全國股份轉讓系統定位於非上市股份公司股票公開轉讓和發行融資的市場平臺，為公司提供股票交易、發行融資、並購重組等相關服務，為市場參與人提供信息、技術和培訓服務。
全國股份轉讓系統與交易所市場在法律地位上無區別，主要區別在於服務對象、交易制度和投資者適當管理制度三方面。服務對象方面，全國股份轉讓系統主要為創新型、創業型和成長型中小微企業提供資本市場服務，而交易所市場主要服務於成熟企業。交易制度方面，全國股份轉讓系統設計了優化的協議轉讓、做市轉讓及競價轉讓等靈活多樣的方式，交易所市場主要提供競價轉讓和大宗交易協議轉讓等標準化的方式，投資者準入方面，全國股份轉讓系統實行比交易所市場更為嚴格的投資者適當性管理制度。
全國股份轉讓系統與區域性股權市場也有區別。全國股份轉讓系統是國務院批設、納入中國證監會監管的全國性證券市場，是公開市場，掛牌公司準入和持續監管納入中國證監會非上市公眾公司監管範圍，股東人數可超200人；在交易制度選擇上沒有障礙，可以連續、標準化交易。區域性股權市場是多層次資本市場的組成部分，屬於非公開市場，不屬於證券市場，由省級地方政府設立和管理，受國發〔2011〕38號文和國辦發〔2012〕37號文的約束，其掛牌公司股東人數不能超過200人（“非公開”），股份不能拆細交易（“非標準”），交易頻率須嚴格執行T+5 （“非連續”）。
全國中小企業股份轉讓系統致力於為中小微企業提供資本市場服務，企業掛牌可以得到以下服務：
1、規範治理
規範的公司治理是中小企業獲取金融服務的基礎前提，也是實現可持續發展、確保基業常青的根本保障。主辦券商、律師事務所、會計師事務所等專業中介機構將幫助公司建立起以“三會”為基礎的現代企業法人治理結構，梳理規範業務流程和內部控制制度，大大提升企業經營決策的有效性和風險防控能力。掛牌後，主辦券商還將對公司進行持續督導，保障公司持續性規範治理。
2、股票轉讓
掛牌公司的股票可以在全國股份轉讓系統公開轉讓，為公司股東、離職高管以及創投、風投和PE等機構提供退出渠道，同時也為看好公司發展的外部投資者提供進入的渠道。
3、價值發現
掛牌後，二級市場將充分挖掘公司股權價值，有效提升公司股權的估值水平，充分體現公司的成長性。實踐中，企業掛牌後，創投公司和PE對公司的估值水平較掛牌前有明顯提升。
4、直接融資
全國股份轉讓系統“小額、快速、按需”融資模式符合中小企業需求特征。掛牌公司可以實施股票發行融資，隨著市場功能的逐漸完善和相關細則的出臺，未來掛牌公司還可通過公司債券、優先股等多種工具進行融資。
5、信用增進
掛牌公司作為公眾公司納入證監會統壹監管，履行了充分、及時、完整的信息披露義務，信用增進效應十分明顯。在獲取直接融資的同時，也可通過信用評級以及市場化定價進行股權抵押獲取商業銀行貸款。公司掛牌後，新老客戶對公司的信賴度明顯提升，在新市場開拓中對銷售業績的提升效應也比較明顯。