今後，省、市、縣財政將按高於財政經常性收入的增長幅度安排各級科研費支出預算。第三條省級科研經費由省科委歸口管理，即省直部門的科研經費和省科委、省科學院、省農科院、省醫學科學院、省科協的科研經費；原來由政府撥款、不在科研費中開支的省級獨立科研機構的經費，原則上也要劃轉；同壹部門既有自然科學研究機構又有社會科學研究機構的，科研費壹並劃轉。省社科院、省社科聯、地方誌辦公室暫不劃轉科研事業費，企業、高等院校、醫院所屬非獨立研究機構未在科研事業費中支出的經費暫不劃轉。
市、縣科研事業費的劃轉範圍，由市、縣根據國務院《條例》和國家科委、財政部《通知》精神，結合實際情況研究確定。第四條科研支出結轉基數為1986年調整預算(不含壹次性撥款，但不含正常運轉費、設備費、修理費等。，以及因改革試點而減少的撥款)，加上1987年的正常增長。
今後科研單位因事業發展需要增加經費時，由科研單位寫出報告，主管部門提出意見。經科委審核後，視財力情況報財務部門統籌安排。第五條科研費劃歸科委管理後，新設立的獨立科研機構和人員，必須先經科委和同級財政部門審核同意，再按有關規定報批。經批準屬於科研支出的單位，支出指標由同級財政部門增加，自收自支的科研單位經費從單位收入中解決。第六條科研支出年度計劃由科研單位編制，主管部門審核匯總，報同級科委審核，按財政安排下達，並抄送同級財政部門備案。
各級科委每年向同級財政部門報送年度預算、決算和科研經費使用情況。第七條科研費根據不同類型的科研單位實行分類管理。
1.對主要從事技術開發並有望在近期實現實用價值的應用研究工作單位，國家撥給科研的經費應逐年減少，並力爭在五年內基本或完全停止撥款。
2.主要從事醫療衛生、勞動保護、計劃生育、災害防治、環境科學等社會公益事業的科研單位，從事信息、標準、計量、觀測等技術基礎工作的單位和農業科研單位仍由國家撥款，實行包幹。業務費包幹要和當年完成的任務掛鉤。具體辦法由省科委會同省財政廳另行制定和下達。
3.以基礎研究和應用研究為主，近期不能實現實用價值的單位，應逐步依靠申請國家自然科學基金來解決其科研經費，國家只撥出壹定的業務費，保證其必要的經常性開支和公共設施開支。
4 .從事各類研究工作的單位，研究經費的來源可根據具體情況通過各種渠道解決。第八條從事技術開發的科研機構減免的業務費，三分之二由同級科委統壹掌握，三分之壹給主管部門。這部分資金應當主要用於改善科研條件和發展科技事業，不得用於基本建設。具體使用管理辦法由省科委會同省財政廳研究制定。財務部門負責財務監督。第九條事業費包幹的科研單位，除完成國家規定的任務外，能夠取得合理收入的，其凈收入不超過本單位當年事業費包幹的20%，全部留給本單位；超出部分，壹半用於沖減下壹年度單位和事業單位經費撥款，另壹半留給單位。單位留成部分分別用於發展基金、福利基金和獎勵基金，其中發展基金不得低於50%。第十條科研費移交科委歸口管理後，主管部門與所屬科研院所的隸屬關系不變，其他經費渠道不中斷。第十壹條各類科研機構離退休人員退休後，養老金仍由原渠道支出。