(1)辦公室(律師事務所)
起草和審核規章制度和綜合性文稿；負責文電、會議、機要、檔案等工作；承擔信息、宣傳、保密、政務公開、政務信息化、技術支持和工作監督；負責法律工作；負責對外聯系和內部協調。
(2)人事和政治工作科
負責黨的建設、思想政治建設、廉政建設、準軍事建設和文化建設；負責考核、任免、調配、獎懲、檔案管理和出國審批；承擔教育培訓、工資福利、海關職稱、社會保險、療養、人事信訪等工作。全體員工的；聯系和協調內部和外部審計工作；承擔離退休人員服務管理、編外人員職能管理和報關員資格考試組織工作。
(3)監管及清關組
率先推進綜合治稅；負責進出境貨物、物品的通關單、稅收征收、價格分類和原產地管理；負責減免稅貨物的審批、海關統計、加工貿易備案、核銷等工作；負責整理、登記和歸檔報關文件。
⑷監測和檢查科
負責海關監管進出境運輸工具、進出境人員、貨物、物品和監管場所；承擔過境運輸企業、運輸工具和貨物的審批和監管工作；負責武警部隊參與海關監管任務的協調工作。
(5)知識產權組
負責知識產權海關保護，承擔知識產權案件調查，與地方政府知識產權職能部門聯系合作，與知識產權權利人合作。
(6)檢查科
負責企業檢查審核、減免稅核銷、保稅中後期核銷、非貿易貨物跟蹤核銷、單位核銷；負責貿易調查和市場調查；負責風險管理、企業管理和報關行管理。
(7)財務設備科
管理資金收支、稅收繳納、財務會計、基本建設、政府采購和罰沒財物；負責海關稅費資金和罰沒收入的收繳和入庫；負責預決算的編制和管理；管理設備和實物資產。