對朱紈之死，各方評價不壹，有人認為朱紈雖然勇於任事，但是其做法太過絕對，導致沿海平民無以為生，勢家大族更是因此斷了財路，遂使自己完全站到了當地各種勢力的對立面上，怨言四起，最終被罷免自殺。
另外則有人認為朱紈是無辜的，如果其在位時間更長，那麽沿海的防禦體系將會更加牢固，也就不會有倭患的事情發生。然而無論如何，這件事情本身顯示了沿海參與走私貿易的集團勢力強大，他們在與海禁派的第壹次交鋒中取得了勝利。
此後，"自紈死，罷巡視大臣不設，中外搖手不敢言海禁事"。走私貿易變得更加活躍，"自紈死，海禁復弛，佛郎機遂縱橫海上無所忌"。"自是舶主土豪益自喜，為奸日甚，官司莫敢禁。"王直即是在此背景下得以崛起。
然而最大的海禁派就是嘉靖帝本人，雖然壹時利用嘉靖帝的剛愎自用殺了朱紈，廢除了海禁政策，但是並沒有觸及問題的根本之處，朱紈也不是因為海禁執行不力被皇帝免職的，這就使沖突實際上被延緩並且被進壹步激化，以至於壹場席卷整個東南沿海、歷時十數年的倭患終於爆發。
朱紈自殺以後，沿海的走私貿易再度活躍，先前被朱紈驅趕的海商也有很大壹部分重新回到了舟山群島，雖然雙嶼港已經不能再作為港口使用，但是仍然有諸如瀝港、橫港等可以作為遠洋船只進出的港口。
不過與朱紈實行嚴厲的海禁政策之前相比，此時的走私活動還是產生了壹些差別，即葡萄牙人再未出現在浙江沿海地區，中國商人主導了此時閩浙沿海的走私貿易，其集團化趨勢也更加明顯，競爭也明顯加劇。在這些海商集團中，最為強大的當屬王直領導的海商集團，他也引起了嘉靖帝註意並且再次遭受打擊。
關於王直的身世，鄭若曾曾這樣記述：王直者，歙人也。少落魄，有任俠氣，及壯多智略，善施與，以故人宗信之。壹時惡少，若葉宗滿、徐惟學、謝和、方廷助等，皆樂與之遊。間嘗試、相與謀曰："中國法度森嚴，動輒觸禁，孰與海外逍遙哉？"?遂起邪謀。嘉靖十九年，時海禁尚弛。直與葉宗滿等之廣東，造巨艦，將帶絲綿、硝黃等違禁物，抵日本、暹羅，往來互市者五六年，致富不貲。
從這段記錄中我們可以看出，王直是徽州人，徽州是徽商的故鄉，有深厚的經營貿易傳統，王直受到家鄉經商傳統的影響，很早就顯示出了經商才能。王直首先投入的可能是當時徽商主要經營的鹽業，此後由於經營鹽業失敗或者是由於看到海外貿易利潤更高，才轉而從事海外貿易活動。
王直最初投身海外貿易的時間大概是1540年，此時葡萄牙人已經占據馬六甲很多年，在中國沿海地區也已經活動多年，因此王直必然與葡萄牙人之間存在著聯系。正如前文所述，正是王直帶領葡萄牙人首先前往日本，發現了與日本貿易的機會。
從日本回來之後，王直加入了已經盤踞在雙嶼港的許氏兄弟集團，憑借其豐富的海外貿易經驗和與日本、葡萄牙人的密切關系，成為許氏兄弟的得力助手。當朱紈率領軍隊進攻雙嶼港之時，王直正在外地從事貿易，沒有回到雙嶼港，實力並沒有因此受到嚴重損害。
當朱紈被罷免自殺以後，原來盤踞在雙嶼港的許氏兄弟等人或者被殺，或者不願意再繼續從事海外貿易活動，王直便被推為首領，占據瀝港繼續從事海外貿易活動。與許氏兄弟和葡萄牙更多地以武力威脅內陸的勢家大族和商人不同，王直更多地選擇與地方政府合作。
這壹方面是為了借助官方的力量打擊競爭對手，另壹方面，更重要的則是為了能夠使海外貿易合法化，更加穩定、長久地賺取利潤。地方官員對此問題也有類似的看法。朱紈實行嚴厲的海禁政策，斷絕了走私貿易，使地方財政收入也受到了極大的影響；
