(1)辦公室。
承擔全省供銷合作社系統的會議組織、文稿起草、內部協調、文秘、機要、檔案、信訪、政務信息、提案、保密和安全管理等工作；承擔省學會年度目標責任制管理工作；組織制定機關工作制度，監督檢查機關的重要工作；負責宣傳、聯絡和接待工作；負責省棉花產業化部際聯席會議的日常工作。
(2)人事部門。
負責省直社會機關和直屬單位的人事和編制管理；承擔市州供銷社負責人的備案管理工作；對省社委派的控股、參股公司董事、監事的履職情況進行檢查和監督；負責組織直屬單位主要負責人的經濟責任審計；組織和指導本系統職工的專業技術培訓、職業技術教育和職業技能鑒定；組織指導直屬單位勞動管理、社會保障和專業技術職稱評審申報工作。
(3)金融資產辦公室。
負責預算資金的編制、申報、管理和使用；負責指導省直社會機關和直屬單位資產的開發、利用和管理；負責省屬社會控股和參股公司股權收入的收繳、管理和使用；負責制定直屬單位和控股企業的經營目標並組織考核；指導和監督本系統內主管部門批準的基本建設及相關工作；負責編制和匯總全省供銷合作社系統的財務會計報表。
(4)經濟發展司。
研究制定全省供銷合作社的經濟政策和經濟發展計劃並組織實施；參與制定相關農業生產資料和農產品市場建設規劃；監督檢查本系統價格政策的執行情況，為政府價格決策提出政策建議；承擔政府委托的重要商品的計劃、儲備和供應；負責指導、協調和服務全省直屬單位、控股企業和供銷合作社的業務；促進全省供銷合作社的科技開發、技術引進和推廣應用，組織協調對外經濟貿易業務的發展；負責相關投資項目的可行性審查和申請；匯總統計報表，收集和發布經濟信息，組織農村市場的分析、預測和開發研究；為省直屬機構及控股公司的重大經營決策提供法律法規和政策服務，依法審查有關重要經濟合同；負責省直社會機關、直屬單位和全省供銷合作社的宣傳工作；受省級代理機構委托，代理訴訟、仲裁、調解，提供法律咨詢服務；為系統內的重大經濟糾紛和法律事務提供法律援助。
(5)合作指導辦公室。
制定全省供銷合作社改革和發展的戰略規劃；負責全省供銷合作社改革與發展的重要課題調研，總結推廣典型經驗，提供政策指導；促進農民專業合作社、行業協會和新型農村合作經濟組織發展；負責省供銷合作社的歷史編纂和省供銷合作經濟社的日常工作。
(6)農村流通辦。
組織全省供銷合作社參與農村市場體系建設；負責組織指導新農村現代流通網絡工程建設，構建農村農業生產資料現代管理服務網絡、農副產品營銷網絡、日用消費品現代管理網絡、再生資源回收網絡和煙花爆竹安全管理網絡；組織和指導全省供銷合作社參與和推進農業產業化，完善農業社會化服務；配合有關部門普及農民科技知識，科技興農。
(7)企業工作辦公室。
指導全省供銷合作社所屬企業的改制工作；研究制定直屬企業改革重組政策，推動企業加強現代企業制度建設，完善法人治理結構，健全企業高管激勵約束機制；研究制定直屬企業發展戰略，組織實施直屬企業戰略重組；擬定直屬企業項目建設計劃，協調和監督相關項目建設；負責直屬企業的調查、研究和協調工作。
機關黨委負責省直社會機關和直屬單位的黨群工作。設立機關黨委辦公室，承擔機關黨委的日常工作。
紀檢監察機構和供銷工會按有關規定設置。
離退休幹部處負責省級社會團體的離退休幹部工作，指導直屬單位的離退休幹部工作。