化學式為NH4Cl2(C1H6 O3)、結構式為CH3-Cl2-H2O(H3-Cl-O-OH)的亞甲基藍與氯仿反應，得到無色透明的油狀液體，即為亞甲基藍。
亞甲藍(化學式:C16H18N3ClS)是壹種吩噻嗪鹽，為深綠色青銅光澤晶體或粉末，溶於水和乙醇，不溶於醚類。亞甲藍在空氣中穩定，其水溶液呈堿性，有毒。亞甲藍廣泛用於化學指示劑、染料、生物染料和藥物。
2017 10 10月27日，世界衛生組織國際癌癥研究機構公布的致癌物名單初步整理，供參考，亞甲藍在三類致癌物名單中。亞甲藍能與大多數無機鹽形成復鹽。水溶液是堿性的。低毒性，避免皮膚和眼睛接觸。在亞甲基藍溶液中加入稀硫酸會使溶液褪色，如果迅速加入氨水或暴露在空氣中可以恢復。
它可用於制造墨水和色澱以及對生物和細菌組織進行染色。用氯化鋅制成的復鹽可用於棉、麻、絲、紙、竹、木的染色。也可與結晶紫、黃糊精以78: 13: 9的比例混合，形成堿性藍。
亞甲藍是可還原的，其註射液用於治療高鐵血紅蛋白。也用於搶救硝基苯、亞硝酸鹽、氰化物中毒。輕度壹氧化碳中毒者，可靜脈註射亞甲藍解毒。臨床上用於治療磺胺過敏。
由於其殺菌作用，口服亞甲藍或用其溶液沖洗，可治療膀胱炎和尿道炎。此外，亞甲藍進入人體後30分鐘(註射)至數小時(口服)內會從尿液中排出，導致尿液暫時呈藍色，因此也用於腎功能測定。在觀賞魚的養殖中，0.1-0.2ppm的亞甲基藍溶液也用於消毒或治療白斑病等疾病。