各級環保部門應采用先進技術，逐步實現環保檔案管理的現代化。第二章檔案管理機構及其職責第六條環境保護檔案工作實行國家檔案行政管理部門的“統籌規劃、組織協調、統壹制度、監督指導”。國務院環境保護行政主管部門對全國環境保護檔案工作實施監督管理。
縣級以上地方環境保護行政主管部門對本轄區內的環境保護檔案工作實施監督管理，在業務上接受上級環境保護行政主管部門和同級檔案行政主管部門的監督、指導和檢查。第七條省轄市以上環境保護行政主管部門，應當根據實際情況，設立環境保護檔案管理機構，並配備專職檔案工作人員；縣級環境保護行政主管部門應當設立綜合檔案室，配備專職或者兼職檔案人員；
各級環境保護行政主管部門直屬單位應根據實際情況，設置環境保護檔案管理機構，配備專職或兼職檔案工作人員。第八條環境保護部門的檔案管理機構應當履行下列職責:
(壹)貫徹執行國家檔案工作的方針、政策和法規，結合本部門的實際情況，制定檔案管理制度；
(二)指導本部門各職能機構文件材料的形成、積累、整理和歸檔，集中管理本部門的全部檔案；
(三)對本部門所屬單位的檔案工作進行業務指導、監督和檢查，組織環境保護檔案業務培訓；
(四)組織開發檔案信息資源，做好檔案利用服務工作。
(五)參與重要科研成果的驗收、項目竣工和設備儀器的開箱。第三章檔案工作者及其職責第九條檔案工作者(包括主要從事檔案工作的兼職人員)必須堅持四項基本原則，嚴格遵守黨和國家的法律法規。檔案工作者應當忠於職守，熱愛檔案事業，刻苦鉆研業務，具有較高的科學文化和專業知識。第十條檔案工作人員的職務或者職稱的評定、晉升和業務能力的考核，按照國家有關規定執行，享受專業人員同等待遇。
各級環保部門要保持檔案人員的相對穩定。第十壹條檔案工作人員應當履行下列職責:
(壹)貫徹執行檔案工作的方針、政策、法規和有關制度；
(二)督促、指導和協助檔案人員和專業技術人員做好文件材料的形成、積累、整理和歸檔工作；
(三)檢查驗收科技項目或申報成果的獎勵文件是否完整、準確、系統；
(四)負責本單位檔案的收集、整理、保管、鑒定和統計，熟悉所保管的檔案；
(五)開展檔案開發利用，快速準確地查閱、調整檔案；
(六)遵守國家保密制度，不得造成檔案損毀、丟失或泄密；不得擅自提供或復制文件，確保環保檔案的保密和安全。第四章文件材料的形成和歸檔第十二條環境保護文件材料的形成、積累、整理和歸檔，由辦理文件材料的部門和人員負責。第十三條環境保護檔案工作實行“四同步”管理，即環境保護任務與環境保護文件材料的形成、積累、整理和歸檔要求同步下達；檢查環保工作進展情況，檢查環保文件的形成、積累、整理和歸檔情況；環保科技成果的鑒定驗收與環保科技文件材料的鑒定驗收和立卷歸檔同步進行；申報、登記、評審和獎勵環境保護科技成果及檔案管理機構出具的證明材料。