進入苗鄉後，在與當地巫師的鬥爭中取得勝利後，石門坎的藥店原來就設在他們居住的“五磅茅屋”裏。這家藥店已經成為像教堂和學校壹樣繁忙的地方。每次服務結束後，都有源源不斷的人來藥店咨詢。他老婆壹般都是用紙袋把粉末藥包起來，而藥水則是倒進半個雞蛋殼裏，給前來求醫的人喝。
貝格利甚至為當地人種植牛痘。他特意從老家帶了壹批小刀片和疫苗。生活不能自理的時候，他就辦壹個培訓班。很快，那些被選上的傳教士和老師們又變成了接種員，帶著令人羨慕的鋥亮鋒利的刀，熱情地給各地的苗族人接種疫苗。“巴格萊親自給苗族人治大膿包，連麻風病都不怕。”這是貴州省工作組在1957走訪石門坎時，苗族人記錄的。
麻風病人曾經是壹個被排斥的群體。1914年，巴格利聽到廣西巡撫誘捕並殺害被活埋的麻風病人的消息後，在報紙雜誌上憤怒譴責，英國的壹個反麻風組織很快與他聯系並匯了壹些錢。巴格利用這些錢買了食物和布料，定期分發給附近的病人。他死後，教會對麻風病人的道德責任仍在繼續。四年後，他的繼任者張道惠向傳教團體申請資金，在附近買了壹塊有水的荒地。滇東北、黔西北最早的麻風病院，很快就接收了昭通、威寧、宜良等地的數十名麻風病人。很多病人拖著腐爛的屍體，接受治療後，在這裏過著集體生活。這個麻風村今天還在。
1927年，石門坎產生了第壹位苗族醫學博士:吳興春。更難得的是，吳博士在獲得博士學位後，毅然放棄城市生活，回到石門坎，創辦平民醫院，開展中醫治療和西醫手術，創辦護士學校培養護士，普及農村健康教育。