縣級以上農業行政主管部門具體負責本行政區域內的農藥監督管理工作。
省級經濟貿易行政主管部門負責農藥生產企業的初審和農藥生產的監督管理。質量技術監督部門負責農藥生產許可證的初審和農藥質量的監督管理。
設立農藥生產企業，申請發放農藥生產許可證，應當依照《農藥管理條例》第十三條、第十四條的規定，報國務院工業產品許可證行政主管部門批準。第四條農藥應當進行登記。農藥登記分為田間試驗階段、臨時登記階段和正式登記階段。田間試驗階段的農藥不得銷售；取得農藥臨時登記證的農藥，可以在規定的範圍內進行田間試驗、示範和銷售；有正規登記證的農藥才可以生產銷售。第五條研制者、生產者在申請農藥登記證時，應當向省級農業行政主管部門提供農藥樣品和農藥產品的化學、毒理、藥效、殘留、環境影響和標簽等資料。第六條用於農藥登記的藥效、殘留、毒理學和環境試驗應當由具有國家規定的試驗資質的單位進行，所需試驗費用由申請人承擔。
具有試驗資質的單位不得對其農藥產品進行登記試驗。第七條註冊農藥的名稱、種類、劑型、有效成分、毒性、使用範圍、控制指標和使用方法以國務院農業行政主管部門農藥監督管理機構的公告為準。
農藥生產企業應當按照農藥產品質量標準和技術規範組織生產，生產和產品檢測記錄必須完整、準確，不得塗改。所需原料和包裝材料必須符合農藥標準的要求。第八條供銷合作社的農業生產資料經營單位、植物保護站、土壤肥料站、農林技術推廣機構、森林病蟲害防治機構、農藥生產企業、國務院規定的其他經營單位可以經營農藥。
經營的農藥屬於危險化學品的，應當按照《危險化學品安全管理條例》的規定，向省經濟貿易行政主管部門申請危險化學品經營許可證。第九條經營農藥的單位應當具備《農藥管理條例》第十九條規定的條件，並依法向工商行政管理部門申請領取營業執照後，方可經營農藥。第十條合法經營單位設立網點經營農藥，應當加強對經營網點的管理，並對經營網點的行為承擔法律責任。經營網點不得設立銷售網點經營農藥。
農藥經營權不得轉讓或出租。第十壹條農藥經營單位采購農藥時，應當向生產企業或者批發單位索取農藥登記證、農藥生產許可證(或者生產批準文件)、農藥產品標準證書復印件，並查驗核實，否則不得采購。第十二條農藥生產企業和農藥經營單位銷售農藥時，應當出具銷售票據。農藥經營單位和農藥使用者在購買農藥時，有權索取購買票據。第十三條農藥經營者應當向農藥使用者正確說明農藥的用途、用法、用量、急救措施和註意事項，不得誤導農藥使用者。第十四條超過產品質量保證期的農藥產品需要繼續銷售的，其經營者應當向省級農藥檢驗機構申請檢驗。經檢驗有使用價值的，可以在規定的期限內出售，但必須標明“過期農藥”字樣、使用方法、用量和期限。第十五條省農業行政主管部門根據農業生產實際，適時向社會發布在壹定區域內推廣和輪換使用的農藥品種。第十六條農業行政主管部門應當加強對安全合理使用農藥的宣傳和指導，組織開展培訓活動，做好主要農副產品農藥殘留檢測工作，定期公布檢測結果，對農藥使用情況進行監督檢查。第十七條農藥使用者在使用農藥前，應當確認農藥標簽上的農藥登記證號或者農藥臨時登記證號、農藥生產許可證號或者生產批準文號以及產品標準代號。嚴格按照標簽標明的內容使用，不得隨意擴大使用範圍、增加農藥用量和改變使用方法。第十八條各級農業行政主管部門應配備壹定數量的農藥執法人員。農藥執法人員應當是具有相應職業資格並從事農藥工作3年以上的技術人員或管理人員。經有關部門培訓考核合格，取得行政執法證，持證上崗。