水利部水工程生態效應與生態修復重點實驗室(以下簡稱實驗室)是經水利部批準成立的部級重點實驗室(水國科2011677號)，依托水利部中國科學院水利工程生態研究所。針對水利發展需求，實驗室重點開展水利水電工程建設中生態環境問題及相關緩解措施的基礎和應用研究，旨在揭示水利工程對自然水文過程和生態後效的影響，構建河湖健康與生態安全評價體系，探索受損生態系統恢復重建對策， 發展生態水利和水生態修復新途徑，建立水生態規劃和生態系統管理理論技術體系，為我國水利科技可持續發展提供理論、技術和人才支撐。
到2014，實驗室有固定人員30人(含雙聘專家2人)，其中正高級職稱13人；副高級職稱8人；中級職稱9人。嘉賓26人，其中高級職稱15人，副高級職稱9人，中級職稱2人。在編人員中，國家傑出青年基金獲得者1人，中科院“百人計劃”引進人才2人，國務院政府特殊津貼獲得者3人。曾在國際學術組織工作，擔任國際期刊主編或編委14次。實驗室目前承擔省部級以上科研項目63項，其中國家自然科學基金資助項目17項，水利部公益性行業科研專項資金項目3項，科技部國家科技支撐計劃項目和課題1項，總經費5546萬元。2011結束以來，以實驗室為產權單位，在國內外重要期刊上發表學術論文42篇，其中13篇被SCI收錄；國家授權專利5項。這個實驗室已經設立了壹個開放式基金。目前計劃資助第壹批項目，基金50萬元。(統計截至2012.12.27)辦公室(人事部)
職責:協助領導機構制定並實施全辦規章制度，組織制定與本部門職能相關的管理制度，協助領導機構組織的辦公會議、年終工作會議等行政會議並監督會議的相關決議；負責人事檔案管理、員工培訓、工資審核與調整、單位職工社會保險管理、專業技術人員資格評審與報批、崗位聘用與考核；負責本所的信訪、國家安全、保密、保衛和安全生產工作，根據本所授權，負責組織本所的政府信息和對外宣傳管理工作。
黨委辦公室(監察審計局)
職責:協助院黨委制定黨務、紀檢監察管理制度，並監督實施；負責組織宣傳學習，監督黨的路線方針政策和上級黨組織決議決定的執行，組織黨委的各種會議、學習和重要活動；負責黨風廉政建設，管理黨員，督促黨員履行義務，保證黨員權利不受侵犯，監督黨員。
科研計劃辦公室
職責:協助院領導制定院中長期發展規劃和科研相關管理制度；組織科研計劃的編制和科研項目的申報，負責研究所科研工作年度報告的編寫；負責組織科研外事計劃、學術交流和科普宣傳，中國水利學會水工程生態論壇和水生態專業委員會的日常工作，管理研究所參加相關學術團體的活動。
金融資產辦公室
職責:根據國家金融政策和上級有關規定，協助院領導研究確定合理的經濟運行方式；負責組織編制本單位年度預算、決算和年度支出計劃，並監督控制預算和計劃的執行。水生生物實驗室(水生生態評估辦公室)
主要開展水生態監測、水生態評價和水生態保護研究、相關規劃和示範以及新技術推廣。針對目前存在的水生態問題，主要利用水生生物來診斷河流、湖泊、水庫的健康狀況。通過研究生態系統的食物網結構，提出河流、湖泊和水庫健康的技術指標和生態預警對策，為國家實施可持續發展戰略提供理論和技術支持。
保育生物學實驗室(瀕危物種及資源保護科)
以受水利工程影響的關鍵或典型水域生境為研究範圍，以在生態系統結構和功能中占據關鍵生態位的重要水生生物物種為研究對象，開展自然和工程脅迫背景下重要水生生物多樣性的保護、維持和可持續利用研究。具體研究方向為:(1)分子生態學及重要水生生物的監測與評價；(2)生物多樣性與水產種質資源保護；(3)水庫生態與生物資源利用；(4)魚類育種和遺傳資源利用。
應用生態實驗室(水生態保護與修復部)
致力於運用生態學和工程學的原理和技術，研究解決我國面臨的水環境汙染和水生態退化問題，維護區域生態的可持續發展。關註重點地區的生態環境問題，協調社會經濟發展特別是水資源開發利用與流域生態環境保護的關系，提出有針對性的生態環境保護建設規劃和管理對策；研究濕地和水生態系統退化的原因，發展濕地生態修復、水汙染控制和水華控制等關鍵技術，恢復和重建良性生態系統；開展生態調查和監測，建立適合我國水環境特點的生物預警技術，建立生態系統健康評價的生物指標評價體系；發展水庫規模化健康養殖、有機漁業等關鍵技術，協調漁業發展與環境保護的矛盾，促進漁業可持續發展。有四個學科組:生態規劃、恢復生態學、水汙染防治和水華控制。到2014，共有研究人員16人，其中高級職稱8人；博士學位6人，碩士學位6人。
生態水文實驗室(水生態規劃與調控處)
本文主要圍繞水利工程建設對內陸水生態系統的影響機理及減緩對策開展基礎和應用基礎研究。本文以魚類生態學和水文水力學的理論與實踐為基礎，以魚類和魚類集合為對象，通過生態學和水文學知識的整合，研究水生態系統的變化規律和驅動因素，以實現水生態系統服務功能的最大化和可持續利用，實現水生態系統的適應性管理。* * *承擔項目和任務70余項，初步形成學科方向明確、具備相關基礎能力的研究團隊。到2014，研究室共有研究人員25人，其中高級職稱3人，中級職稱13人，初級職稱9人。有魚類訓練實驗室和魚類行為實驗室；便攜式科學回聲探測儀EY60、多波束剖面測速儀、多功能水質分析儀、便攜式顯微成像分析系統等野外調查設備相繼加入。信息中心
職責:負責《水生態》雜誌的編輯出版及相關工作；負責本所圖書、雜誌、文件和資料的編輯、閱讀和收集；負責研究院信息化建設規劃和實施的技術支持，以及網絡和通信系統的維護和管理。
實驗中心(水生態監測中心)
職責:負責該院科研項目中水生態監測樣品的檢測分析，提交檢測數據或分析報告；參與協調水生態監測與測試相關項目的實地調查任務，協助完善采樣設計(確定采樣點布局、采樣頻率和采樣方法)，制定年度和季度調查工作計劃；承擔水利部和長江委水生態監測網的規劃建設任務。
生態技術工程中心
職責:在系統研究水工程建設和運行生態效應的基礎上，預測和評價水工程對水生態的影響，研究和整合水生態保護最新成果，制定水生態保護規劃，設計、建設和運行水生態保護工程，通過試驗研究、技術論證、技術咨詢和技術指導，為水工程建設和管理單位及政府決策提供技術支持。