由於出差是為了企業的經營而進行的，屬於增值稅進項稅的抵扣範圍。
員工住宿費可根據不同用途扣除，以下情況除外:公司接待客戶可扣除住宿費，不論納稅人大小，即使認證壹致；住宿費是公司組織員工出差，開票方無論納稅人大小都不得扣除，即使認證壹致；
其次，對於開票方的不同納稅人，扣除率是不同的。住宿費為員工出差，開票方為小規模納稅人，其增值稅專用發票抵扣率為3%。住宿費為員工出差，開票方為壹般納稅人，其增值稅專用發票抵扣率為6%。
進項稅可以抵扣:
接受服務，包括交通運輸服務、郵政服務、電信服務、建築服務、金融服務、現代服務和生活服務。其中，運輸服務包括陸路運輸服務、水路運輸服務、航空運輸服務和管道運輸服務，不包括客運服務；郵政業務包括郵政普遍服務、郵政特殊服務和其他郵政業務；電信業務包括基礎電信業務和增值電信業務；建築服務包括工程服務、安裝服務、修繕服務、裝飾服務和其他建築服務。金融服務包括直接收取的金融服務、保險服務和金融商品轉讓，不包括貸款服務支付的利息和與貸款直接相關的投融資咨詢費、手續費和咨詢費。現代服務業包括研發和技術服務、信息技術服務、文化創意服務、後勤保障服務、租賃服務、鑒證咨詢服務、廣播影視服務、商務支持服務等現代服務業。生活服務包括文化體育服務、教育醫療服務、住宿服務和其他生活服務。
法律依據:
中華人民共和國增值稅暫行條例
第十條下列項目的進項稅額不得從銷項稅額中扣除:
(壹)為簡易計稅、免征增值稅、集體福利或者個人消費而購買的貨物、勞務、服務、無形資產和不動產；
(二)外購商品以及相關勞務和運輸服務的非正常損失；
(3)非正常損失的在產品和產成品耗用的購進貨物(不含固定資產)、勞務和運輸勞務；
(四)國務院規定的其他項目。