1.服務對象不同：主板：主要針對大1653型藍籌企業掛牌上市，分為上海證券交易所主板（股票代碼以60開頭）和深圳證券交易所主板（股票代碼以000開頭）。新三板：主要是為創新型、創業型、成長型中小微企業發展服務。這類企業普遍規模較小，尚未形成穩定的盈利模式。在準入條件上，不設財務門檻，只要股權結構清晰、經營合法規範、公司治理健全、業務明確並履行信息披露義務的股份公司均可以經主辦券商推薦申請在全國股轉系統掛牌；
2.投資群體不同：主板：投資者結構以中小投資者為主，方式為購買股票。新三板：目前暫時只能成為掛牌企業，不能算上市公司。
3.服務目的不同：主板：以股票交易為主要目的，同時也為企業提供融資、投資者退出等提供便利；新三板是中小微企業與產業資本的服務市場，主要是為企業發展、資本投入與退出服務。
新三板最早出現在2001年3月，當初是叫股權代辦轉讓系統，是承接兩網公司和退市公司的場所，現在是非上市股份有限公司股權交易平臺，主要服務對象為中小微企業。
壹、新三板是上市公司嗎？
其實在新三板的企業並不是上市公司，雖然說普通投資者也可以買到新三板公司股票，股票也可以流通，公司也可以募集到資金，但是新三板的企業不是上市公司。新三板是不能公開發行股票的，與上市公司集資的方式不同，新三板交易的是股份，而上市公司交易的是證券，新三板只是掛牌，並非上市。
當然，新三板是可以轉板上市的，需要滿足主板或者創業板、科創板的上市條件，壹些優質的企業也會把新三板當作壹個跳板加快在A股市場上市。
二、新三板掛牌條件
新三板掛牌條件比較簡單，主要有以下幾個條件：
1.業務確定，有持續經營的能力；
2.在工商局設立備案，公司經營的時間要大於兩年；
3.公司經營合法合規，治理機制健全；
4.需要得到主辦券商的推薦並且要持續監督；
5.股權明晰，股票的發行和轉讓需要符合法律規定；
6.規定的其他條件。
三、新三板的作用
1.成為私募基金退出新渠道。新三板的搭建對於投資新三板企業的私募基金來說，多了壹種退出的渠道，也激發了私募基金投資新三板的熱情。
2.降低股權投資的風險。新三板制度的確立，使得公司得到更加嚴密的監管，降低了投資的風險。
3.提高公司經營水平。在新三板掛牌的企業必須要先進行股權改革，同時也需要進行信息披露，促進了企業的規範管理，提高了企業的經營水平。