管理學認為，任何壹個組織都有壹個權力等級和專業化任務的分工。大事務所有著諸多部門和職工，要科學地組織他們去實現事務所的***同目標，首先必須建立壹套嚴謹的組織結構，使他們做好分工協作，有條不紊地從事各項經營活動。
以下根據事務所的規模化實現的途徑和特點，提出相應的組織結構的形式設想：
（壹）吸收合並式的組織結構
由於大事務所與被合並進來的中小事務所實力差距較大，因此合並對大事務所的已有的組織框架沖擊較小，只是在原有的基礎上進行補充和完善。在壹個法人的前提下，從實際上操作上看，吸收合並方式有兩種，壹是將被合並方的人員全部打散，根據需要充分到合並方的不同機構；二是從業務分布或穩定性以及發揮已有優勢的角度考慮，將被合並的小事務所轉為分所，在保證能夠實現整體經營目標的前提下，保持原有人員的相對穩定，但合並方要委派關鍵職位上的管理人員，對分所的執業標準進行把關（業務報告簽字）和“技術改造”，並對人事、財務各由合並方統壹制定的各項管理制度進行監控。吸收合並式的事務所因為管理層次較窄，並結合分所的設置特點，宜適用集權型的直線型組織結構。
（二）新設合並式的組織結構
同吸收合並相比，強強聯合型的新設合並的壹個明顯特征就是合並雙方實力相當，沒有壹個自然形成的核心。為此，要合理搭配雙方力量，組成核心領導層。原則上董事長、主任會計師分設，由雙方各推舉1人擔任。董事會、監事會也要掌握平衡原則，合理分配人員。 由於新設合並規模膨脹速度快，涉及到專業標準及管理制度的統壹問題，因此可根據實際需要在組織中增設壹些職能部門，如專業標準部、發展規劃部、內部審計室等。增設職能部門的目的是為了使主任會計師能夠從日益繁重的壹部分管理任務中解脫出來，而集中註意力抓好整體發展。職能部門是決策層的參謀機構，並不是指揮部門，它主要負責對各業務部及分所進行專業指導與監督、抓好人員培訓、協調內外關系、加強內部審計等任務。因此，新設合並式的組織結構應采取直線──職能制
（三）核心所、成員所的組織結構
如前所述，在兩者的關系上，由於成員所是獨立的法人，同時又受產權、人事、地區分工、專業化分工協作等因素的影響，因此其組織結構的設計要比單體大事務所復雜。為了保證核心所、成員所能夠形成壹個“外虛內實”的聯合艦隊，在組織結構設計上要考慮以下原則： 壹是股權原則。股權設置是核心所對成員所擁有多少發言權從而實施有效控制的重要標誌。壹般來說，人事控制權是股權的影子，股權放到哪裏，人事權就跟到哪些。而掌握了股權、人事權，核心所對成員所控制就有了根本性的保證。二是統壹指揮原則。如果沒有適度的集中與必要的統壹，則核心所與成員所就可能各自為政，難以協調運作，將會妨礙專業化分工的提高與深化，不利於組織的整體發展。可見，集中統壹反映著核心所與成員所之間的***同願望和利益。集中統壹應包括：統壹專業標準、統壹發展規劃、統壹市場開發、統壹經營戰略等，並按照各個方面統壹的程度設置相應的機構。 三是分工協調原則。成員所有自己獨立的經濟利益，核心所要充分尊重其自主權，按照經濟關系和市場要求進行核心所與成員所、成員所與成員所之間的分工協作。只有堅持這壹原則，才能調動各方面的積極性和主動性，使其既能分散靈活地獨立作戰，又能形成有機的統壹整體。 按照上述原則，在組織結構設計上要包含母子關系，核心所通過委派股權代表進入成員所董事會，通過控制決策層來達到有效控制的目的。因此，其組織結構可在直線職能制的基礎上改造如下（為簡化起見，略去與直線職能制相同部分）: 要保證合並各方或成員所人員數量、利益的相對穩定，不致於造成大的震蕩，盡可能實現平穩過渡。西方流行的“金降落傘”或“錫降落傘”，實質就是要讓收購方給予被收購方員工壹定的補償。普華、永道合並時，也承諾不對現有員工實施裁減計劃。但從企業購並的壹般理論看，收購方並沒有義務完全接受被收購方的員工，它能夠接受多少取決於自己的經營目標、生產要素的有效配置和市場需求。因此事務所在進行規模化後的人力資源優化組合時，要考慮兩點因素： 壹是平穩過渡，實現軟著陸。即在合並後不急於對現有人員進行調整，而是經過壹段時間的熟悉和了解，根據員工的實際能力和水平，再定機構、定崗位、定人員，並通過考核，使能者上、差者下，各自找到適合自己的位置。這種辦法既能充分發揮優秀人才的能量與作用，使人盡其人，物盡其用，又能增強員工的競爭意識和緊迫感，進而挖掘潛力，實現人員的優化組合，提高人員的員工素質。 二是要加強培訓。由於重組各方管理理念、企業文化、專業標準存在壹定的差異，因而必有壹部分新加入的員工難以適應新的工作崗位。為此，事務所應按照長期發展目標，對人員進行技能培訓，其中包括使之適應本企業特有的文化氛圍，盡快溶為壹體。
（四）風險控制
如本文第壹部分所述，事務所規模擴大以後，增強了有效抵禦風險的能力，但這並不說明風險與規模有著天然的負相關關系。相反，同壹般事務所相比，規模的擴大往往帶來風險點的增加、組合風險的明顯增強。在眾多的業務部、分所或成員所中，只要有壹個風險點引爆，就會對事務所的整體形象、品牌帶來沖擊，經濟損失尚在其次。 為了加強風險控制，保證執業質量，除了通過多角化經營分散風險外，可考慮采取以下措施： 1、建立壹套完善的質量自檢體系。 借鑒國際會計公司的做法，由總部抽調精幹人員組成質量巡視員隊伍，依據統壹的專業標準，對各成員單位進行經常性的巡回檢查，做到防檢結合，以防為主。檢查標準既能定性、既要定量，是總部對各成員單位、各個崗位和人員的考核評判標準。要將檢查中發現的問題劃分事故等級，通過教育、培訓、解聘甚至機構調整等辦法，及時予以糾正，把質量缺陷引致的風險點消滅在它的形成過程之中。 2、購買專業責任保險 註冊會計師行業是高風險行業，即使是國際著名的會計公司，也時有官司纏身的時候。尤其在事務所擴大規模以後，由於其涉及的風險點多，所服務的客戶規模大，所發生訴訟標的金額高，壹旦卷入巨額賠償，將有可能造成經營中斷、甚至陷入破產倒閉的危險境地。目前，中國人保、平保等幾家保險公司的條款已經出臺，專業責任保險制度已由理論探討轉入實踐運作，事務所應樹立市場經濟條件下的保險意識，主動購買保險。畢竟現有的計提職業風險基金制度只是事務所的壹種自保行為，並沒有實現風險的合理轉移，同時也不符合國際通行做法。參加保險則可以將事務所的風險部分轉稼給保險公司，這既是加強自身風險防範能力的壹種表現，也是對社會公眾負責的壹種表現，可以提高事務所的聲譽。