1．重點項目的研究應體現有限目標、有限規模、重點突出、隊伍精幹的原則。項目壹般不設課題，如確有必要，課題設置不超過三個。
2．申請者應根據《國家自然科學基金重點項目指南》公布的名稱、內容和目標進行整體申請，不具備整體申請能力的研究人員可以組織聯合申請，但合作單位不宜過多。
3．具有高級專業職稱的科技人員，只能參加壹個重大或重點項目的研究，項目負責人、課題負責人及項目、課題的主要參加者均視為參加研究。
4．學科評審組專家回避本人和本單位參與申請項目的評審活動。如組織專項評審論證，不邀請參與項目申請單位的專家參加評審組。第二條 計劃實施與管理
1．重點項目實施過程中，若需變更項目研究計劃，經項目學術領導小組研究提出，由項目負責人通過所在單位提出書面報告；屬課題計劃的變更，由課題負責人征得項目學術領導小組同意後，通過所在單位提出書面報告。研究計劃的變更均應報對口科學部審查，經分管委主任批準，送綜合計劃局（以下簡稱計劃局）備案。
2．每年由項目負責人匯總各課題的《年度進展報告》，並在此基礎上填寫項目的《年度進展報告》（《年度進展報告》的格式均同面上項目），於次年1月15日前報對口科學部審查，作為下壹年度撥款的依據。
3．重點項目實施中期，各科學部應采用適應方式對項目的進展情況進行檢查，並視情況對項目的研究計劃、人員和經費提出調整意見。中期檢查結束後，科學部填寫《重點項目中期檢查報告》，報分管委主任（副主任）批準，並送計劃局備案。
4．項目負責人變更及項目中止
（1）項目負責人（課題負責人）因故離開項目（課題）研究工作半年以上、壹年以內者，項目學術領導小組應事先提出合適的代理人選，經所在單位同意後報對口科學部審批。
（2）項目負責人（課題負責人）因故離開項目（課題）研究工作壹年以上的，項目學術領導小組應及時安排合適的更換人選（課題負責人的更換需征得項目負責人同意），經所在單位同意後報對口科學部審核，分管委主任（副主任）批準，送計劃局備案。
（3）項目（課題）中途無法進行，或因上款（2）的原因，項目（課題）負責人無合適人選更換，應中止項目（課題）資助。課題中止資助，征得項目學術領導小組同意後，由所在單位報對口科學部批準；項目中止資助，經項目學術領導小組研究後，由項目負責人提出，經科學部審核，報分管委主任（副主任）審批。結余經費（含已撥、未撥），收回進入科學部重點項目經費，並按《國家自然科學基金面上資助項目管理辦法》規定，辦理中止手續、報送財務決算。
（4）重點項目實施過程中，屬項目（或課題）負責人的變更、項目（或課題）的中止、中期檢查確定的經費變更，科學部均應填寫《資助項目變更通知單》，送計劃局進行相應變更。第三條 經費
1．重點項目經費，與在研面上項目同步，於每年第壹季度撥出。
2．凡聯合資助的項目，計劃實施前，科學部應就聯合資助的金額、使用範圍、各方應承擔的義務等與提供資助單位進行協商，商計劃局後，簽訂“協議書”。第四條 結題與驗收
重點項目結題後六個月內，由項目負責人按《國家自然科學基金面上資助項目管理辦法》第十六條要求組織寫出《總結報告》（格式同面上項目），並匯集發表的論文、著作，以及與研究成果有關的其他資料，經科學部會同計劃局審查合格後，組織專家進行驗收。