本條例所稱水域，包括河流、湖泊、水庫、運河、池塘等水體及其海岸線。第四，建立流域統壹管理和區域分級管理相結合的河長制、湖長制組織體系。
按照行政區域，建立市、縣、鄉三級河(湖)總長度。根據流域設定河(湖)的長度。跨縣(區)和其他重要河流、湖泊設立市級河(湖)長。河湖所在的縣(區)、鄉(鎮、街道)、村(居委會)應當分期設立河(湖)長。第五條河(湖)長的具體設立和調整，按照國家和自治區的有關規定執行。第六條市、縣級河(湖)長負責本行政區域內的湖(河)長制工作的總監督和總調度，履行下列職責:
(壹)研究決定本行政區域內內河湖長制的重大決策部署、重要規劃和重要制度；
(二)組織協調解決河湖管理和保護中的重大問題，推進河湖生態綜合治理；
(三)督促河道(湖泊)和政府有關部門履行河道、湖泊管理和保護職責；
(四)其他需要監督調度的重大事項。
鄉鎮壹級河(湖)長履行本行政區域內內河湖長制監管調度職責，督促落實內河湖長管護任務，協調解決內河湖長管護相關問題。
市、縣、鄉鎮河(湖)長兼任水域河(湖)長的，應當同時履行河(湖)長的相關職責。第七條市、縣河(湖)長履行以下主要職責:
(壹)協調、督促解決責任水域管理和保護中的重大問題；
(二)建立跨區域協調聯動機制；
(三)督促同級人民政府和下級人民政府有關部門履行責任水域內河湖管理和保護職責，查處相關違法行為；
(四)組織責任水域河湖巡查工作並督促問題整改，推進責任水域生態綜合治理；
(五)完成上級河(湖)委交辦的工作和責任水域內其他需要監督協調的工作事項。第八條鄉鎮河(湖)長履行以下主要職責:
(壹)協調和監督責任水域管理、保護和治理具體任務的落實，對責任水域進行巡查，及時處理發現的問題；
(二)對超出職責範圍的問題履行報告職責；
(三)根據檢查情況，向有關部門提出相應的建議；
(四)完成上級河(湖)長交辦的工作。第九條村河(湖)長履行以下主要職責:
(壹)巡視責任水域，對村民(居民)進行保護河流(湖泊)的宣傳教育；
(二)組織實施責任水域的日常保潔、堤防保護等任務；
(三)勸阻、制止相關違法行為，並按照勸阻、制止的規定履行舉報職責；
(四)根據檢查情況，向鄉鎮人民政府和街道辦事處提出相應的建議。
鼓勵村級河(湖)長組織村(居)民制定村規民約和居民公約，對水資源保護義務和相應的獎懲機制做出約定。第十條鄉鎮人民政府、街道辦事處應當與村級河(湖)長簽訂協議，明確村級河(湖)長不履行職責應當承擔的責任、經費保障和責任。本條例規定的村級河(湖)長職責，應當在協議中明確。第十壹條各級河(湖)長巡查河(湖)時，應當加大對水資源保護、河湖岸線和空間管理保護、水汙染防治、水環境治理和水生態修復等方面的巡查力度。檢查中應當如實記錄檢查情況，填寫檢查記錄表，對檢查中發現的問題及時協調處理。
縣級以上河(湖)長巡河(湖)長應重點檢查責任水域周邊河(湖)長制度主要任務進展情況、問題清單整改情況、水域保護管理情況、河(湖)長專項治理情況。
河(湖)長定期對責任水域內的河(湖)進行巡查:市級河(湖)長每半年巡查河(湖)次數不少於1次；縣級河(湖)長每季度巡河(湖)不少於1次；鄉鎮河(湖)長每月巡查河(湖)不少於1次；村級河(湖)長每半月巡查河(湖)長不少於1次。
下級河(湖)長應及時向上級河(湖)長報告檢查情況。