研究所同時承擔了感染性疾病診治、細菌耐藥性防治和細菌耐藥性機制研究等科研任務，是國家科技部 ( 原國家科委 ) 六五、七五、八五、九五 、十五攻關和 863 項目的承擔者，均已完成並驗收通過，國家科技部九五攻關項目“國家抗感染新藥臨床試驗研究中心”籌建已於 2000 年通過驗收並正式成立。多年來獲得國家自然科學基金資助項目 10 余項。 2005 年獲得國家重點基礎研究發展計劃 973 項目“人類重要傳染病病原體耐藥機制的基礎研究”，作為組長單位，研究所副所長王明貴教授為首席科學家。在抗菌藥合理應用、抗菌新藥臨床研究、細菌耐藥性防治等方面獲國家級、部委級成果獎 20 余項。 20 世紀 80 年代以來對國內外開發研究的數十種抗感染新藥進行了系統的臨床和實驗評價，目前是國家抗感染藥藥品臨床研究基地。
研究所承擔了傳染病學科的教學任務，為研究生開設大課，為醫學院本科生授課，培養了博士和碩士 50 余名。研究所也承擔了“藥品臨床研究”的培訓工作， 2005 年為國家藥品監督管理局設立在全國的六個培訓中心之壹（現為復旦大學上海醫學院 GCP 培訓中心），每年對 200-500 名來自全國各地的臨床醫師進行藥品臨床研究管理規範 (GCP) 培訓。
多年來研究所在感染性疾病診治領域內，與國內外同行進行了廣泛的學術交流，於 1985 年在上海成立了跨學科的感染化療學會；自 1995 年起召開每兩年壹屆的全國感染性疾病及抗微生物化療學術會議； 2000 年 9 月獲準 1995 年創辦的《抗感染化療雜誌》國內外公開發行，即《中國抗感染化療雜誌》，為臨床醫藥工作者開展學術交流提供廣闊的天地，以促進我國感染性疾病的診治和抗微生物化療水平的不斷提高。