醫院前身是私立三壹醫院，成立於1932。嘉興憑借70多年的醫術積累和人文沈澱，打造了婦幼保健的良好品牌，技術精湛，服務優良，在全市及周邊地區乃至全省享有較高聲譽。多年來，醫院先後被評為全國首批愛嬰醫院、全國婦幼衛生工作先進集體、全國計劃生育科技先進集體、全國三八紅旗集體、全國“人民放心醫院”、浙江省文明單位、浙江省綜治工作先進單位、浙江省衛生系統政治思想工作先進單位、浙江省產科質量先進單位、嘉興市先進集體。醫院已成為嘉興市婦產科和婦幼保健的醫療、教學、科研指導中心，浙江大學醫學院、杭州師範大學臨床醫學院、蘇州大學醫學院、嘉興大學醫學院等高校的教學醫院。嘉興市生殖醫學中心、嘉興市產前診斷中心、嘉興市新生兒疾病篩查中心、兒童聽力篩查管理中心、婦產科婦幼保健質量控制中心均設在醫院內。
2006年5月，壹座嶄新的婦幼保健院正式投入使用。新院占地100畝，壹期總建築面積84600平方米，床位400余張，綠化率52.8%。新醫院不僅將為城市婦女兒童提供更廣闊的醫療空間，還將承擔社區的醫療任務。在繼續發展婦幼保健特色的同時，重點發展內科、外科等綜合學科，逐步形成“強專科、細融合”的醫療格局。醫院加名“嘉興三位壹體醫院”為二院，意味著新院的功能定位是集臨床、醫療、科研、教學於壹體。經營範圍將容納壹家三口:父親、母親、孩子。服務宗旨取天地人三位壹體，充分體現了以人為本的精神。
醫院將繼續堅持“健康第壹、務實、勤奮、科技”的宗旨，繼續為廣大人民群眾提供優質、全方位的醫療保健服務。