取利益收受他人財物的黨紀處分問題。鑒於黨和國家工作人員退（離）休後利用原有職務上的便利，通過在職黨和國家工作人員職務上的行為，為請托人謀取利益，而本人索取或者非法收受、變相非法收受請托人財物的問題比較突出，並且原“試行條例”第61條第六款和1989年最高人民法院、最高人民檢察院《關於執行〈關於懲治貪汙罪、賄賂罪的補充規定〉若幹問題的解答》對此問題也有相應規定，因此，《黨紀處分條例》第88條規定：“黨和國家工作人員退（離）休後，利用本人原有職權或者地位形成的便利條件，通過在職黨和國家工作人員職務上的行為為請托人謀取利益，而本人索取或者非法收受、變相非法收受請托人財物的，依照本條例第八十五條規定處理。”