1，制定本局的工作制度和工作計劃。
2、協助局領導組織協調機關日常工作。
3.負責局機關綜合性文稿的起草，其他文稿的審核、印刷，相關會議的準備、記錄、歸檔和服務。
4、負責文秘、檔案、信息、信訪、保密、督查、收發等工作。
5.負責後勤保障、來訪接待、車輛管理、辦公衛生、對外聯絡、報送放行、安全保衛、計劃生育和日常事務。
6.完成局領導交辦的其他任務。
人事科
1.擬定全縣衛生人才發展規劃，落實衛生機構編制標準和衛生人員工資福利標準。
2、指導縣級衛生機構人事制度改革和衛生技術人員資格認定。
3、負責本系統的人員調配、職務晉升、退休、退職、勞動工資、福利保險、職稱評定和聘用等相關手續。
4.負責系統內“崗位目標責任制”的制定、完善和考核。
5、負責本系統黨務、紀檢監察、人事統計的匯編工作。
6、負責本系統的老幹部工作。
7、研究制定本系統幹部職工的教育培訓計劃，並組織實施。
8.完成局領導交辦的其他任務。
醫務管理部門
1，研究指導醫療機構改革，制定醫療機構發展規劃、管理制度和服務標準。
2、負責宣傳和貫徹有關衛生法律法規，並根據有關法律法規，指導預防保健和相關疾病控制，開展經常性衛生監督。
3.擬定本縣醫學科技教育發展規劃；組織和監督重大醫學科學技術研究，指導科技創新和科技成果推廣應用。
4、實施衛生人員培訓計劃；開展政府與民間醫療衛生的對外交流、合作與援助。
5、貫徹執行國家關於中醫藥事業的方針、政策和法規；擬定本縣中醫藥發展的長遠規劃，並負責組織實施、監督檢查。對全縣中醫、教學、科研、中西醫結合和民族醫療進行宏觀管理和業務指導。
6、組織實施醫務人員執業標準和服務規範，並監督醫療機構的醫療質量和服務質量。
7、依法監督管理無償獻血、臨床用血質量和采供血機構的執業行為。
8.調查處理醫療糾紛，負責醫療廣告的初審報告。
9、查處非法行醫，規範醫療市場。指導農村地區基本醫療服務、預防保健和基層衛生組織的管理工作。
10，協助地方人民政府和有關部門組織重大傷亡事故應急救援。
11，組織實施農村衛生和社區衛生服務發展規劃，指導實施初級衛生保健規劃。
12，負責全縣婦幼衛生和提高出生人口素質的發展規劃、政策措施和技術標準，實施婦幼保健專項技術。
13，完成局領導交辦的其他工作。
愛衛會辦公室
1，監督檢查有關愛國衛生工作的法律、法規、規章和政策的執行情況；
2、統壹規劃、部署和協調本行政區域內的愛國衛生工作；
3、制定愛國衛生工作的相關標準和檢查辦法，組織實施愛國衛生監督檢查、評比和效果評估；
4.動員全社會參與愛國衛生活動，開展全民健康教育和創建衛生城市、衛生鄉(鎮)、衛生村，負責農村改水、改廁和環境綜合治理、病蟲害防治；
5、開展社會衛生工作交流合作及相關科學研究；
6.承辦其他愛國衛生工作；
7.完成局領導交辦的其他任務。
財務科
1，統籌協調全縣衛生資源配置。
2、制定衛生經濟政策和衛生財務管理規章制度的實施方案。
3、負責貫徹執行國家財經法規。
4、負責組織起草衛生財務、審計、統計、設備、基建等管理辦法。
5.負責系統內的財務管理和審計監督。
6、負責編制衛生年報、醫療衛生統計報表。
7、負責本系統醫療衛生機構國有資產的監督管理。
8.完成局領導交辦的其他任務。
紅十字會辦公室
1，在縣紅十字會和衛生局的領導下，負責紅十字會的日常工作。依照國家有關法律法規和紅十字會章程開展活動。
2.傳播國際紅十字與紅新月運動和國際人道主義法的知識，宣傳和執行《中華人民共和國紅十字會法》和其他法律法規。
3、開展防災、備災、救災、救災工作。
4、開展初級衛生保健培訓，普及衛生保健和疾病預防知識，開展人道主義救援活動和社會公益活動。
5、開展有益於青少年身心健康和弘揚人道主義精神的紅十字青少年活動。
6、參與艾滋病預防教育，提高公民自我保護意識和能力。
7.參與獻血和骨髓捐獻的宣傳、組織和動員工作。
8.按照基本原則完成人民政府委托的事項。
9.承辦市紅十字會和區縣紅十字會發布的相關工作事項。
新型農村合作醫療管理辦公室
1，在縣合作醫療管理委員會和衛生局的統壹領導下，承擔全縣新農合的事務性工作。
2、根據上級有關規定制定本縣合作醫療實施細則、工作計劃、各項規章制度。
3、負責全縣新型農村合作醫療定點機構的審批、管理和監督。
4、監督和指導鄉鎮新型農村合作醫療經辦機構的資金和財務管理，協助管委會組織實施對新型農村合作醫療的檢查和評估。
5、負責定點醫療機構報銷的審核和撥付，匯總、統計、分析全縣新農合運行信息並及時上報。
6、承擔鄉鎮新型農村合作醫療的業務指導，制定合作醫療經辦機構人員的培訓計劃，並組織實施。
7、負責新型農村合作醫療的咨詢、投訴和檢查工作。
8、完成上級領導交辦的其他工作。
初級保健辦公室
1.在縣初級衛生保健委員會和衛生局的領導下，組織實施縣初級衛生保健委員會的決議，根據上級有關規定，制定縣初級衛生保健實施計劃、工作計劃和各項規章制度。
2、負責處理初始保險的日常工作。
3、負責協調落實縣初級衛生保健委員會成員的職責。
4、負責組織檢查、審核首保工作和目標實現情況。
5、負責農村基本保險的信息溝通和聯絡工作，定期向基本保險委員會匯報並提出建議。
6.承擔上級領導交辦的其他任務。