1882年6月24日，生於浙江嵊縣浦口鎮。
1898年，馬寅初到上海讀中學（在今上海市澄衷高級中學）。
1901年，考入天津北洋大學,選學礦冶專業。同年與張團妹結婚。
1906年，赴美國留學。
1910年，獲得耶魯大學經濟學碩士學位。
1914年，獲哥倫比亞大學經濟學博士學位。
1915年，馬寅初回國，在北洋政府財政部當職員。
1916年，任國立北京大學經濟系教授兼系主任。
1919年，任北大第壹任教務長。
1921年，國立東南大學（現南京大學）分設上海商科大學，馬寅初任上海商科大學（現上海財經大學）第壹任教務主任，曾兼任中國銀行總司券（總發行人）等職。
1923至1925年，在北京交通大學經管學院任教，教授銀行貨幣和國外匯兌。
1927年，到浙江財務學校任教並任浙江省省府委員。
1928年，任南京政府立法委員。
1929年後，出任財政委員會委員長、經濟委員會委員長，兼任南京國立中央大學、陸軍大學和上海交通大學教授。
1932年至1936年，任上海交通大學教授。
1938年，抗日戰爭期間，在重慶大學商學院任院長兼教授，著重研究中國戰時經濟問題。
1946年9月，到上海私立中華工商專科學校任教。
1948年，當選第壹任中央研究院院士。
1949年8月，出任浙江大學校長，並先後兼任中華人民***和國中央人民政府委員、中華人民***和國政務院財政經濟委員會副主任、華東軍政委員會副主任等職。
1951年，出任北京大學校長。
1960年1月4日，因發表《新人口論》被迫辭去北大校長職務，居家賦閑。
1979年4月19日，經中***中央批準，北京大學黨委召開會議，為其徹底平反，恢復名譽。
1979年7月26日，中央人民廣播電臺播發題為《黨組織為馬寅初徹底平反恢復名譽》。
1979年9月，平反後擔任北京大學名譽校長，並增選為第五屆全國人民代表大會常務委員會委員。
1981年2月27日，當選為中國人口學會名譽會長、顧問。
1981年3月29日，當選為中國經濟學團體聯合會第壹屆理事會顧問。
1982年5月10日，馬寅初因病逝世。
1993年8月，獲首屆中華人口獎“特別榮譽獎”。