microRNA芯片采用的歸壹化方法是分位數歸壹化和黃土歸壹化。？
差異基因篩查？
microRNA的差異篩選與表達譜的篩選方法壹致。參見表達譜的差異基因篩選。？
MiRNA靶基因預測？
微小RNA與靶基因的3’UTR結合並下調靶基因。有許多方法可以預測mirna的靶基因。我們使用TargetScan數據庫來關聯mirna的靶基因。
4.mirna和靶基因的網絡圖？
當顯著性功能和顯著途徑所包含的靶基因相交時，用microRNA(待確認)構建基因和microRNA調控網絡，可以直觀地反映基因在全局水平上的關系，反映基因調控網絡的穩定性。根據microRNA在網絡中的位置函數，計算microRNA在網絡中的關系強度，即microRNA的網絡特征值。特征值最高的MicroRNA處於網絡的樞紐位置，調控能力最強，對網絡結構和樣本特征具有重要的調控價值。同時，也可以從網絡中獲得microRNA調控的關鍵靶基因。
5.miRNA-GO網絡？
MiR-GO網絡利用靶基因的功能註釋和microRNA-mRNA的靶向調控之間的關系，構建microRNA的功能調控網絡圖。在網絡圖中可以找到MicroRNA調控的多種基因功能，通過網絡分析可以得到核心調控microRNA和microRNA調控的核心基因功能。？
6.miRNA通路網絡？
miR- Pathway網絡類似於miR-GO網絡。利用靶基因通路之間的相互作用和microRNA-mRNA的靶向調控，構建mir通路調控網絡圖。網絡圖可以發現MicroRNA調控的多種信號通路，通過網絡分析可以得到microRNA的核心調控和microRNA調控的核心信號通路。
7.mirna轉錄因子的預測？
為了研究miRNA的調控機制，首先對miRNA的啟動子區域進行預測，根據miRNA的啟動子區域，利用HMM對結合轉錄因子進行預測。？
8.mirna和表達譜芯片平臺聯合分析？
miRNA和表達微陣列平臺的聯合分析類似於甲基化和表達微陣列分析，miRNA預測的目標基因可以與表達微陣列的差異基因相交，進行miRNA-DiffGene-Network。