2007年被授予全國文明機場、全國最佳服務質量機場、全國最佳餐飲服務機場、全國最佳購物服務機場和“安全機場、溫馨體驗”機場稱號，被南京市文明委命名為南京服務品牌，榮獲“全國廠務公開民主管理先進單位”稱號。
2006年，機場公司以300萬-10萬的旅客吞吐量，榮獲“顧客滿意質量獎”、“全國顧客滿意企業”、“江蘇省服務質量管理優秀企業”。
2005年，機場公司榮獲“國際衛生機場”稱號，十運會行政接待貢獻獎，2003-2004年度江蘇省文明單位獎，2005年南京市推進質量管理先進單位獎，2005年全國民航顧客滿意質量獎。
2004年，機場公司榮獲中國民用航空局“藍天振興”評比壹等獎(300-500萬人次)、南京市安全生產先進單位壹等功、南京市建設新南京有功單位、2003年度“江蘇省服務質量優秀管理企業”、江蘇省“全國用戶滿意企業”、“全國用戶滿意丁”、“重合同守信用企業”。
2003年，機場公司通過ISO9001:2000: 2000國際質量認證，榮獲2000-2002年度南京市文明單位稱號，被授予“全省防治非典先進集體”和“南京市防治非典先進集體”稱號，2001-2002年度被授予“江蘇省文明單位”稱號。
2002年被評為“全國用戶滿意企業”。2001被華東管理局授予航空安全評估資質，2001年度“全國民航為旅客”活動用戶滿意機場(在32個參評機場中，綜合得分86.2，排名第二)，2001年9月7日祿口機場被授予江蘇省紀檢監察工作先進集體。2000年華東地區文明機場，2000年江蘇省保衛國家安全先進集體，2000年江蘇省安全生產先進集體。