水利部發展研究中心擁有131員工，擁有強大的專業研究和咨詢團隊。研究人員大多具有博士後和博士、碩士學位，並具有高級以上職稱。壹批中青年科研人員逐步成為水利政策研究和決策咨詢的骨幹力量。邀請兩院院士、著名學者和有關專家70余人，帶領中心成立專家咨詢委員會，為重大研究項目提供咨詢，為研究工作提供資源和智力支持。中心設有學術委員會，目前由15名具有豐富研究經驗和較高研究水平的成員組成，負責重大學術事項的評審和評議，為研究工作提供學術把關和專業指導。目前，中心聘用了來自46個單位的126名新特約研究員，他們多年從事水行政管理或研究咨詢工作，具有較高的專業素質和豐富的實踐經驗。
該中心設有職能部門、應用研究部門和基礎研究部門。近年來，中心項目研究成果顯著，研究能力不斷提高。壹些重要成果在水利系統內外得到了廣泛應用，得到了有關領導、專家和業內人士的肯定，取得了良好的社會效益和經濟效益，逐步確立了中心在水利行業軟科學研究領域的領先地位。二級機構《水利發展》雜誌社承擔的《中國水利發展報告》、《水利發展研究》、《水利水電技術》，在行業內外都有較大影響力。北京中水潤澤咨詢有限公司致力於水利水電信息、水利工程技術咨詢，為水利改革發展提供有效解決方案。北京元欣水利電力科技發展有限公司正在項目開發、綜合服務、網站網絡、後勤保障等方面拓展業務。