醫療器械按其危險程度可分為三類，不同類型的醫療器械需要不同的證書才能操作。比如經營壹類醫療器械，需要在公司經營範圍中增加相應的經營項目；經營二類醫療器械，需要辦理二類醫療器械經營備案證明；經營三類醫療器械，需要取得醫療器械經營許可證。所以在公司註冊之前，首先要搞清楚自己經營的醫療器械的種類，以免到時候拿錯證件。
醫療器械公司註冊流程:
公司註冊首先要驗證，醫療器械公司也不例外。公司名稱壹般為XX醫療器械有限公司(驗證公司名稱時可以準備幾個公司名稱，以提高公司名稱驗證的通過率)。名稱核準後，由審批部門出具名稱預先核準通知書，然後提交登記材料，領取營業執照。
取得營業執照後，需要辦理相應的營業執照或營業備案。處理過程壹般如下:
1.確保公司符合申辦條件，向設區的市級食品藥品監督管理部門提出申請。這裏的投標條件是指公司有醫療器械相關的經營項目，有與經營範圍和規模相適應的質量管理機構或質量管理人員，以及與其經營的醫療器械相適應的業務、儲存場所和質量管理體系。
2.提交所需信息。需要提交的材料包括:企業名稱、經營範圍；醫療器械產品註冊證書、供應商的營業執照、許可證和授權書；質量管理文件；兩份以上醫學或相關專業證書和身份證明；符合醫療器械經營要求的辦公場所和倉庫證明，以及公司章程、股東大會決議和法律法規要求提交的其他相關材料。
3.取得醫療器械經營許可證。提交材料後，設區的市級食品藥品監督管理部門自受理之日起30個工作日內對申報材料進行審核，並按照《醫療器械經營質量管理規範》的要求進行現場核查(需要整改的，整改時間不計入審核時限)。符合規定條件的，監管部門將在10個工作日內頒發《企業醫療器械經營許可證》或《第二類醫療器械經營備案證明》。