“金財工程”不是傳統意義上只能事後做賬的壹般財務制度，而是具有“事前”控制機制的政府財務“資源型”管理制度，也是自動化程度高、依法理財的制度。該系統實現了各級財政資金使用部門和各級財政管理部門預算編制、預算審核和預算調整的規範化、科學化管理，支持基本預算支出和項目預算支出的部門預算編制，可以完成預算控制數編制和預算批復，支持預算科目新系統，通過數據庫實現與國庫支付管理、現金管理、收入管理、政府采購、宏觀經濟預測等系統的數據共享。其子系統包括:
(1)部門預算管理系統；
(2)預算指標管理體系；
(3)人員定額管理制度；
(4)中央-地方專項資金管理體制；
(5)地方預算匯總管理制度；
(6)轉移支付計量管理制度；
(7)國家預算匯總管理制度；
(8)非貿易、非經營性外匯管理制度。根據財政國庫集中收付管理制度改革的要求，該系統主要完成財政資金使用過程中的月度支付計劃管理、支付管理、采購訂單管理、賬務管理和預算執行分析管理，並實現與現金管理、預算管理、收入管理、國債管理、政府采購、宏觀經濟預測等系統的數據共享。其子系統包括:
(1)國庫集中支付管理系統；
(2)總賬管理系統；
(3)月度計劃管理系統；
(4)預算單位財政資金支付管理制度。具有國債發行計劃管理、國債發行結算、國債風險評估、國債經濟效益分析等功能。並實現與預算管理、國庫支付管理、現金管理、宏觀經濟預測等系統的數據共享。該系統包括四個子系統:
(1)國債發行計劃系統；
(二)國債發行和結算管理制度；
(3)國債風險評估體系；
(4)國債經濟效益分析系統。以網絡化、電子商務等先進技術手段支撐政府采購業務流程，實現與預算管理中政府采購預算、國庫支付中采購訂單的銜接，實現與固定資產管理系統的數據共享。政府采購管理系統的核心由四部分組成:
(1)采購項目管理系統；
(2)政府采購信息發布制度；
(3)政府采購訂單管理系統；
(4)政府采購審計監督制度。建立覆蓋全國各級財政部門和財政資金使用部門的縱橫三級網絡體系。縱向上，連接財政部與各省(區、市)財政廳(局)的壹級骨幹網，連接省級財政與市(地)級財政的二級骨幹網，連接市(地)級財政與縣級財政的三級骨幹網；橫向上，實現各級財政部門與同級預算單位、人民銀行、代理銀行等部門的銜接。建立政府財務管理信息系統的運行基礎，支持財務核心業務的應用。網絡結構如下圖所示。
為保證“金財工程”高效、穩定、可靠運行，需要提供對網絡、系統和數據進行有效管理和監控的手段，實現計算機系統硬件、操作系統和數據庫平臺在財政部網絡中心和省級網絡中心的兩級集中管理。建立統壹的安全體系是“金財工程”建設的壹個重要方面。實現整個系統的應用安全、系統安全、網絡安全和物理安全的統壹管理，重點建設以認證中心和數據加密為核心的應用安全平臺，制定相應的安全管理制度，為“金財工程”提供有效的安全保障。
根據高可靠性和高標準的故障恢復能力，建立完善的備份和恢復系統。做好現場備份、同城備份和異地備份。當“電子簽名”有了法律依據，可以采用無紙化網上收付時，將采用實時模式容災技術，建立高可靠、高可用的系統。