按照基金會計準則的相關規定，基金凈值按照持有證券的公允價值計算，持有股票的公允價值以估值日的交易收盤價格確定。在新規定出臺前，停牌的股票公允價值壹直以停牌前最後壹個交易日收盤價估算。
目前部分基金重倉股因股改或重組原因長期停牌，因此持股市值在基金凈值估算中壹直按停牌前市值計算。但在停牌期間全市場大幅下跌，壹旦這些停牌個股復牌，可以想象將會有大幅補跌，對基金凈值造成瞬間沖擊。
在停牌股未復牌前，則造成重倉持有的基金凈值虛高；不少投資者因擔心復牌後潛在基金凈值下跌而贖回。在原有估值方法下，對基金持有人帶來利益分配不公的問題：復牌前贖回的基金持有人能夠以較高價格贖回，而對持有至復牌後的持有人帶來利益損失。
停牌個股對基金凈值潛在沖擊的問題在市場上受到多方關註，證監會調整估值政策也是對市場關註的及時反應。 2008年11月25日00:02 跌停板放量”是否就是“活躍市場的交易特征”？這壹問題給推廣基金估值新政後采用指數收益法的基金公司帶來困擾。
11月19日，復牌後已是第八個跌停的雲天化在跌停板處明顯放量，換手率達到了7.35%，而有基金公司隨即發布公告表示當日雲天化收盤價格已經能公允反映其股票價值，轉換股票估值方法為市值收益法；而同時復牌的雲南鹽化於11月18日盤中壹度跌停板被打開，但尾盤重新封於跌停，收盤後相關的基金公司也紛紛公告表示調整基金的估值方法。
基金對因重組而停牌的“雲天化系”兩家上市公司在跌停板是否打開後才調整估值方法上口徑並不壹致。對此，德勝基金研究中心分析師江賽春表示，從兩家上市公司復牌後的情況看，證監會此次力推的基金估值新政顯然存在兩個明顯的問題：首先是多數采用指數收益法的公司何時轉換指數收益法為市值收益法需要明確，其次是究竟采用哪種指數作為基金估值的判斷標準。
記者了解到，現在的情況基本是基金公司在相關的交易所指數中進行選擇報備，而監管部門並沒有對此進行統壹規範。東吳基金人士表示，公司對於雲天化的估值采用的是上證工業股指數；而對於雲南鹽化的估值采用的是深證食品飲料指數。
然而，有業內人士提出質疑，重組前的雲南鹽化是壹家橫跨食用鹽與工業鹽領域的上市公司，以單壹的食品飲料指數進行估值是否合適。 9月12日，證監會公布實施了《關於進壹步規範證券投資基金估值業務的指導意見》(下稱“意見”)，對於基金所持有的停牌重倉股給予明確的估值規範，多數基金公司在中國證券業協會此前推薦的四種方法(指數收益法、可比公司法、市場價格模型法、資本資產定價模型法)中選擇指數收益法進行停牌股的重新估值。
對此，信達證券基金分析師劉明軍分析，指數收益法之所以受到青睞，原因在於操作簡便，同壹個行業壹般有近似的屬性，有公開的數據可以參照，便於剔除系統風險對個股的影響。
而壹次性調低重倉停牌股的基金凈值顯然也給此前虛火過旺的基金“降溫”。於是，9月16日，東吳雙動和華商領先兩只基金的基金凈值分別較9月12日下跌了12.59%和12.13%。
有業內人士分析，意見直指的目標是基金的四大重倉停牌股：雲天化、雲南鹽化、長江電力、鹽湖鉀肥，這其中除長江電力因擬實施整體上市而停牌外，其余三家公司皆因為資產重組而停牌多日。11月10日，停牌近八個月的“雲天化系”三家公司同時復牌，並刊登了資產重組預案，隨即就毫無懸念地開始了連續跌停。
然而對於身陷其中的基金，問題接踵而來，首當其沖的是基金的估值標準並沒有統壹規定。對此，海通證券基金分析師吳先信表示，解讀監管部門的“意見”，感覺給基金公司的權限相對寬泛，可以在公開的交易所行業指數中進行自由選擇。
記者查閱了同時重倉雲天化和雲南鹽化的華商基金的網站，發現其在公告中明確表示對前者采用上證工業指數進行估值，而對後者采用深證食品飲料指數進行估值，其估值假設的前提是企業收益率變動與行業的平均收益率變動壹致。
然而分歧來自於雲南鹽化，如果按照深圳食品飲料指數估算，停牌期間該指數約下跌了50%，照此推算11月17日計算基金凈值時該股的參考價格約為13元，對照11月18日該股的收盤價12.51元，壹日的跌幅約為3.85%。
不過業內人士指出,重組前的雲南鹽化同時生產很大比重的工業用鹽，因此在不同的統計口徑分類中也常被劃歸化工指數，這種涉及跨行業的上市公司的估值是否需要在用幾種不同的指數進行先後推算取平均值判斷呢？顯然“意見”並沒有明確的答案。 “11月19日雲天化收盤後公告轉換估值方法為市值收益法的基金公司，很可能當天在跌停板放量時已經將籌碼出掉了。”國泰君安基金分析師吳天宇判斷。
11月19日，雲天化全天的成交額為4.10億元。而來自當日上證所的統計顯示，賣出席位前五位中四家被機構席位所占據，合計賣出資金逾兩億元，市場人士也判斷基金很可能在當天的放量中已部分撤出。
當天收盤後，以東吳、華商為首的壹批重倉基金紛紛公告表示轉換指數收益法為市值收益法。對此，吳先信表示根據計算當雲天化跌至第八個板時，以指數收益法所測算的股票價格與該股的市場真實價格已十分接近，因此是轉換的合適時機。
長城證券基金分析師閻紅則建議，在觀察跌停板何時打開的同時，如果股票在二級市場出現明顯的放量，且股價趨近於指數收益法模擬的虛擬價格時，基金公司就可以公告轉換估值方法了。
而與雲天化不同，雲南鹽化則是在跌停打開後轉換估值方法的。11月18日，雲南鹽化盤中多次打開跌停板，尾盤重新封於跌停。在當日收盤後，東吳、華商等持倉的基金公告表示將轉換指數收益法為市值收益法。
與此同時，業內人士還分析，隨著基金將估值方法調回市值收益法，基本抹殺了基民“反向套利”的空間。
劉明軍稱，所謂“反向套利”是指：由於估值新政實施後基金凈值已經進行過調整，而當熊市中在停牌股復牌後連續跌停而使股價有低於指數收益法估出的估值價趨勢時，在公告轉換之前，基民可以贖回基金而避免轉換後凈值進壹步下跌造成損失。
“只有當牛市重來和停牌股重組壹飛沖天時，運用指數收益法才有可能實現正向套利，因為那時指數收益法所模擬的股價才有可能與停牌股復牌的市價間存在巨大的價差，而轉換的標準倘若為漲停板何時打開的話，則轉換時間越晚對投資者而言套利空間越大。”