與此同時，為了打擊海商，建立壹個強大的沿海防禦體系，地方政府的開支又大幅度上升，地方政府和人民難免背上沈重的負擔，朱紈十分清楚他的做法給當地民眾帶來的沈重負擔："百凡供億，皆出小民膏血，亦應常加點閱，使兵皆強壯，毋致閑曠，庶幾地方有賴，不致浪費錢糧。"
可是為了能夠完成皇帝的任務，卻又認為必須如此。不過隨著朱紈的自殺，其他官員不願意再執行這樣的政策，"浙中衛所四十壹，戰船四百三十九，尺籍盡耗。紈招福、清捕盜船四十余，分布海道，在臺州海門衛者十有四，為黃巖外障。副使丁湛盡遣散之，撤備弛禁"。
放松了海防雖然使地方政府的財政負擔大為減輕，但是也使地方政府無力繼續執行在海上的治安任務，地方政府不得不借助願意與政府合作的武裝海商的力量。於是雙方壹拍即合，在解散朱紈建立的水師的同時，浙江海道副使江西人丁湛與王直私下達成了協議，以允許王直貿易作為條件，借助王直的力量維護沿海地區的安全。
嘉靖二十九年（1550年），盧七、沈九勾引倭夷進攻錢塘，丁湛急忙尋求王直的幫助，王直則立刻前往錢塘，捉拿了盧七等人獻給了丁湛。官府在借助王直的力量平定沿海地區海盜的同時，王直也在利用與官府的合作打擊競爭對手，壟斷與海外的貿易。
當時盤踞在舟山群島的不僅有王直集團，陳思盼是其最大的競爭對手，王直所駐瀝港每次出海進港都要經過陳思盼占據的橫港，其船只也曾多次為陳思盼所劫，雙方的競爭妳死我活，王直壹時並沒有占據上風。但是與王直相對更註重貿易不同，陳思盼可能劫掠成性，不斷地兼並在舟山群島存在的各個走私貿易集團，引起了眾怒。
壹個王姓船主的船只和人員被陳思盼強行兼並以後，引起了他們的憤怒，這些海商便暗自聯絡王直，消滅陳思盼。這給了王直壹個消滅陳思盼的好機會，利用陳思盼出外劫掠未歸的時候，王直聯絡了慈溪壹個從事走私貿易的大族柴德美，請他派出了幾百名家丁，雙方合力壹舉消滅了陳思盼集團。
王直將陳思盼的侄子陳四等壹幹人等交給了寧波官府，自己與柴德美則將陳思盼的財寶和人員進行瓜分。消滅了陳思盼，從此在舟山群島再也沒有哪個集團能夠與王直抗衡，王直的聲威大震，所有出海貿易的海商都不得不依附於王直，"由是海上之寇，非受王直節制者，不得自存，而直之名始振聾海舶矣"。"
新結幫夥，必請五峰旗號，方敢海上行駛，五峰之勢於此益張"，形成了"海上遂無二賊的局面"。很多明朝將官，也紛紛與王直建立良好的關系，"邊衛軍官，有獻紅袍玉帶者。把總張四維，因與柴德美交厚，得以結識王直，見即拜伏叩頭，甘為臣仆，五峰令其送貨，壹呼即往，自以為榮"。
王直與地方官府的合作還算愉快，王直借助官府的力量消滅了與之競爭的其他海商海盜集團，擴張了自己的勢力，在很大程度上壟斷了中日貿易；官府也借助王直的力量消滅了其他海盜，維護了沿海的治安。
所以即使對王直頗為不滿的都督萬表，對浙江海道借助這種辦法維持沿海安全也頗為稱道，認為這是以賊攻賊的好辦法。但是王直與浙江海道的合作仍然是帶有私人與地方性質的，並沒有得到皇帝的認可，因此這種合作必然是脆弱的，嘉靖帝能否認同這種合作才是合作能否制度化的關鍵。
然而問題便在於此，嘉靖帝雖然罷免了朱紈，但並非由於朱紈執行海禁政策不力，而是朱紈專權觸到了嘉靖帝的痛處，嘉靖帝從來也沒有放棄過海禁政策的執行，官僚集團也從未能夠正面說服嘉靖帝放棄海禁政策。因此嘉靖帝壹旦知道沿海地區走私貿易盛行，必然實行更加嚴厲的海禁政策。